Antybiotyki i biegunka mają wiele powiązań. Na przykład biegunka jest częstym działaniem niepożądanym wielu antybiotyków. Leczenie antybiotykami może również powodować biegunkę związaną z antybiotykami, która jest chorobą wynikającą ze śmierci normalnych bakterii żołądkowo-jelitowych. Dodatkowo różne zakaźne przyczyny biegunki można leczyć antybiotykami.
Wiele antybiotyków powoduje biegunkę jako efekt uboczny. Klasa makrolidów antybiotyków, która obejmuje leki klarytromycynę, azytromycynę i erytromycynę, często powoduje biegunkę. Leki tetracyklinowe, w tym tetracyklina, demeklocyklina i minocyklina, mogą również powodować biegunkę. W przypadku antybiotyków cefalosporynowych, w tym cefaleksyny, cefepimu i ceftriaksonu, często obserwuje się problemy żołądkowo-jelitowe, od nudności po biegunkę.
Biegunka związana z antybiotykami to kolejny związek między antybiotykami a biegunką. Jest to stan, który rozwija się po rozpoczęciu antybiotykoterapii w celu leczenia infekcji. Wraz z zabijaniem bakterii wywołujących infekcję, antybiotyk zabija wiele nieszkodliwych gatunków bakterii żyjących w przewodzie pokarmowym. W rezultacie pacjenci są podatni na zakażenie bakterią Clostridium difficile (C. diff), co powoduje biegunkę. Choroba ta jest znana pod nazwami biegunki związanej z antybiotykami, rzekomobłoniastego zapalenia jelita grubego i biegunki związanej z C. diff.
Chociaż może się to wydawać sprzeczne z intuicją, biegunkę związaną z antybiotykami leczy się antybiotykami. Najpierw jednak zatrzymuje się antybiotyk, który początkowo spowodował biegunkę związaną z antybiotykiem. Proste przypadki można wtedy leczyć antybiotykiem metonidazolem. Cięższe przypadki mogą wymagać leczenia wankomycyną, silniejszym antybiotykiem. Niektórzy lekarze stosują również probiotyki u pacjentów z biegunką związaną z antybiotykami w celu ponownego zasiedlenia przewodu pokarmowego pożytecznymi gatunkami bakterii.
Jednym z pytań, które może pojawić się przy rozważaniu antybiotyków i biegunki, zwłaszcza jeśli biegunka zaczyna się po rozpoczęciu leczenia antybiotykiem, jest to, czy biegunka jest efektem ubocznym, czy jest biegunką związaną z antybiotykiem. Przy ustalaniu przyczyny ważna jest kolejność zdarzeń. Biegunka, która jest efektem ubocznym leków, zwykle zaczyna się wkrótce po rozpoczęciu antybiotykoterapii. W przeciwieństwie do tego, biegunka związana z antybiotykami zwykle zaczyna się dopiero od jednego do dwóch tygodni po rozpoczęciu antybiotykoterapii. W przypadku jakichkolwiek wątpliwości, biegunkę związaną z antybiotykami można potwierdzić, szukając toksyn C. diff w kale.
Innym związkiem między antybiotykami a biegunką jest to, że biegunka może być spowodowana infekcją, w leczeniu której stosuje się leki. Na przykład biegunka podróżnika jest zwykle wywoływana przez bakterie Escherichia coli; wiele antybiotyków skutecznie eliminuje infekcję i zapobiega biegunce. Biegunka wywołana przez gatunki bakterii Yersinia enterocolitica, Listeria monocytogenes i Salmonella enteriditis często reaguje na antybiotyki.