Krem Imiquimod stosuje się w leczeniu brodawek narządów płciowych, rogowacenia słonecznego i raka podstawnokomórkowego skóry. Krem działa poprzez stymulację produkcji cytokin, które pomagają w eliminacji wirusów i komórek nowotworowych. Krem stosuje się również w celu zapobiegania dalszemu rozwojowi ewentualnych nowotworowych zmian skórnych. Imikwimod w kremie jest nakładany miejscowo, a czas trwania leczenia może wynosić od jednego do czterech miesięcy, w zależności od problemu medycznego, który ma zostać rozwiązany. Stosowanie może powodować kilka negatywnych skutków ubocznych, w tym luźne wypróżnienia, objawy grypopodobne i bóle ciała.
Brodawki narządów płciowych są zwykle leczone imikwimodem w kremie zamiast zwykłych metod — przyżegania i zamrażania — ponieważ dotknięty obszar jest trudniej dostępny i ma delikatniejszy charakter dla pacjenta. Krem Imiquimod daje osobom możliwość samoleczenia, co może mieć znaczenie dla osób wrażliwych na swoje ciała. Krem nakłada się w pobliżu narządów płciowych, odbytu i innych dotkniętych obszarów co najmniej trzy razy w tygodniu; kremu nie należy nakładać bezpośrednio w otwory, ponieważ skóra wewnątrz może być zbyt wrażliwa na zabieg. Aby uzupełnić lek, lekarze zalecają pacjentom utrzymywanie dotkniętych chorobą obszarów w jak największej czystości i suchości. Po 16 tygodniach leczenia i pielęgnacji brodawki powinny zostać całkowicie usunięte.
Leczenie rogowacenia słonecznego, znanego również jako rogowacenie słoneczne, polega na nałożeniu kremu na zmiany około dwa razy w tygodniu przez 16 tygodni. Rogowacenie słoneczne występuje, gdy keratynocyty w najbardziej zewnętrznej warstwie skóry rosną w nienormalnym stopniu, zwykle wywołanym nadmierną ekspozycją na światło słoneczne. Stymulacja immunologiczna zapewniana przez imikwimod w kremie pomaga zahamować wzrost keratocytów, ostatecznie oczyszczając skórę z choroby.
Krem Imiquimod stosuje się również w leczeniu raka podstawnokomórkowego skóry, a także zmian, które potencjalnie mogą przekształcić się w raka. Leczenie polega na nałożeniu kremu na dotknięty obszar skóry co najmniej pięć razy w tygodniu przez okres co najmniej sześciu tygodni. W okresie leczenia pacjenci mogą zauważyć stan zapalny skóry — stopień, w jakim zmienia się on w zależności od reakcji pacjenta na lek. Po sześciu tygodniach pacjenci powinni mieć biopsję zmian w celu określenia skuteczności leczenia. Jeśli wyniki badań wskazują na postęp w kierunku eliminacji komórek rakowych, leczenie prowadzi się tak długo, jak jest to konieczne, aż albo leczenie nie zadziała, albo komórki rakowe zostaną całkowicie usunięte ze skóry pacjenta.