Istnieją różne rodzaje problemów ze świnkami morskimi, z których niektóre mogą być na tyle poważne, że wymagają opieki weterynaryjnej. Choroby żołądkowo-jelitowe są powszechne wśród świnek morskich, podobnie jak wyrywanie futra. U niektórych świnek morskich samookaleczenie poprzez skubanie sierści i skóry może spowodować infekcję. Może to wynikać z braku aktywności lub nudy, nieodpowiedniej diety lub złych warunków mieszkaniowych. Problemy świnek morskich mogą również obejmować inwazję roztoczy, które mogą być przenoszone z jednego gryzonia na drugiego.
Świnki morskie są powszechnymi zwierzętami domowymi i chociaż wydają się być odporne, są podatne na pewne dolegliwości. Jednym z najczęstszych problemów świnek morskich są wzdęcia i biegunka. Może to być spowodowane infekcją bakteryjną lub pasożytami. Bez względu na przyczynę, ciężka biegunka u świnki morskiej może prowadzić do zagrażającego życiu odwodnienia. W takim przypadku niezbędny jest doustny roztwór nawadniający, a także może być wskazana modyfikacja diety.
Kiedy dieta świnki morskiej ulega nagłej zmianie, zwierzę może całkowicie przestać jeść. Problemy świnek morskich związane z anoreksją mogą również zagrażać życiu. Ten stan nie jest niczym niezwykłym u świnek morskich, a szybka utrata masy ciała może być śmiertelna, jeśli interwencja nie jest wymagana. Weterynarz może zalecić wykonanie badań krwi, aby wykluczyć obecność choroby.
Często zdarza się, że problemy świnek morskich obejmują problemy z zębami. Świnki morskie z przerośniętymi zębami trzonowymi mogą cierpieć na niedobory żywieniowe z powodu niechęci zwierzęcia do jedzenia. W takim przypadku weterynarz może uznać za konieczne przycięcie zębów gryzonia. Weterynarze używają specjalnych narzędzi do badania i przycinania siekaczy świnki morskiej.
Właściciele zwierząt domowych, którzy mają starsze świnki morskie, mogą zauważyć nieprzyjemny zapach z okolicy odbytu zwierzęcia. Może to być spowodowane tak zwanym zaklinowaniem odbytu z powodu miękkich stolców, stanem powszechnym u starszych gryzoni. Delikatne oczyszczanie może pomóc usunąć kał otaczający obszar odbytu. Jednak w niektórych przypadkach świnka morska może wymagać leczenia przez weterynarza.
Choroby układu oddechowego, takie jak zapalenie płuc, są powszechne u starszych świnek morskich lub zwierząt z istniejącym schorzeniem. Bakteryjne zapalenie płuc może być śmiertelne, jeśli nie zostanie szybko leczone. Kiedy dwie lub więcej świnek morskich jest trzymanych w jednej klatce, infekcja może szybko rozprzestrzenić się wśród gryzoni. Niezbędna jest regularna dezynfekcja klatek i naczyń do karmienia, aby zapobiec rozprzestrzenianiu się choroby wśród świnek morskich.