Przy podawaniu heparyny prawidłowa dawka jest niezwykle ważna, ponieważ zbyt mała ilość nie będzie miała wystarczającego efektu przeciwzakrzepowego dla stanu zdrowia pacjenta, a zbyt duża może spowodować krwotok, co może prowadzić do śmierci. Prawidłowe dawkowanie heparyny zależy od kilku czynników, w tym masy ciała pacjenta, stanu ogólnego i czasu częściowej tromboplastyny czynnej (aPTT), czyli czasu w sekundach potrzebnego do krzepnięcia krwi. Do obliczenia zależnej od masy ciała dawki heparyny można wykorzystać inne zmienne dotyczące masy ciała, w tym dostosowania u pacjentów otyłych. Wreszcie podczas podawania zmiany stanu, obecność znacznego krwawienia i zmiany stabilności hemodynamicznej mogą wskazywać na potrzebę dostosowania dawki heparyny.
Odkąd heparyna została po raz pierwszy odkryta i szeroko stosowana na początku XX wieku, pojawiły się różne opinie na temat sposobu określania dawki. Lekarze dyskutowali na temat stosowania dawkowania zależnego od masy ciała w porównaniu z dawkowaniem innym niż wagowe, przy czym obecnie przeważa opinia na korzyść dawkowania zależnego od masy ciała. Dawka heparyny nie obliczona na podstawie masy ciała wskazuje na początkowy bolus 20 jednostek z infuzjami 5,000 jednostek na godzinę.
Aktualne wytyczne dotyczące masy ciała wskazują na początkowe podanie bolusa w wysokości 80 jednostek na kilogram rzeczywistej masy ciała (ABW) i wlew podtrzymujący w wysokości 18 jednostek na kilogram ABW na godzinę, gdy aPTT jest krótsze niż 35 sekund. Korekty dokonywane są na podstawie okresowych ocen aPPT, zwykle co sześć godzin. Ocena aPPT pokazuje, jak dobrze heparyna działa w organizmie. Liczba płytek krwi i pełna morfologia krwi (CBC) mogą również pomóc w ustaleniu, czy konieczne jest dostosowanie dawki heparyny.
Czasami stosuje się inny protokół dawkowania heparyny oparty na masie ciała, oparty na obliczeniach obejmujących rzeczywistą masę ciała i beztłuszczową masę ciała w kilogramach. Obliczany jest wzrost pacjenta w calach. Od sumy odejmuje się sześćdziesiąt. Odpowiedź należy pomnożyć przez 2.3, a następnie dodać 50 dla mężczyzn i 45 dla kobiet. Odpowiedź równa się beztłuszczowej masie ciała (LBW) pacjenta w kilogramach.
Jeśli ABW jest większe niż 1.4-krotność LBW, pacjent jest uważany za otyłego. Aby uwzględnić zwiększoną objętość krwi u otyłego pacjenta, stosuje się inny wzór. W takim przypadku wagę dozowania oblicza się, biorąc różnicę między ABW i LBW, mnożąc wynik przez 0.4 i dodając wynik do LBW. Niektórzy lekarze nie stosują tej formuły, twierdząc, że zwiększona objętość krwi u otyłego pacjenta ma minimalny wpływ na dawkowanie heparyny.