Naczelne tworzą porządek biologiczny, poziom klasyfikacji taksonomicznej znacznie powyżej gatunku, ale poniżej klasy i gromady. Naczelne są również kladem, co oznacza, że wywodzą się od wspólnego przodka, który, jak się uważa, żył ponad 65 milionów lat temu, kiedy dinozaury wciąż wędrowały po ziemi. Są one podzielone na trzy główne grupy: małpy Nowego Świata, małe naczelne żyjące w obu Amerykach; Małpy Starego Świata i małpy człekokształtne, które żyją wyłącznie w Afryce, z wyjątkiem ludzi żyjących wszędzie, oraz orangutanów żyjących w Indonezji i Malezji; i małpiatki, najbardziej prymitywne naczelne. Najbardziej znanym małpiatkiem jest lemur, który żyje na Madagaskarze, chociaż inne małpiatki można znaleźć w niewielkich ilościach w Azji Południowo-Wschodniej.
Naczelne dzieliło się kiedyś na małpiatki i małpiatki. Małpy są większe, bardziej ludzkie i przypominają naczelne, takie jak małpy i małpy, podczas gdy małpiatki są mniejsze i bardziej przypominają gryzonie. Później odkryto, że rodzina Tarsiidae (tarsiers), wcześniej określana jako małpiatki, była genetycznie bliższa małpom i dlatego została z nimi wrzucona do tego samego podrzędu. Tak więc rząd naczelnych składa się z dwóch podrzędów – podrzędu Strepsirrhini, małpiatki nie wyraka, i podrządu Haplorrhini, wyraka, małp i małp człekokształtnych.
Podrząd Haplorrhini dzieli się dalej na dwa infrarzędy – Tarsiiformes (tarsiery) i Simiiformes (małpy Starego i Nowego Świata). Simiiformes dzieli się na dwa parvordery – Platyrrhini (małpy Nowego Świata) i Catarrhini (małpy Starego Świata). Platyrrhini zawiera ponad 125 unikalnych gatunków, w tym małpy wyjce, pająki i wolly, małpy nocne i sowy, tamaryny i wiele innych. Catarrhini dzieli się na dwie nadrodziny, Cercopithecoidea (małpy Starego Świata, około 135 gatunków) i Hominoidea (gibony i ludzie, około 20 gatunków). Obecnie rozpoznanych jest ponad 378 gatunków naczelnych, a rocznie odkrywa się kilka nowych gatunków.
Ponieważ dopiero stosunkowo niedawno zdano sobie sprawę, że wyraki są bliżej spokrewnione z małpami, starsza klasyfikacja, dzieląca naczelne na podrzędy Prosimii i Anthropoidea, wciąż można znaleźć w wielu podręcznikach i na stronach internetowych. Wśród prymatologów wciąż panuje niezgoda co do tego, jaka powinna być prawdziwa klasyfikacja, ale podział Strepsirrhini/Haplorrhini jest kierunkiem, w którym zmierza akceptacja.
Małpy Starego Świata i małpy Nowego Świata rozeszły się około 45 milionów lat temu. Małpy Nowego Świata przekroczyły most lądowy Beringa w starożytnej epoce lodowcowej, przenosząc naczelne na dwa zupełnie nowe kontynenty. W tym czasie małpiatki można było znaleźć w znacznie szerszym regionie geograficznym niż obecnie, i obejmowały duże obszary Europy i Azji. Rywalizacja z małpami zmusiła wiele gatunków małpiatek do zapomnienia lub wyginięcia.
Około 25 milionów lat temu małpy Starego Świata (Cercopithecidae) oddzieliły się od małp człekokształtnych i gibonów (Hominoidea). Gibony („mniejsze małpy człekokształtne”) oddzieliły się od małp człekokształtnych i ludzi („wielkich małp”) około 18 milionów lat temu. Wielkie małpy składają się z goryli, szympansów, orangutanów i ludzi, gatunków najbardziej podobnych do ludzi. Ze względu na ich znaczną inteligencję, w wielu krajach istnieją grupy, które twierdzą, że wszystkie małpy człekokształtne powinny być traktowane jako osoby z pewnymi podstawowymi prawami, takimi jak wolność od eksperymentów. Najbardziej znanym ze wszystkich gatunków naczelnych jest oczywiście znajomy Homo sapiens sapiens.