Οι διαφορές μεταξύ της κλοναζεπάμης και της αλπραζολάμης είναι αρκετά μικρές, επειδή και τα δύο φάρμακα ανήκουν στην οικογένεια των βενζοδιαζεπινών και έχουν παρόμοιες δράσεις. Και οι δύο θεραπείες χρησιμοποιούνται για αγχώδεις διαταραχές, αλλά η κλοναζεπάμη συνταγογραφείται συχνά και για επιληπτικές κρίσεις. Οι δόσεις αυτών των φαρμάκων είναι επίσης διαφορετικές σε ορισμένες περιπτώσεις. Για παράδειγμα, εάν ένας ασθενής λαμβάνει αλπραζολάμη για διαταραχές πανικού, θα χρειαζόταν 0.5 χιλιοστόγραμμα (mg) τρεις φορές την ημέρα, αλλά εάν ο ίδιος ασθενής λαμβάνει κλοναζεπάμη θα του χορηγηθεί μόνο 0.25 mg δύο φορές την ημέρα.
Η κλοναζεπάμη και η αλπραζολάμη μπορούν να διαφοροποιηθούν πιο εύκολα από τις καταστάσεις που συνήθως χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία. Ενώ και οι δύο θεραπείες είναι κατάλληλες για χρήση σε ασθενείς με αγχώδεις διαταραχές, η κλοναζεπάμη μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία ασθενών που πάσχουν από επιληπτικές διαταραχές. Το φάρμακο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία επιληπτικών κρίσεων, ακινητικών κρίσεων και μυοκλονίας. Αντίθετα, η αλπραζολάμη χρησιμοποιείται μόνο για τη θεραπεία αγχωδών διαταραχών και κρίσεων πανικού. Αυτή η διαφορά στις επιδράσεις της κλοναζεπάμης και της αλπραζολάμης μπορεί να εξηγηθεί από τη διαφορά στη χημική δομή και το περιεχόμενό τους.
Οι δόσεις αυτών των φαρμάκων μπορεί να διαφέρουν, ακόμη και όταν χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία των ίδιων καταστάσεων. Οι κρίσεις πανικού είναι μια κατάσταση για την οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν και οι δύο θεραπείες, και αυτή η κατάσταση δείχνει τη διαφορά στις δοσολογίες του φαρμάκου. Ένας ασθενής που παίρνει αλπραζολάμη για κρίσεις πανικού απαιτεί δόσεις 0.5 mg τρεις φορές την ημέρα. Οι δόσεις κλοναζεπάμης είναι γενικά χαμηλότερες και πρέπει να χορηγούνται λιγότερο συχνά. Ενώ και τα δύο μπορούν να αυξηθούν ανάλογα με τις ανάγκες, η αρχική δόση κλοναζεπάμης είναι μόνο 0.25 mg δύο φορές την ημέρα, συνολικής διαφοράς 1 mg την ημέρα.
Οι ομοιότητες μεταξύ της κλοναζεπάμης και της αλπραζολάμης είναι πιο εμφανείς από τις διαφορές τους, επειδή τα φάρμακα ανήκουν στην ίδια γενική κατηγορία. Τα φάρμακα βενζοδιαζεπίνης τονίζουν τις επιδράσεις του γάμμα-αμινοβουτυρικού οξέος (GABA), το οποίο είναι ένας νευροδιαβιβαστής που βρίσκεται στον εγκέφαλο. Οι νευροδιαβιβαστές μπορούν βασικά να θεωρηθούν ως χημικοί αγγελιοφόροι και οι γιατροί πιστεύουν ότι σχετίζονται άμεσα με το άγχος και τις διαταραχές της διάθεσης. Το GABA είναι ένας νευροδιαβιβαστής που επιβραδύνει τη δραστηριότητα του εγκεφάλου. Σε ασθενείς με διαταραχές πανικού ή άγχους, η υπερβολική εγκεφαλική δραστηριότητα μπορεί να είναι καταλύτης για επιθέσεις.
Αυτή η επίδραση τόσο της κλοναζεπάμης όσο και της αλπραζολάμης στη μείωση της συνολικής εγκεφαλικής δραστηριότητας μπορεί να οδηγήσει σε αρκετές παρενέργειες. Για παράδειγμα, και οι δύο θεραπείες μπορεί να προκαλέσουν γενική καταστολή, ακόμη και σε χαμηλές δόσεις, και η αλπραζολάμη σε υψηλότερες δόσεις μπορεί επίσης να προκαλέσει προβλήματα ομιλίας και μνήμης και συνολική κόπωση. Και οι δύο θεραπείες μπορούν επίσης να προκαλέσουν συμπτώματα στέρησης εάν ληφθούν για μεγάλο χρονικό διάστημα και στη συνέχεια διακοπούν.