Badanie amniopunkcji może dostarczyć rodzinom i ich pracownikom służby zdrowia ważnych informacji na temat dobrostanu rozwijającego się dziecka. Może pomóc lekarzowi zdiagnozować zaburzenia genetyczne i ocenić, czy płód jest wystarczająco dojrzały, aby przeżyć poza macicą. Ta procedura nie jest jednak pozbawiona ryzyka. Powikłania amniopunkcji mogą obejmować zakażenie, krwawienie, wyciek płynu owodniowego, poronienie i uszkodzenie płodu. W niektórych przypadkach procedura nie dostarcza dokładnych informacji o płodzie.
Największą zaletą badania amniopunkcji jest to, że dostarcza próbki materiału genetycznego rozwijającego się płodu. Informacje te mają kluczowe znaczenie dla bardziej ostatecznej diagnozy prenatalnej zespołów genetycznych. Chociaż ultradźwięki i testy wykonane na krwi matki mogą sugerować takie stany, jak zespół Downa, amniopunkcja zapewnia dokładniejszą diagnozę.
Badanie amniopunkcji jest również ważne w ocenie kobiet zagrożonych porodem przedwczesnym. Próbkę uzyskaną z procedury można zbadać, aby ocenić dojrzałość płuc płodu. Niedojrzałe płuca mogą sugerować, że kobieta powinna starać się jak najdłużej utrzymać ciążę, aby dać dziecku jak największą szansę na przeżycie po urodzeniu. W przeciwieństwie do tego, posiadanie testu, który sugeruje, że dojrzałe płuca może zmienić równowagę na korzyść porodu przedwcześnie urodzonego.
Niestety, istnieje wiele zagrożeń związanych z badaniem amniopunkcji. Niektóre zagrożenia związane są z faktem, że amniopunkcja jest zabiegiem inwazyjnym. Zawsze istnieje ryzyko infekcji skóry matki lub płynu owodniowego otaczającego rozwijający się płód. W wyniku zabiegu kobiety mogą nadmiernie krwawić. Niektóre kobiety doświadczają uporczywego wycieku płynu owodniowego z miejsca wkłucia igły.
Poronienie po amniopunkcji to kolejna wada procedury. Różni badacze oszacowali różne wskaźniki utraty płodu po amniopunkcji. Ogólnie ryzyko poronienia pozabiegowego szacuje się na 1.1 do 2.2%. Jest to wzrost z 0.7 do 1.5% u porównywalnych kobiet, które nie przeszły amniopunkcji. Innymi słowy, ryzyko poronienia związane z zabiegiem waha się od jednego na 300 do jednego na 500.
Inne zagrożenia związane z badaniem amniopunkcji można uznać za wady procedury. Igła może zranić rozwijający się płód, chociaż ryzyko to jest rzadkie, ponieważ powszechną praktyką stało się stosowanie ultradźwięków do prowadzenia igły. Czasami komórki uzyskane z płynu owodniowego nie są reprezentatywne dla genetycznego składu rozwijającego się płodu, a diagnoza genetyczna uzyskana na podstawie analizy tych komórek może być nieprawidłowa. Procedura również nie zawsze kończy się powodzeniem, co oznacza, że czasami pobierana jest niewystarczająca ilość płynu do pełnej analizy.