Υπάρχουν πολλές διαφορές μεταξύ συνταγογραφούμενων και μη συνταγογραφούμενων φαρμάκων, όπως μπορεί να το επιβεβαιώσει οποιοσδήποτε έχει επισκεφτεί ένα δωμάτιο επειγόντων περιστατικών ή έναν οικογενειακό γιατρό για θεραπεία. Τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα γενικά προορίζονται για δευτερεύουσες παθήσεις όπως δυσπεψία, πονοκεφάλους ή βήχα, ενώ τα συνταγογραφούμενα φάρμακα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για τη θεραπεία σημαντικών παθήσεων όπως ο διαβήτης, ο καρκίνος ή οι καρδιακές παθήσεις, για παράδειγμα. Τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα συνήθως δεν είναι τόσο ισχυρά όσο τα συνταγογραφούμενα φάρμακα, αν και αυτό δεν είναι απαραίτητα μια αντανάκλαση της αποτελεσματικότητάς τους.
Μια διαφορά μεταξύ των δύο ειδών φαρμάκων είναι η πρόσβαση. Μόνο ειδικευμένοι και εξουσιοδοτημένοι επαγγελματίες υγείας μπορούν να παραγγείλουν συνταγογραφούμενα φάρμακα για τους ασθενείς τους και μόνο εξειδικευμένοι φαρμακοποιοί μπορούν να εκπληρώσουν αυτές τις παραγγελίες. Τα φάρμακα που χορηγούνται χωρίς συνταγή, ωστόσο, δεν απαιτούν εντολή γιατρού και πολλά μπορούν να αγοραστούν σε καταστήματα εκτός από φαρμακεία. Ένα συνταγογραφούμενο φάρμακο προορίζεται για έναν συγκεκριμένο ασθενή και δεν μπορεί να κοινοποιηθεί νόμιμα σε άλλους. Τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα, ωστόσο, μπορούν να χορηγηθούν σε οποιονδήποτε φίλο, συνάδελφο ή μέλος της οικογένειας που πάσχει από την ίδια πάθηση, αρκεί να ακολουθούνται οι σωστές οδηγίες δοσολογίας.
Μια άλλη διαφορά μεταξύ των δύο φαρμάκων είναι η σύνθεση. Τα συνταγογραφούμενα φάρμακα συνήθως έχουν θεραπευτική ισχύ προκειμένου ο γιατρός να παρέχει μια επιθετική θεραπεία. Η μη εξουσιοδοτημένη χρήση αυτών των φαρμάκων θα μπορούσε να καταλήξει σε τραγωδία, δεδομένου ότι υπάρχει οποιοσδήποτε αριθμός αλληλεπιδράσεων φαρμάκων που πρέπει να ληφθούν υπόψη πριν ο ασθενής λάβει το φάρμακο. Τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα, από την άλλη πλευρά, γενικά διαμορφώνονται σε μια περιεκτικότητα που θεωρείται «ασφαλή και αποτελεσματική» από τον Οργανισμό Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA). Εάν ακολουθούνται σωστά οι οδηγίες δοσολογίας, πολλά μη συνταγογραφούμενα φάρμακα μπορούν να χρησιμοποιηθούν μαζί χωρίς φόβο επικίνδυνων αλληλεπιδράσεων ή υπερβολικής δόσης.
Το κόστος είναι μια άλλη διαφορά μεταξύ πολλών από αυτά τα φάρμακα. Σχεδόν όλα τα σκευάσματα συνταγογραφούμενων φαρμάκων προστατεύονται από τους νόμους περί διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας για συγκεκριμένο αριθμό ετών, πράγμα που σημαίνει ότι η φαρμακευτική εταιρεία που είναι υπεύθυνη για τη δημιουργία ενός συνταγογραφούμενου φαρμάκου μπορεί να τιμολογήσει ανάλογα τα αποκλειστικά φάρμακά της. Μόνο ένας κατασκευαστής φαρμάκων μπορεί να κάνει ένα συνταγογραφούμενο βοήθημα ύπνου που ονομάζεται Ambien®, για παράδειγμα, αν και άλλα φάρμακα μπορεί να επιτύχουν παρόμοιους στόχους. Ωστόσο, οι περισσότερες συνταγές φαρμάκων χωρίς ιατρική συνταγή δεν είναι πλέον ιδιόκτητα μυστικά, επομένως ορισμένες εταιρείες μπορούν να παράγουν ασπιρίνη ή σιρόπι για τον βήχα και να ανταγωνίζονται δίπλα-δίπλα στα ράφια των καταστημάτων.
Τα συνταγογραφούμενα φάρμακα καλύπτονται επίσης από πολλά ασφαλιστικά προγράμματα, πράγμα που σημαίνει ότι οι ασθενείς πληρώνουν μόνο μια μικρή έκπτωση για τα οφέλη των ακριβών συνταγογραφούμενων φαρμάκων. Τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα σπάνια καλύπτονται από ασφάλιση, πράγμα που σημαίνει ότι ο καταναλωτής πρέπει να πληρώσει ολόκληρη την τιμή αγοράς για αυτά τα φάρμακα. Ορισμένα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα, ειδικά αυτά που κάποτε ήταν διαθέσιμα μόνο με ιατρική συνταγή, μπορεί να είναι μέτρια ακριβά, αν και τα περισσότερα φάρμακα που χορηγούνται χωρίς ιατρική συνταγή για παθήσεις ρουτίνας είναι γενικά φθηνά. Ενώ ένα συνταγογραφούμενο φάρμακο μπορεί να έχει ή να μην έχει μια λιγότερο ακριβή γενόσημη έκδοση, ένα μη συνταγογραφούμενο φάρμακο που παράγεται από μια αναγνωρισμένη εταιρεία όπως η Bayer μπορεί να πρέπει να ανταγωνιστεί με φθηνότερες επωνυμίες καταστημάτων ή παρόμοια φάρμακα που παράγονται από λιγότερο γνωστές εταιρείες.