Operacja ileostomii polega na odwróceniu części jelita tak, aby otworzyła się ona w woreczku. Ten rodzaj zabiegu stosuje się, gdy część jelita zostaje usunięta, ze względu na skutki raka lub innych chorób uszkadzających jelito. Istnieją różne rodzaje operacji ileostomii, a procedura może być tymczasowa, jak w przypadku ileostomii pętlowej, lub trwała. Worek może być sztuczny, noszony na zewnątrz ciała, jak w przypadku ileostomii końcowej, lub może być zbudowany z jelit i umieszczony wewnątrz ciała, jak w przypadku ileostomii kontynentalnej lub woreczka krętniczo-odbytniczego.
W stanach takich jak wrzodziejące zapalenie jelita grubego i choroba Leśniowskiego-Crohna układ odpornościowy atakuje jelita, powodując stan zapalny, biegunkę i ból. Gdy leki nie działają, może być konieczne wykonanie ileostomii w celu ominięcia uszkodzonego jelita, tak aby strawiony pokarm trafił prosto do woreczka. Zwykle u pacjentów z nieswoistymi zapaleniami jelit stosuje się rodzaj operacji ileostomii zwanej ileostomią końcową. W końcowej ileostomii jelito przechodzi przez otwór w skórze brzucha i otwiera się do syntetycznego worka noszonego na zewnątrz ciała. Jest to preferowane w porównaniu z metodami, w których wewnętrzny worek jest tworzony z innej części jelita, ponieważ istnieje ryzyko, że sam woreczek może z czasem zostać dotknięty stanem zapalnym jelit.
Kiedy dana osoba ma raka jelita, czasami oznacza to, że odcinek jelita musi zostać usunięty. Po wyzdrowieniu pozostałych jelit można je ponownie połączyć. Można zastosować rodzaj tymczasowej ileostomii, znanej jako ileostomia pętlowa, w której część jelita jest połączona z otworem lub stomią na powierzchni brzucha. Pozwala to na wydalanie kału do woreczka, podczas gdy pozostałe jelito może się zagoić. Operacja odwrócenia ileostomii pozwala na zamknięcie stomii i ponowne połączenie jelit.
Worek krętniczo-odbytniczy to rodzaj techniki chirurgii ileostomii, w której worek wykonany z jelit jest połączony z mięśniami wokół odbytu. Stosuje się go po usunięciu końcowych części jelita, okrężnicy i odbytnicy, co pozwala na stosunkowo normalne oddawanie kału. Jeśli nie można utworzyć woreczka ileo-analnego, zamiast tego można zastosować ileostomię kontynentalną. W ileostomii kontynentalnej torebka jest tworzona z tkanki jelitowej i znajduje się w jamie brzusznej. Ponieważ nie można go opróżnić jak zewnętrznego woreczka, w skórze tworzony jest zawór, przez który można wprowadzić rurkę, aby spuścić zawartość.