Η πέψη πρωτεϊνών ακολουθεί μια πολύ άκαμπτη διαδικασία. ο σκοπός είναι να διασπάσει την πρωτεΐνη σε μικρότερα συστατικά, που ονομάζονται αμινοξέα, τα οποία χρησιμοποιούνται για την αναδόμηση ή την αντικατάσταση κατεστραμμένων ή πεθαμένων πρωτεϊνών στο σώμα μετά την ολοκλήρωση της πέψης. Υπάρχουν εννέα απαραίτητα αμινοξέα, τα οποία συχνά αναφέρονται ως δομικά στοιχεία. Η φυσική πράξη της πέψης των πρωτεϊνών ξεκινά από το στόμα, όταν η τροφή που περιέχει την πρωτεΐνη μασάται σε μικρότερα κομμάτια. Η χημική διαδικασία της πέψης των πρωτεϊνών ξεκινά όταν η τροφή εισέρχεται στο στομάχι και είναι αυτό το μέρος της διαδικασίας που επιτρέπει στην πρωτεΐνη να διασπαστεί σε μόρια που μπορεί να χρησιμοποιήσει το σώμα.
Όταν η τροφή εισέρχεται στο στόμα, διασπάται σωματικά με την πράξη της μάσησης. Ορισμένα τρόφιμα που περιέχουν μεγάλη ποσότητα πρωτεΐνης προς πέψη περιλαμβάνουν κρέας, αυγά, ξηρούς καρπούς και γαλακτοκομικά. Η τροφή αναμιγνύεται με σάλιο στο στόμα, το οποίο βοηθά το ταξίδι του στον οισοφάγο. Μεταξύ του οισοφάγου και του στομάχου υπάρχει μια βαλβίδα που ονομάζεται σφιγκτήρας, και όταν το φαγητό ταξιδεύει μέσω αυτής της βαλβίδας, ξεκινά η χημική διαδικασία της πέψης των πρωτεϊνών.
Κατά τη χημική διαδικασία της πέψης πρωτεϊνών, το υδροχλωρικό οξύ, μαζί με ένζυμα γνωστά ως πεψίνες, αναμειγνύονται με τα μόρια πρωτεΐνης και σπάνε τους δεσμούς που συγκρατούν τα μόρια μαζί. Μόλις σπάσουν αυτοί οι δεσμοί, μέσω μιας διαδικασίας γνωστής ως υδρόλυσης, οι πρωτεΐνες είναι κοντά στο να γίνουν τα απαραίτητα αμινοξέα που χρειάζονται το σώμα. Η διαδικασία της πέψης πρωτεϊνών στο στομάχι μπορεί να διαρκέσει έως και τέσσερις ώρες, αλλά υπάρχουν διάφοροι παράγοντες που μπορεί να επηρεάσουν τον χρόνο που χρειάζεται.
Μόλις ολοκληρωθεί η πέψη στο στομάχι, οι σχεδόν διασπασμένες πρωτεΐνες μετακινούνται μέσω του δωδεκαδακτύλου στο λεπτό έντερο. Σε αυτό το σημείο, το πάγκρεας τελειώνει τη διάσπαση της πρωτεΐνης απελευθερώνοντας ένα ένζυμο που ονομάζεται τρυψίνη. Μόλις ολοκληρωθεί αυτή η τελική διάσπαση, τα αμινοξέα μετακινούνται μέσω του τοιχώματος του λεπτού εντέρου σε μικρά τριχοειδή αγγεία. Η χωνευμένη πρωτεΐνη, ή αμινοξέα, ταξιδεύει μέσω του ήπατος πριν εισέλθει στην κύρια κυκλοφορία του αίματος. Στη συνέχεια, τα αμινοξέα ταξιδεύουν σε όλο το σώμα στα όργανα που χρειάζονται περισσότερα για αναπλήρωση.
Εάν το σώμα έχει πάρα πολύ πρωτεΐνη και δεν μπορεί να αφομοιωθεί και να απορροφηθεί στην κυκλοφορία του αίματος, το υπόλοιπο θα συνεχιστεί μέσω του παχέος εντέρου και θα ταξιδέψει μέσω των νεφρών. Σε αυτό το σημείο, μετατρέπεται σε απόβλητο προϊόν γνωστό ως ουρία. Στη συνέχεια αποβάλλεται από το σώμα στα ούρα.