Wynagrodzenie biologa morskiego może zależeć od specjalizacji, lokalizacji i pracodawcy, a także od doświadczenia i kwalifikacji. Stanowiska na poziomie podstawowym dla osób o niskich kwalifikacjach zwykle płacą mniej, a skala płac rośnie w miarę zdobywania doświadczenia i dodatkowych stopni naukowych lub certyfikatów. Kariera w tej dziedzinie może wymagać zaawansowanych stopni naukowych z siedmioma lub więcej latami nauki, co stanowi znaczną inwestycję, zanim ludzie podejmą pracę. W niektórych przypadkach możliwe jest utrzymanie pozycji na poziomie podstawowym podczas nauki w szkole, chociaż ukończenie studiów może zająć więcej czasu.
Jednym z ważnych czynników jest to, na czym skupia się biolog morski. Jeśli temat jest niejasny, szczególnie w dziedzinie czystych badań, może nie być zbyt wiele pieniędzy, a pensja biologa morskiego może być stosunkowo niska. Natomiast interesujące tematy, zwłaszcza te, które mają wpływ na branże oparte na organizmach morskich, mogą się dobrze opłacać. Na przykład ktoś, kto koncentruje się na rybołówstwie, może zarobić więcej niż osoba badająca niejasną rybę bez wartości handlowej.
Lokalizacja odgrywa również rolę w wynagrodzeniu biologa morskiego. Skale płac mogą się różnić w zależności od kraju, a to, co w jednym miejscu można uznać za dobre lub akceptowalne, nie znajduje się w innym. Różnice w kosztach utrzymania, usługach socjalnych dostępnych dla mieszkańców i innych czynnikach mogą wpływać na to, ile pracodawca jest skłonny zaoferować. Osoby pracujące na arenie międzynarodowej mogą chcieć rozważyć tę kwestię; praca za granicą może oferować interesujące możliwości, ale może nie opłacać się tak dobrze, jak oczekiwano.
Wybór pracodawcy to kolejny kluczowy wpływ na wynagrodzenie biologa morskiego. Instytucje prywatne, zwłaszcza te działające dla przemysłu, zazwyczaj płacą więcej. Agencje rządowe mogą oferować niższe wynagrodzenie, a czasem wymagać od biologów morskich wypisywania dotacji na wsparcie ich pracy, co może pochłonąć cenny czas badawczy. W instytucjach akademickich wynagrodzenie biologa morskiego może się różnić w zależności od doświadczenia i reputacji. Osoby zainteresowane karierą w środowisku akademickim powinny otrzymać punkty za publikacje, aby wzmocnić swoją pozycję w negocjacjach płacowych.
Kluczowe są również referencje, doświadczenie i reputacja. Ktoś z wyższym stopniem, członkostwem w prestiżowych organizacjach i formalnym uznaniem zasług może być uprawniony do wyższego wynagrodzenia, podobnie jak ktoś z większym doświadczeniem w środowisku biologii morskiej. Osoby, które są uważane za szanowanych i rzetelnych naukowców, również są lepiej opłacane. Inni biolodzy morscy osiągają wysokie pensje, ponieważ spopularyzowali tę dziedzinę poprzez książki, filmy i inne media, a tym samym cieszą się uznaniem gospodarstw domowych, co sprawia, że instytucje chętnie ich zatrudniają i są skłonne zapłacić za przywilej.