Jedną z najlepszych wskazówek dotyczących przyrządzania zupy miso, która jest podstawą kuchni japońskiej, jest zrobienie domowego wywaru. Jeśli nie jest to możliwe, można użyć granulek dashi, chociaż należy unikać proszku dashi w proszku lub bulionu w puszkach ze względu na poziom soli. Ważne jest również, aby do zupy wybrać odpowiedni rodzaj miso, czyli sfermentowanego produktu sojowego, ponieważ smak może drastycznie zmienić smak potrawy. Niezależnie od składników użytych w zupie ważne jest, aby pastę miso dodać tuż przed podaniem, uważając, aby się nie zagotowała.
Dashi to japoński wywar do gotowania używany w wielu potrawach. Jest podstawą zupy miso i może stanowić różnicę między wspaniałym, rozgrzewającym, komfortowym jedzeniem a daniem podobnym do tego, które sprzedaje się w sklepie spożywczym. W większości japońskich gospodarstw domowych wywar z dashi jest wytwarzany w dużych partiach i zamrażany do wykorzystania w przyszłości. Najbardziej podstawową formą dashi jest kombu, czyli suszone wodorosty i płatki suszonego, wędzonego bonito, rodzaju tuńczyka. Namoczone kombu gotuje się w dużym garnku z wodą, a następnie dodaje płatki bonito.
Jeśli nie można zrobić domowej roboty dashi, granulki dashi są sprzedawane w sklepach spożywczych w Azji i na rynkach azjatyckich na całym świecie. Wysokiej jakości granulki dashi zazwyczaj dobrze nadają się do zup miso, chociaż nadal preferowany jest domowy bulion. Należy unikać proszków lub bulionu w puszkach, ponieważ mają one tendencję do braku smaku i mogą być bogate w sól. Ponieważ miso jest już naturalnie słone, słony wywar dashi może sprawić, że zupa będzie nadmiernie doprawiona.
Do zup miso można użyć dowolnego rodzaju pasty miso, chociaż każda z nich zapewni inne rezultaty. Czerwone miso jest jedną z najsilniej smakowych odmian i zazwyczaj nie sprawdza się dobrze w przypadku zup, które mają być lekkie; jeśli jednak zupa miso będzie podawana jako danie główne, dobrze sprawdzi się czerwona. Białe miso jest nieco słodsze i mniej mocne niż czerwone i jest najpopularniejszą opcją dla standardowej zupy miso w Japonii. Dla tych, którzy mają trudności z wyborem między tymi dwoma lub którzy chcą użyć pasty miso do innych potraw, zmiksowane miso jest dobrym rozwiązaniem. Mieszanka białego i czerwonego miso zapewnia dobry, mocny smak zupy, ale nie przytłacza; ten rodzaj pasty jest uważany za uniwersalne miso w Japonii.
Do zupy miso można dodać prawie wszystkie warzywa, przyprawy lub składniki. Jest to zazwyczaj pozostawione dyskrecji i preferencjom kucharza. Bez względu na to, jakie dodatki zostaną dodane do wywaru dashi, najważniejszą wskazówką przy przyrządzaniu zupy miso jest dodanie pasty na sam koniec gotowania. Po zmieszaniu miso zupa nie powinna się gotować, ponieważ może to zepsuć smak pasty miso, głównego składnika tej japońskiej zupy.