Najważniejszym długoterminowym efektem metadonu jest zwykle zmniejszenie głodu na narkotyki, takie jak heroina i morfina. Niestety, niektóre długoterminowe efekty metadonu są znacznie mniej przyjemne. Na przykład dana osoba może doświadczać problemów z oddychaniem, takich jak nieodpowiednie oddychanie, podczas przyjmowania tego leku przez dłuższy czas. Podobnie niektórzy ludzie doświadczają zmian seksualnych i zaburzeń równowagi hormonalnej, które są związane z używaniem metadonu. Uzależnienie jest również jednym z długoterminowych skutków używania metadonu, a ludzie mogą odczuwać objawy odstawienia, gdy przestają go brać.
Jednym z długoterminowych skutków metadonu jest jego zdolność do pomagania ludziom w walce z uzależnieniami od narkotyków. Lek ten jest często stosowany, aby pomóc ludziom przezwyciężyć apetyt na inne leki, które są sklasyfikowane jako opiaty, czyli narkotyki pochodzące z opium. Aby efekt ten odniósł sukces, lekarz zwykle przepisuje stopniowo zwiększającą się dawkę metadonu i uważnie monitoruje reakcje pacjenta na nią, aż w końcu dawka zostaje ustabilizowana. Ta metoda stopniowego wprowadzania do wyższych dawek metadonu służy zapobieganiu lub minimalizowaniu skutków ubocznych leku. Na przykład ten stopniowy wzrost może pomóc w zmniejszeniu prawdopodobieństwa, że lek będzie miał na pacjenta efekt uspokajający; powodować nudności, wymioty lub zaparcia; lub wpływać na czynność mózgu pacjenta.
Większość osób przyjmujących metadon nie ma poważnych problemów zdrowotnych. Jednak w niektórych przypadkach osoba, która przyjmuje ten lek przez długi czas, będzie miała problemy z układem oddechowym. Lek ten może również powodować zmiany hormonalne u niektórych pacjentów. Na przykład czasami wiąże się to ze zmniejszoną produkcją hormonu testosteronu. Niektóre kobiety, które go przyjmują, mogą również mieć zmienione cykle menstruacyjne.
U niektórych osób długoterminowe skutki metadonu obejmują te, które są związane z funkcjami seksualnymi. Niektóre osoby mogą odczuwać zauważalnie zmniejszone pragnienie seksu, gdy go przyjmują. Inni mogą doświadczać problemów fizycznych, które uniemożliwiają im cieszenie się satysfakcjonującym stosunkiem seksualnym. Na przykład mężczyzna może stać się impotentem w wyniku leczenia metadonem. Takie problemy nie dotyczą jednak każdej osoby, która przyjmuje ten lek, a takie skutki uboczne mogą zależeć od przyjmowanej dawki.
Uzależnienie jest również jednym z długotrwałych skutków używania metadonu. Chociaż metadon jest stosowany w celu zmniejszenia apetytu osoby uzależnionej na inne leki, jest również uzależniający. Jeśli dana osoba spróbuje przerwać przyjmowanie metadonu po długim okresie stosowania, prawdopodobnie wystąpią u niego objawy odstawienia. Wśród tych objawów są nudności i wymioty, dreszcze, głód narkotykowy i skurcze mięśni.
Osoba może również odczuwać nadmierne pocenie się i dreszcze jako objaw odstawienia metadonu. Chociaż te objawy są nieprzyjemne, wydają się być mniej dotkliwe niż te, które można cierpieć po odstawieniu narkotyków, takich jak heroina. Ponadto stopniowe odstawianie pacjenta od metadonu może pomóc zminimalizować skutki uboczne odstawienia.