Αν και χρησιμοποιείται για παρόμοιους σκοπούς, η κύρια διαφορά μεταξύ της τρετινοΐνης και της κλινδαμυκίνης είναι η ταξινόμηση φαρμάκων κάθε φαρμάκου. Η τρετινοΐνη θεωρείται ένα ρετινοειδές, το οποίο περιγράφει μια ομάδα παραγώγων της βιταμίνης Α. Σε αντίθεση με την τρετινοΐνη, η κλινδαμυκίνη ταξινομείται ως αντιβιοτικό και γενικά χρησιμοποιείται σε τοπική μορφή.
Σε γενικές γραμμές, και τα δύο φάρμακα χρησιμοποιούνται συνήθως για τη θεραπεία της ακμής. Ωστόσο, κάθε φάρμακο αντιμετωπίζει την ακμή διαφορετικά. Για παράδειγμα, η τοπική τρετινοΐνη καταπολεμά την ακμή διεισδύοντας στο δέρμα και χαλαρώνοντας τους φραγμένους πόρους, ενώ η κλινδαμυκίνη στοχεύει και σκοτώνει τα βακτήρια που προκαλούν ακμή. Σε ορισμένες περιπτώσεις, και τα δύο φάρμακα χρησιμοποιούνται παράλληλα λόγω των συμπληρωματικών μηχανισμών καταπολέμησης της ακμής.
Εκτός από τη θεραπεία της ακμής, η τρετινοΐνη και η κλινδαμυκίνη μπορούν επίσης να θεραπεύσουν άλλους τύπους παθήσεων υγείας. Η τρετινοΐνη είναι γνωστό ότι μειώνει την εμφάνιση των λεπτών ρυτίδων, των σκούρων αθλημάτων και του δέρματος που έχει υποστεί βλάβη από τον ήλιο. Εκτός από τη χρήση του ρετινοειδούς για καλλυντικούς σκοπούς, η τρετινοΐνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία άλλων δερματικών διαταραχών όπως η ωοθυλακιώδης κεράτωση και η πλάγια όψη. Το Keratosis follicularis χαρακτηρίζεται από μικρά κόκκινα εξογκώματα, ενώ το verruca plana είναι επίπεδα κονδυλώματα.
Άλλες χρήσεις της κλινδαμυκίνης ποικίλλουν. Μερικές φορές χρησιμοποιείται για τη θεραπεία σοβαρών βακτηριακών λοιμώξεων, καθώς και λοιμώξεων των οστών, της αναπνευστικής οδού και των μαλακών μορίων. Η κλινδαμυκίνη θα σκοτώσει τις περισσότερες gram-θετικές ή αρνητικές κατά Gram βακτηριακές λοιμώξεις όπως ο σταφυλόκοκκος και η Prevotella. Αυτό το αντιβιοτικό διατίθεται σε πολλές μορφές, όπως από του στόματος, γέλης και υπόθετου.
Παρά τα οφέλη που έχουν αυτά τα φάρμακα, τόσο η τρετινοΐνη όσο και η κλινδαμυκίνη έχουν διαφορετικές παρενέργειες ανάλογα με διάφορους παράγοντες. Οι ανεπιθύμητες ενέργειες της τρετινοΐνης σχετίζονται γενικά με το δέρμα, δεδομένου ότι το φάρμακο έρχεται μόνο σε τοπική μορφή και συνήθως μειώνονται ή εξαφανίζονται μετά τις πρώτες εφαρμογές. Πολλοί που χρησιμοποιούν το ρετινοειδές εμφανίζουν ήπιο ερεθισμό του δέρματος που περιλαμβάνει ερυθρότητα, ξηρότητα και ακόμη και ελαφρύ ξεφλούδισμα. Άλλοι εμφανίζουν κάψιμο, τσούξιμο ή μυρμήγκιασμα του δέρματος κατά την πρώτη εφαρμογή. Οι σοβαρές αντιδράσεις είναι σπάνιες, αλλά μπορεί να περιλαμβάνουν σοβαρή αλλεργική αντίδραση, ασυνήθιστη αιμορραγία ή καρδιακή προσβολή κατά τη λήψη του φαρμάκου.
Οι συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες για την κλινδαμυκίνη σε από του στόματος μορφή περιλαμβάνουν διάρροια, ναυτία και κοιλιακή δυσφορία. Όταν χορηγείται σε τοπική μορφή, οι πιο συχνές δερματικές αντιδράσεις είναι ξηρότητα, κνησμός ή ελαφρύ τσούξιμο στο σημείο εφαρμογής. Όπως και η τρετινοΐνη, όλες οι μορφές κλινδαμυκίνης μπορούν να προκαλέσουν σοβαρές παρενέργειες, όπως αιματηρά κόπρανα, σκούρα ούρα ή ίκτερο. Άτομα με ορισμένες παθήσεις των νεφρών ή του στομάχου ή σοβαρές αλλεργίες θα πρέπει να συζητήσουν τους κινδύνους έναντι των οφελών με έναν επαγγελματία ιατρό πριν λάβουν αυτό το φάρμακο.
Η τιμή είναι ένας άλλος τομέας όπου η τρετινοΐνη και η κλινδαμυκίνη διαφέρουν. Γενικά, η τρετινοΐνη είναι πιο ακριβή από την τοπική κλινδαμυκίνη. Και τα δύο φάρμακα είναι διαθέσιμα σε γενικές ή εμπορικές εκδόσεις.