Świńska grypa i grypa sezonowa mogą współistnieć podczas sezonu grypowego, ale istnieje między nimi szereg różnic, od sposobu rozprzestrzeniania się wirusa do czasu odczuwania go u osób, które się nim zarażą; istnieją również różnice, jak reaguje na nie układ odpornościowy. Być może najważniejszą różnicą jest to, że można liczyć na to, że grypa sezonowa zakaże populację w stosunkowo regularnym czasie, ale nie ma sposobu, aby wiedzieć, kiedy, gdzie i jak groźna będzie świńska grypa.
Można liczyć na jedną odmianę grypy, która będzie corocznie pojawiać się w całej populacji. W zależności od obszaru epidemie grypy sezonowej występują z pewną regularnością; ta przewidywalność daje osobom czas na immunizację jako środek zapobiegawczy. Kiedy świńska grypa nagle zmutowała, aby przeskoczyć ze świń na ludzi, organizacje zdrowia były w dużej mierze nieprzygotowane na nią, ponieważ nie było sposobu, aby przewidzieć epidemię.
Ponieważ grypa sezonowa jest tak rozpowszechniona, organizm ludzki jest w stanie wytworzyć pewne formy przeciwciał zwalczających infekcję. Ta odporność nie jest kompletna, a u osób zwykle pojawiają się objawy trwające kilka dni; ci, którzy zarażają się świńską grypą, są jednak narażeni na wirusa, który nigdy wcześniej nie występował w populacji ludzkiej. Ponieważ jest to nowa choroba, nie ma na nią naturalnej odporności, a ludzie są niezwykle podatni na wszystkie jej objawy.
Objawy świńskiej grypy i grypy sezonowej są podobne i obejmują te same bóle ciała, gorączkę, kaszel i ból gardła. Jednak w przypadku świńskiej grypy objawy te są bardziej wyniszczające; trwa dłuzej; i częściej może obejmować zaburzenia żołądkowo-jelitowe, takie jak nudności, biegunka i wymioty. Dzieci są bardziej podatne na komplikacje spowodowane obydwoma rodzajami grypy, podczas gdy osoby starsze są w rzeczywistości mniej podatne na zarażenie się ciężkimi przypadkami świńskiej grypy.
Istnieje również różnica w miejscu pochodzenia świńskiej grypy i sezonowej grypy. Wirus wywołujący grypę sezonową jest wirusem ludzkim, co oznacza, że krąży głównie w populacji ludzkiej. Świńska grypa rozwija się u świń, gdy jedno zwierzę zarazi się więcej niż jednym rodzajem grypy, takim jak świńska grypa i ludzki wirus grypy. Kiedy te wirusy są obecne w tym samym zwierzęciu w tym samym czasie, mogą przejść mutację, która pozwoli im rozprzestrzeniać się przez oba gatunki. Ponieważ świńska grypa i grypa sezonowa mają tak różne pochodzenie, dostępne są różne szczepionki zwalczające każdy rodzaj grypy.