Leczenie kłykcin kończystych obejmuje leki miejscowe, temperatury zamarzania, prąd elektryczny i lasery z dwutlenkiem węgla. Lekarze mogą również zdecydować się na usunięcie chirurgiczne. Przebieg leczenia zazwyczaj zależy od stanu zdrowia i układu odpornościowego pacjenta, stanu ciąży oraz skuteczności wcześniejszych metod leczenia. Pracownicy służby zdrowia na ogół leczą tylko pacjentów z widocznymi zmianami w nadziei, że usunięcie pomoże układowi odpornościowemu w hamowaniu replikacji komórek wirusa.
Leczenie wstępne polega zwykle na zastosowaniu miejscowego żelu, roztworu lub maści na zmiany. Niektóre leki wymagają wielu aplikacji dziennie, podczas gdy inne muszą być stosowane raz dziennie przez określoną liczbę dni w tygodniu. Preparaty te są na ogół żrące i przeznaczone do niszczenia uszkodzonej tkanki. Skutki uboczne różnią się w zależności od rodzaju leku i wahają się od łagodnego do ciężkiego. Niektóre środki do stosowania miejscowego mogą powodować pieczenie i swędzenie okolicy, a inne preparaty mogą powodować bolesne owrzodzenie skóry.
Kiedy leki miejscowe dają niewystarczające wyniki, a pacjentka jest w ciąży, lekarze często leczą krioterapię krioterapią. Ten rodzaj leczenia kłykcin kończy się zazwyczaj powodzeniem w przypadku mniejszych zmian. Do każdej zmiany nanosi się kriosondę zawierającą ciekły azot. Szybkie zamrażanie, a następnie rozmrażanie rozrywa ściany komórkowe i powoduje rozległe uszkodzenia komórek. Zapalenie po leczeniu może również przyczynić się do procesu niszczenia komórek.
Elektrodesykacja lub elektrochirurgia to proces, w którym prąd elektryczny przepływa przez igłę lub małą pętlę. Metoda bipolarna igłowa dostarcza ciepło o wysokiej częstotliwości do namierzania miejsc. Pętla dwubiegunowa spala i przecina tkankę, jednocześnie zatrzymując krwawienie. Ten rodzaj leczenia kłykcin kończy się często usuwaniem większych brodawek narządów płciowych. Może być wykonywany w warunkach ambulatoryjnych w znieczuleniu miejscowym.
Terapię laserem dwutlenkowym można przeprowadzić w znieczuleniu miejscowym lub ogólnym. Leczenie kłykcin kończystych w ten sposób na ogół niszczy zmiany, oszczędzając otaczającą zdrową skórę. Pacjenci cierpiący na oporne lub rozległe zmiany często odnoszą korzyści z tego typu leczenia kłykcin kończystych. Raporty podają, że aż połowa pacjentów poddanych leczeniu laserem staje się całkowicie wolna od zmian chorobowych w ciągu trzech lat.
Chirurgiczne usuwanie zmian kłykcinowych polega na wycięciu tkanki z ciała za pomocą skalpela i może być wykonywane w znieczuleniu miejscowym lub ogólnym. Ta metoda leczenia kłykcin kończy się zwykle rozległymi lub opornymi procesami chorobowymi, a po usunięciu zmiany mogą być wymagane szwy. Badania wskazują, że do 72% pacjentów poddawanych zabiegowi chirurgicznemu pozbywa się zmian w ciągu jednego roku.