Dla uproszczenia męski układ rozrodczy można podzielić na część wewnętrzną i zewnętrzną. Zewnętrznie system składa się z penisa i moszny. W mosznie znajdują się jądra, najądrza i furgonetki. Inne wewnętrzne części męskiego układu rozrodczego obejmują gruczoł krokowy, gruczoły opuszkowo-cewkowe i cewkę moczową.
Penis jest jedną z najbardziej rozpoznawalnych części męskiego układu rozrodczego i ma dwie podstawowe części. Żołądź lub głowa prącia to część, która, jak się uważa, znacząco przyczynia się do odczuwania przyjemności z doznań seksualnych, i zawiera ujście moczowe, które jest otworem umożliwiającym ucieczkę moczu i nasienia z organizmu. Druga część penisa to trzon, czyli cylindryczna część penisa, która usztywnia się i wydłuża podczas podniecenia seksualnego.
Poniżej penisa znajduje się przypominająca worek struktura zwana moszną. Zawiera dwie owalne części zwane jądrami, które odpowiadają za produkcję i przechowywanie nasienia oraz produkcję testosteronu. W mosznie znajdują się również najądrza i vans deferens, które działają jak sieć przewodów dla męskiego układu rozrodczego. Inną ważną funkcją moszny jest to, że poprzez rozszerzanie i kurczenie, pomaga regulować temperaturę jąder, wystawiając je na mniej lub więcej ciepłotę ciała.
Pęcherzyki nasienne znajdują się w pobliżu podstawy pęcherza. Te małe, przypominające worki struktury łączą się z furgonetkami. Większość płynu nasiennego jest produkowana przez te struktury. Jego wkład jest bogaty we fruktozę, dzięki czemu zapewnia plemnikom paliwo, którego potrzebują do poruszania się.
Gruczoł krokowy jest wewnętrzną częścią męskiego układu rozrodczego. Znajduje się pod pęcherzem i odgrywa rolę w produkcji nasienia, dostarczając płyny odżywiające plemniki. Cewka moczowa to kanał, który przenosi mocz z pęcherza do przewodu moczowego. Ten kanał, który przechodzi przez gruczoł krokowy, zawiera również nasienie. Cewka moczowa jest skonstruowana tak, że nie pozwala na mieszanie lub równoczesny transport nasienia i moczu.
Po bokach cewki moczowej znajdują się gruczoły opuszkowo-cewkowe, czasami nazywane gruczołami Cowpera. Struktury te wytwarzają przejrzysty płyn, który często wydziela się z penisa w okresach, gdy mężczyzna jest podniecony seksualnie, ale poprzedza wytrysk. Fakt, że płyn jest wytwarzany przed wytryskiem, jest istotny, ponieważ uważa się, że jednym z jego celów jest służenie jako lubrykant. Ponieważ spływa do cewki moczowej, uważa się również, że neutralizuje kwasowość, która może wynikać z moczu.