Mówi się, że izoflawony mają różne zalety, ale mają również pewne skutki uboczne, które mogą być uciążliwe, a nawet niebezpieczne dla osób przyjmujących tę substancję. Niektóre skutki uboczne izoflawonów dotykają głównie kobiety, ponieważ kobiety w ciąży i te, które walczyły z rakiem piersi, są zwykle najbardziej narażone na negatywne skutki. Jednak każda kobieta może odczuwać uderzenia gorąca i przyrost masy ciała podczas przyjmowania izoflawonów. Mężczyźni natomiast mogą zauważyć obniżone libido, bezpłodność i utratę pamięci podczas przyjmowania suplementów izoflawonu. Inne skutki uboczne izoflawonów mogą dotyczyć zarówno kobiet, jak i mężczyzn, przy czym biegunka, alergie pokarmowe i bóle głowy są jednymi z najczęstszych problemów.
Niektóre skutki uboczne są specyficzne dla kobiet, ponieważ izoflawony mogą wpływać na równowagę hormonalną w kobiecym ciele, prowadząc do negatywnych konsekwencji. Na przykład osoby, które miały historię raka piersi, zwykle są zniechęcane do przyjmowania izoflawonów, ponieważ mogą one stymulować komórki raka piersi, które już mogą być obecne. Mówi się również, że izoflawony wpływają na leki stosowane w leczeniu raka piersi, ale kobiety bez historii tego typu nowotworu są zwykle uważane za bezpieczne przed tym możliwym działaniem niepożądanym. Dodatkową obawą jest to, że izoflawony mogą być szkodliwe dla nienarodzonych dzieci, które do prawidłowego rozwoju w macicy potrzebują określonej równowagi hormonalnej, dlatego kobietom w ciąży zwykle zaleca się pomijanie tego typu suplementów. Każda kobieta jest podatna na przybieranie na wadze i uderzenia gorąca, które mogą towarzyszyć izoflawonom, dlatego zaleca się kobietom, aby upewnić się, że możliwe korzyści przeważają nad możliwymi skutkami ubocznymi.
Mężczyźni mogą również odczuwać pewne skutki uboczne izoflawonów, których kobiety mogą nie odczuwać, ponieważ zwykle mają one inną równowagę hormonalną. Jednym z największych skutków ubocznych u mężczyzn jest obniżone libido, ponieważ podwyższony poziom estrogenu może prowadzić do obniżenia poziomu testosteronu, co może również skutkować niepłodnością. Dodatkowe skutki uboczne dla mężczyzn mogą obejmować zmęczenie, utratę pamięci i osłabienie funkcji poznawczych. Wiele badań pokazuje, że kobiety nie doświadczają tych skutków ubocznych izoflawonów, więc mężczyźni powinni mieć to na uwadze przed przyjęciem tej substancji w oparciu o przychylne recenzje od kobiet.
Niektóre skutki uboczne izoflawonów dotyczą zarówno mężczyzn, jak i kobiet. Niektórzy ludzie mają zaparcia podczas przyjmowania izoflawonów sojowych, podczas gdy inni mogą mieć biegunkę i rozstrój żołądka. Bóle głowy i uczucie zawrotów głowy to również niektóre negatywne skutki działania izoflawonów. Możliwe jest również, że substancja ta powoduje kamienie nerkowe, alergie pokarmowe i problemy z tarczycą, dlatego osobom decydującym się na izoflawony zaleca się zwracanie uwagi na te skutki uboczne.