Małe dzieci z autyzmem często rozwijają się normalnie, dopóki nie osiągną wieku 12-24 miesięcy. Jednak z perspektywy czasu wielu opiekunów dzieci z autyzmem donosi, że pewne subtelne oznaki autyzmu były obecne nawet w okresie niemowlęcym. Ogólnie rzecz biorąc, autyzm u małych dzieci będzie wykazywać oznaki opóźnień w komunikacji i umiejętnościach społecznych, a także zachowania i problemy sensoryczne; stopień nasilenia, od łagodnego do ciężkiego, jest różny. Na przykład między 12 a 24 miesiącem małe dzieci mogą przestać rozmawiać lub wchodzić w interakcje z innymi. Inne oznaki to autostymulacja, powtarzalne zachowania, opóźnione umiejętności w zabawie oraz nadwrażliwość lub hipowrażliwość na bodźce sensoryczne. Małe dzieci mogą również mieć problemy ze snem i nieprzewidywalne zachowania, w tym agresję, a także ogólny brak ciekawości.
Jedną z pierwszych oznak autyzmu u małych dzieci jest regresja i/lub opóźnienia w umiejętnościach komunikacyjnych. Większość małych dzieci lubi gry towarzyskie, takie jak pasztecik lub akuku, i może używać do komunikacji słów, takich jak mamusia, jedz, pożegnaj i pożegnanie. Kiedy jednak rozwija się autyzm, wszystko to ustaje. Maluch traci umiejętność werbalnego wyrażania pragnień i potrzeb; słowa, których nauczył się do tej pory w życiu, można zastąpić echolaliami, czyli papugowaniem lub naśladowaniem słów bez nadawania im żadnego znaczenia. Kontakt wzrokowy zmniejsza się lub znika, wskazywanie, machanie i inne gesty ustają, a zakres mimiki malucha zostaje poważnie ograniczony.
Drugą oznaką autyzmu u małych dzieci jest brak zainteresowania interakcjami społecznymi. Większość maluchów lubi bawić się z innymi dziećmi i jest ciekawa otaczającego ich świata, ale maluch z autyzmem woli być sam. Kiedy maluch z autyzmem nawiązuje kontakt z innymi, traktuje tę osobę tak samo, jak traktuje krzesło lub inny przedmiot w otoczeniu; zazwyczaj jest bardzo ograniczone, jeśli w ogóle, emocjonalne połączenie. Małe dzieci z autyzmem zwykle nie lubią być trzymane lub przytulane, ale są bardzo podekscytowane, gdy są łaskotane.
Machanie rękami, uderzanie głową, dłubanie w skórze, gryzienie lub inne samookaleczenia to również niektóre z behawioralnych objawów autyzmu u małych dzieci. Może występować podwyższona wrażliwość na dźwięk, ale brak wrażliwości na ból i zimno. Niektóre małe dzieci z autyzmem mogą kręcić się w kółko przez długi czas lub mogą być zaabsorbowane patrzeniem na określone wzorce lub ruchy obiektów, takich jak telefon komórkowy, wentylator, a nawet kurz unoszący się w powietrzu. Małe dzieci z autyzmem mają tendencję do używania przedmiotów w nietypowy sposób, takich jak ustawianie pokrywek z kuchennej szuflady, kredki, ołówki czy zabawki; jeśli linie zostaną zakłócone, maluch może się bardzo zdenerwować.
Zaburzenia snu są również często obserwowane u małych dzieci z autyzmem. Mogą nie spać przez długi czas i spać tylko trzy lub cztery godziny na raz. Małe dzieci z autyzmem mogą również wymagać znacznie większego nadzoru niż przeciętne dziecko i mogą nie być w stanie wykonywać prostych czynności, takich jak zakładanie skarpetek.