Zazwyczaj wpływ metadonu na niemowlęta są klasyfikowane według tego, czy leki były używane przez krótki czas, czy były nadużywane przewlekle. W krótkim okresie metadon podawany dzieciom może powodować szereg poważnych problemów zdrowotnych, takich jak obniżenie ciśnienia krwi i częstości akcji serca. Natomiast długotrwałe nadużywanie metadonu częściej wpływa na wagę i rozmiar niemowlęcia. W wielu przypadkach dzieci urodzone przez matkę, która nadużywała metadonu, często cierpią z powodu odstawienia metadonu po urodzeniu. Badania sugerują jednak, że objawy te można odwrócić poprzez karmienie piersią.
W wielu przypadkach nawet jednorazowe zastosowanie metadonu może mieć bardzo poważne skutki dla nienarodzonego dziecka. Natychmiastowy wpływ metadonu na niemowlęta może obejmować bardzo niskie ciśnienie krwi; znacznie zmniejszone tętno; suchość oczu, ust i nosa; podwyższone ciśnienie śródczaszkowe; i inne podobne objawy. W większości przypadków te skutki uboczne stosowania metadonu u niemowląt mogą zagrażać życiu i wymagają natychmiastowego leczenia. Ponadto kobiety, które stosują metadon nawet przez krótki czas, mogą doświadczyć poronienia z powodu stosowania tego leku.
W dłuższej perspektywie stosowanie metadonu u niemowląt może prowadzić do równie poważnych schorzeń. Długotrwałe stosowanie metadonu może skutkować zmniejszeniem tempa wzrostu niemowlęcia, zarówno pod względem wzrostu, jak i masy ciała. Ponadto dzieci urodzone przez matki z długą historią używania metadonu często mają obwód głowy mniejszy niż normalnie. Na szczęście efekty te znikają wraz z wiekiem niemowlęcia i dojrzewaniem do dzieciństwa. Jednak dzieci urodzone przez kobiety, które nadużywają metadonu, mają na ogół znacznie niższą zdolność umysłową niż dzieci urodzone przez matki nieużywające narkotyków i mogą uzyskiwać niższe wyniki zarówno w testach behawioralnych, jak i psychologicznych.
Niemowlęta, które były narażone na duże ilości metadonu, również często rozwijają odstawienie metadonu, inaczej znane jako zespół abstynencji opiatowej noworodków. Jest to stan, który wpływa na wiele układów w organizmie, w tym m.in. układ oddechowy oraz ośrodkowy i autonomiczny układ nerwowy. Dzieci urodzone z tym schorzeniem są bardziej narażone na rozwój zespołu nagłej śmierci niemowląt lub SIDS w porównaniu z innymi, zdrowszymi dziećmi. Badania wykazały jednak, że objawy tego stanu można złagodzić poprzez karmienie piersią przez matkę lub inną osobę zastępczą. Jednak w wielu przypadkach karmienie piersią może być trudne lub wręcz niemożliwe.