Stosowana analiza zachowania jest jedną z najczęściej stosowanych terapii autyzmu; niektóre dowody wskazują, że jest to skuteczne podejście. Ta metoda jest podobno najskuteczniejsza, gdy jest stosowana prawidłowo i przez co najmniej 36 godzin, a najlepiej 40 godzin tygodniowo. Często sugeruje się, że stosowana analiza zachowania jest skuteczna we wzmacnianiu umiejętności społecznych, umiejętności językowych i komunikacyjnych, umiejętności akademickich oraz w minimalizowaniu powtarzalnych zachowań. Wyniki te podobno poprawiły niektóre problemy emocjonalne u osób dotkniętych autyzmem. Krytycy stosowanej analizy behawioralnej twierdzą, że aby leczenie było skuteczne, potrzebne są długie godziny pracy i odpowiednio przeszkoleni specjaliści, co może być kosztowne.
Czas potrzebny na skuteczne wykorzystanie stosowanej analizy zachowania w przypadku autyzmu jest długi. Profesjonalny terapeuta może potrzebować spędzać ponad 40 godzin tygodniowo z pacjentem z autyzmem. Czasami może to utrudnić rodzicom znalezienie dostępnego terapeuty. Wybór odpowiedniego terapeuty może być kluczowy. Ważne jest sprawdzenie referencji i weryfikacja uprawnień każdego wykwalifikowanego terapeuty, ponieważ skuteczność tego typu leczenia może nie być tak wysoka bez odpowiedniego przeszkolenia.
Stosowana analiza zachowania w przypadku autyzmu może pomóc poprawić umiejętności językowe i komunikacyjne poprzez proces, w którym obserwuje się zachowanie, a następnie używa się podpowiedzi, aby pomóc pacjentowi komunikować się z innymi. Techniki zachowania werbalnego są często używane w celu zwiększenia płynności językowej. Właściwe zachowania są wzmacniane nagrodami, które mogą być tak małe, jak uśmiech lub wyróżnienie, i tak duże, jak fizyczny system nagród. Ćwiczenia budujące płynność służą zapewnieniu ogólnego poczucia umiejętności komunikacyjnych.
Powtarzające się zachowania można zredukować za pomocą stosowanej analizy zachowania w przypadku autyzmu, zarówno dla dzieci, jak i dorosłych. Terapeuta nagradza pożądane zachowania, ignorując i zasadniczo nie nagradzając powtarzających się zachowań. Ten rodzaj terapii może potrwać tygodnie, jeśli nie miesiące, zanim zauważy się jakiekolwiek rezultaty. W niektórych przypadkach mogą minąć lata, zanim widoczne będą pozytywne wyniki. Stosowana analiza zachowań opiera się na spójności; jest to powód, dla którego często potrzeba wielu godzin terapii, aby uzyskać pozytywne wyniki.
Niektórzy krytycy sprzeciwiają się stosowaniu stosowanej analizy zachowania w przypadku autyzmu. Mogą sugerować, że dla wielu rodzin jest to zbyt kosztowne. Chociaż wiele placówek i organizacji wspiera rodziny zmagające się z autyzmem, obciążenie finansowe wymagane przez tego typu terapię może być w niektórych przypadkach wysokie.