Niektóre z najczęstszych przyczyn opóźnionej miesiączki to brak równowagi hormonalnej, choroby, zmiany w lekach oraz menopauza lub ciąża. Nadmierny wysiłek fizyczny, szybkie zmiany masy ciała, nadwaga lub niedowaga oraz zła dieta mogą również przyczyniać się do nieregularnych miesiączek. Normalny cykl menstruacyjny jest inny dla każdej kobiety, ponieważ niektóre kobiety miesiączkują nawet co 20 dni, a inne tylko co 35 dni. Długość cyklu jest również różna dla każdej kobiety i może trwać od trzech do siedmiu dni.
Zaburzenia równowagi hormonalnej są częstą przyczyną opóźnionego cyklu. Częste zaburzenie hormonalne znane jest jako zespół policystycznych jajników i może przyczyniać się do nieregularnych miesiączek lub w ogóle nieodebranych miesiączek. Stres emocjonalny, lęk, zmęczenie i hormonalna terapia zastępcza to jedne z najczęstszych czynników, które wpływają na poziom hormonów. Zakłócenia mogą być również spowodowane przez obce substancje w ciele, takie jak zanieczyszczenia środowiska, chemikalia, dym papierosowy oraz nadmierne używanie niektórych kosmetyków. Ciąża i karmienie piersią również są częstymi przyczynami opóźnionej miesiączki.
Zła dieta bogata w tłuszcze nasycone, przetworzoną żywność i wiele fast foodów może pozbawić organizm niezbędnych składników odżywczych, których potrzebuje do zrównoważenia poziomu hormonów. Niezdrowe zmiany w diecie i zaburzenia odżywiania mogą prowadzić do szybkiej utraty wagi lub szybkiego przyrostu masy ciała, co może zakłócić cykl menstruacyjny. Nadwaga ogólnie ma tendencję do zakłócania hormonów, a zatem jest głównym czynnikiem ryzyka opóźnionej miesiączki. Ćwiczenia mogą pomóc w utrzymaniu prawidłowej wagi, ale należy je wykonywać z umiarem, ponieważ regularne wykonywanie intensywnych ćwiczeń również zakłóca cykl.
Opóźniona miesiączka może być również spowodowana niektórymi lekami, takimi jak tabletki antykoncepcyjne, antydepresanty i kortykosteroidy. Przystosowanie się do nowej ilości hormonów w organizmie może zająć organizmowi kilka cykli, gdy kobieta przyjmuje lub odstawia tabletki antykoncepcyjne. Zmiany w innych lekach również mogą spowodować opóźnienie miesiączki. Inne częste przyczyny to ostra lub długotrwała choroba, taka jak choroba tarczycy, guz mózgu lub przysadki, infekcje i przedwczesna niewydolność jajników.
Perimenopauza to etap tuż przed menopauzą, w którym organizm zaczyna zmniejszać produkcję hormonów. W tym czasie cykle zaczynają się zmieniać. Często skutkuje to lekkim lub ciężkim cyklem, późnym okresem lub długim cyklem menstruacyjnym.