Istnieje wiele korzyści związanych z pełnoziarnistą pszenicą, niektóre z nich mają wartość odżywczą, a niektóre dotyczą procesu gotowania. Wiele naturalnie występujących składników odżywczych w pszenicy znajduje się w otrębach i kiełkach pszennych jagód, które są usuwane podczas przetwarzania pszenicy na białą mąkę i inne produkty. Stosowanie pełnoziarnistej pszenicy zwiększa ilość magnezu, manganu i błonnika, które mogą się łączyć, aby pomóc organizmowi pracować wydajniej, zmniejszyć ryzyko niektórych chorób i zapewnić lepsze trawienie. Niektórzy producenci stwierdzili, że stosowanie pszenicy pełnoziarnistej również przynosi korzyści ich liniom produkcyjnym, ponieważ jest ona trwalsza i może być łatwo mieszana, mierzona i śledzona od zbioru do produktu końcowego, w przeciwieństwie do niektórych bardziej przetworzonych mąk.
Jednym z kluczowych sposobów, w jaki pszenica pełnoziarnista może przynieść organizmowi korzyści, jest sposób jej trawienia. Zarodki i otręby są konsumowane, więc organizm trawi pszenicę wolniej, niż gdyby nie zostały uwzględnione. Pozwala to na wolniejszą i naturalną przemianę pszenicy w cukry niż w przypadku przetworzonej, drobno zmielonej białej mąki wytworzonej z bielma pszenicy. Zmniejszenie szybkości trawienia może pomóc w uniknięciu skoków cukru we krwi, które mogą powodować niepożądane reakcje. Oznacza to również, że osoba, która jadła pełnoziarnistą pszenicę, będzie czuła się pełna przez dłuższy czas, pomagając w utrzymaniu zdrowej wagi.
Magnez zawarty w pszenicy pełnoziarnistej może pomóc w zapobieganiu problemom z produkcją insuliny, prawdopodobnie zmniejszając ryzyko zachorowania na cukrzycę typu 2. Wykazano również, że jedzenie pełnoziarnistej pszenicy zmniejsza ryzyko chorób serca i raka piersi. Niektóre elementy zawarte w pszenicy pełnoziarnistej, takie jak różne rodzaje kwasów w otrębach, mają przeciwutleniacze i inne właściwości, które mogą zwalczać infekcje i choroby i ogólnie mają korzystny wpływ na organizm, jeśli są spożywane w odpowiednich ilościach w ramach zdrowej diety.
Niektóre firmy produkujące komercyjne wypieki odkryły, że stosując pełnoziarnistą pszenicę, są w stanie lepiej śledzić i kontrolować dostawy ziarna od źródła do produkcji. Ziarno może również wytrzymać niektóre techniki przetwarzania z bardziej korzystnymi wynikami niż przetworzona puszka z białej mąki. Powiązane korzyści zdrowotne oznaczają również, że niektórzy producenci uważają za korzystne reklamowanie stosowania pełnych ziaren w swojej żywności, aby przyciągnąć konsumentów.