Υπάρχουν τρεις βασικές διαφορές μεταξύ των τομέων της συμβατικής και της εναλλακτικής ιατρικής. Η συμβατική ιατρική βασίζεται κυρίως σε μελέτες αποτελεσματικότητας για να βασιστεί στις θεραπείες, σε σύγκριση με εναλλακτικές θεραπείες που τείνουν να μην απαιτούν υψηλό επίπεδο επιστημονικής απόδειξης. Οι εναλλακτικοί ιατροί συνήθως εξετάζουν την υγεία ενός ασθενούς στο σύνολό του ως βάση για θεραπείες, ενώ οι συμβατικοί ιατροί συχνά εξετάζουν μόνο την προβληματική περιοχή του σώματος. Τα εκπαιδευτικά προσόντα και τα πρότυπα αδειοδότησης μπορεί επίσης να είναι πιο αυστηρά για τους συμβατικούς ιατρούς σε σύγκριση με τους εναλλακτικούς ιατρούς.
Η συμβατική ιατρική ονομάζεται επίσης επιστημονική ιατρική, λόγω των τρόπων με τους οποίους οι γιατροί επιλέγουν τις κατάλληλες θεραπείες για έναν ασθενή. Οι κλινικές μελέτες, που εξετάζουν άτομα με ένα συγκεκριμένο πρόβλημα και πώς μια συγκεκριμένη θεραπεία τους ωφελεί, αποτελούν τη βάση της συμβατικής ιατρικής. Αυτή η μέθοδος ελέγχου εάν μια θεραπεία λειτουργεί και πόσο καλά λειτουργεί, επιτρέπει στους γιατρούς να απορρίπτουν θεραπείες που δεν είναι αποτελεσματικές και να εφαρμόζουν θεραπείες που είναι πιο ωφέλιμες για τον ασθενή. Η συμβατική και η εναλλακτική ιατρική διαφέρουν στο ότι, ενώ οι εναλλακτικοί ιατροί μπορούν να υποβάλουν τις θεραπείες τους στη διαδικασία κλινικής μελέτης, δεν αποτελεί ουσιαστικό μέρος της διαδικασίας επιλογής θεραπείας.
Παραδείγματα συμβατικών ιατρικών πρακτικών περιλαμβάνουν χημειοθεραπεία, χειρουργικές επεμβάσεις και εμβολιασμούς. Οι εναλλακτικές θεραπείες περιλαμβάνουν βελονισμό, ομοιοπαθητική και βοτανοθεραπεία. Οι εναλλακτικές θεραπείες είναι τεχνικά εκείνες στις οποίες οι άνθρωποι επιλέγουν να υποβληθούν αντί για μια συμβατική θεραπεία, ενώ οι συμπληρωματικές θεραπείες είναι αυτές που επιλέγουν οι ασθενείς καθώς και η συμβατική ιατρική θεραπεία.
Ένας από τους λόγους για τους οποίους ένα άτομο μπορεί να κοιτάξει τη συμβατική και εναλλακτική ιατρική και να επιλέξει τη δεύτερη είναι ότι οι γιατροί τείνουν να εξετάζουν κυρίως τη θέση ενός προβλήματος στο σώμα και μπορεί να παραμελούν το υπόλοιπο σώμα. Οι εναλλακτικοί επαγγελματίες συνήθως προσπαθούν να αντιμετωπίσουν ολόκληρο το σώμα ολιστικά. Αυτό μπορεί να ταιριάζει καλύτερα σε πνευματικούς ή φιλοσοφικούς τρόπους εξέτασης της ασθένειας και μπορεί επίσης να δώσει στον ασθενή την αίσθηση ότι έχει περισσότερο έλεγχο στο σώμα του σε σύγκριση με μια δυνητικά πιο αυταρχική προσέγγιση από έναν συμβατικό επαγγελματία ιατρό. Οι επαγγελματίες της συμβατικής και της εναλλακτικής ιατρικής μπορεί επίσης να διαφωνούν ευρέως ως προς τα αίτια της ασθένειας, με τους συμβατικούς επαγγελματίες να επικεντρώνονται στην επιστημονική έρευνα, ενώ οι εναλλακτικοί επαγγελματίες μπορεί να εργάζονται σε μια έννοια όπως τα ενεργειακά πεδία ή οι κακώς ευθυγραμμισμένες σκελετικές δομές.
Γενικά, εάν μια εναλλακτική ιατρική λειτουργεί αποτελεσματικά και μπορεί να περάσει με επιτυχία τη διαδικασία κλινικής μελέτης, γίνεται μέρος της συμβατικής ιατρικής. Ένα παράδειγμα είναι η ιατρική μαριχουάνα, η οποία αν και έχει μια θέση στην παραδοσιακή βοτανοθεραπεία, δεν ήταν εγκεκριμένο φάρμακο έως ότου πέρασε κλινικές μελέτες και έγινε ευρύτερα αποδεκτή στη συμβατική ιατρική. Καθώς οι συμβατικοί επαγγελματίες της ιατρικής είναι επιφυλακτικοί για τις νέες θεραπείες, μέχρι να αποδειχθούν ασφαλείς και αποτελεσματικές, οι γιατροί τείνουν να εμπιστεύονται τα συμβατικά φάρμακα και όχι τις εναλλακτικές θεραπείες. Πιθανοί κίνδυνοι για εναλλακτικές θεραπείες περιλαμβάνουν δηλητηρίαση ή σωματικό τραυματισμό ή εάν η θεραπεία δεν αποδώσει καθόλου, ο ασθενής μπορεί να υποστεί μη αναστρέψιμη βλάβη που θα μπορούσε ίσως να είχε αποφευχθεί με έγκαιρη συμβατική θεραπεία. Συνήθως, οι κίνδυνοι των συμβατικών επιλογών είναι γνωστοί, όπως και τα οφέλη.
Καθώς ο τομέας της εναλλακτικής ιατρικής περιέχει τόσες πολλές διαφορετικές πρακτικές, οι οποίες συχνά δεν βασίζονται σε θεραπείες που υπερβαίνουν τις αυστηρότητες των κλινικών μελετών, η ρύθμιση του τομέα από κυβερνητικούς φορείς μπορεί να είναι χαμηλότερου επιπέδου από τους συμβατικούς ιατρούς. Συνήθως, ένας γιατρός ή μια νοσοκόμα σε ένα συμβατικό ιατρικό σύστημα πρέπει να ολοκληρώσει υψηλό επίπεδο εκπαίδευσης και να λάβει άδεια για να ασκήσει την ιατρική, ενώ ένας εναλλακτικός ιατρός μπορεί να μην χρειάζεται να συμμορφώνεται καθόλου με τα κυβερνητικά πρότυπα, αλλά μάλλον να τηρεί τις κατευθυντήριες γραμμές που έχουν καθοριστεί από φορέα του κλάδου.