Różne rodzaje oprogramowania do marketingu afiliacyjnego obejmują samodzielne, hostowane, koszykowe i sieciowe. Ustalenie, jakiego typu oprogramowania użyć, zależy od długoterminowych celów firmy, preferowanych funkcjonalności i budżetu. Każdy rodzaj oprogramowania do marketingu afiliacyjnego ma swój własny poziom funkcji, możliwości i możliwości dostosowywania. Ogólnie rzecz biorąc, firmy, które chcą mieć pełną kontrolę nad dostosowywaniem i funkcjonalnością oprogramowania, najlepiej byłoby obsługiwać samodzielny typ, podczas gdy małe firmy bez działu IT mogą być bardziej zadowolone z oprogramowania hostowanego lub opartego na koszyku na zakupy.
Samodzielne oprogramowanie do marketingu afiliacyjnego jest instalowane na serwerze firmy i jest hostowane przez firmę. Zalety korzystania z tego typu oprogramowania obejmują zwiększone opcje dostosowywania, kontrolę nad przestojami i elastyczność w dodawaniu nowych funkcji. W zależności od tego, czy oprogramowanie ma otwarte czy zamknięte źródło, firma może również tworzyć własne funkcje, dodawać zaawansowane funkcje i tworzyć bardziej rozbudowane raporty. Wady obejmują czasami konieczność poniesienia wysokich kosztów początkowych i opłatę za przyszłe aktualizacje lub obsługę klienta.
Hostowane oprogramowanie do marketingu afiliacyjnego to rodzaj oprogramowania hostowanego na serwerze innej firmy. Nowe firmy i małe firmy są największymi dobrodziejami tego typu oprogramowania do marketingu afiliacyjnego, ponieważ jest ono szybkie w instalacji, ma niskie miesięczne płatności i nie wymaga przyszłych aktualizacji. Ponieważ tego typu oprogramowanie zwykle wymaga miesięcznej opłaty, z czasem może stać się droższe niż zakup samodzielnego oprogramowania marketingowego. Wady tego oprogramowania obejmują brak możliwości zaawansowanego dostosowywania, brak możliwości kontrolowania przestojów i konieczność oczekiwania na rozwiązanie problemów przez dział IT innej firmy.
Oprogramowanie do marketingu afiliacyjnego koszyka na zakupy jest zwykle dołączone do programu koszyka na zakupy e-commerce. Pozwala to na usprawnienie funkcjonalności i mniejsze prawdopodobieństwo błędów w obliczaniu wypłat dla partnerów. Chociaż jest to wygodne i zwykle opłacalne, może nie być wypełnione bogatymi funkcjami samodzielnego oprogramowania. Firmy muszą również poczekać, aż oprogramowanie koszyka na zakupy wyda aktualizacje, aby otrzymać więcej funkcji lub poprawić błędy.
Oprogramowanie do sieciowego marketingu afiliacyjnego zyskuje na popularności, ponieważ firmy nie muszą tracić czasu na dodawanie funkcji, aktualizowanie lub komunikowanie się bezpośrednio z afiliantami. Ten rodzaj hostowanego oprogramowania partnerskiego zapewnia swoim członkom bazę danych programów partnerskich do wyboru, dzięki czemu mogą zarządzać wszystkimi swoimi zarobkami w jednym miejscu. Firma musi dostarczyć sieci afiliacyjnej swoje banery marketingowe, szczegóły dotyczące nagród oraz warunki. Mimo że ten rodzaj oprogramowania do marketingu afiliacyjnego jest wygodny dla firm, zwykle mają one najmniejszą kontrolę nad zarządzaniem kampaniami i komunikacją z podmiotami stowarzyszonymi za pośrednictwem tego typu oprogramowania.