Czyszczenie grzybów portobello obejmuje kilka etapów, z których nie wszystkie są konieczne lub czasami pożądane. Łodygi mają bardzo zdrewniałą konsystencję i po odcięciu można je pokroić w drobną kostkę i usmażyć lub zamrozić do późniejszego wykorzystania w bulionie warzywnym. Skrzela nie zawsze muszą być usuwane, ale można je łatwo zeskrobać łyżką. Wierzchołek kapelusza grzyba, który zwykle ma brązowawy kolor, można ostrożnie zdjąć, aby portobello miało blady, czysty wygląd po zaprezentowaniu. Żadna z metod czyszczenia nie jest naprawdę potrzebna, z wyjątkiem usuwania skrzeli, jeśli grzyby są już zbyt stare i skrzela nabrały nieprzyjemnego zapachu.
Jednym z obszarów niejasności związanych z czyszczeniem grzybów portobello jest to, czy myć je w wodzie. Chociaż grzyby wchłoną niewielką ilość wody, nie jest to tak naprawdę ilość wystarczająco znacząca, aby wpłynąć na smak, chyba że grzyb jest krojony lub moczony przez długi czas. Głównym powodem unikania zanurzania grzybów w wodzie jest to, że powierzchnia grzyba ulegnie uszkodzeniu, psując wygląd, jeśli nie zostaną użyte bardzo szybko po umyciu. Podczas czyszczenia grzybów portobello, które nie będą używane przez kilka godzin lub dni później, najlepiej jest po prostu użyć wilgotnej szmatki, aby usunąć wszelkie zabrudzenia z powierzchni.
Blaszki pod kapeluszem grzyba portobello są często usuwane, ponieważ powodują, że jedzenie nabiera ciemnego koloru, chociaż skrzela są doskonale jadalne i mogą nadać potrawie ziemisty smak. Można je łatwo usunąć, trzymając grzyba do góry nogami i zdrapując go czubkiem łyżki. Jeśli skrzela się otworzyły i mają nieprzyjemny zapach, zdecydowanie należy je usunąć. Należy zachować ostrożność podczas czyszczenia skrzeli grzybów portobello, ponieważ mogą one nadal przyciemniać deski do krojenia lub inną żywność, jeśli się z nimi zetkną, chociaż zwykle można to zmyć, jeśli zostaną złapane wystarczająco szybko.
Powierzchnię na wierzchu kapelusza grzyba można również usunąć. Cienką skórę można oderwać w paski, zwykle chwytając za mały kawałek zewnętrznej krawędzi czapki i pociągając w górę. Szczotka do czyszczenia grzybów lub szczotka do warzyw również może działać. Głównym powodem usuwania skórki podczas czyszczenia pieczarek portobello jest uzyskanie jednolitej prezentacji w sałatkach lub białych sosach.