Η Νότια Ντακότα μπορεί να είναι κάτι σπάνιο μεταξύ των αμερικανικών πολιτειών καθώς υπάρχουν προφανώς τρεις επίσημες κρατικές σημαίες διαφορετικού σχεδιασμού ταυτόχρονα. Το πρώτο σχέδιο της κρατικής σημαίας της Νότιας Ντακότα αποδείχθηκε τελικά πολύ δαπανηρό για να διατηρηθεί. Αντικαταστάθηκε από ένα παρόμοιο αλλά λιγότερο ακριβό σχέδιο το 1963. Ένας νόμος του 1992 άλλαξε το ψευδώνυμο της Νότιας Ντακότα από «The Sunshine State» σε «The Mount Rushmore State». Η νομοθεσία τόσο για τις αλλαγές του 1963 όσο και του 1992 περιείχε μια διάταξη σύμφωνα με την οποία οποιεσδήποτε προηγούμενες σημαίες που είχαν κατασκευαστεί σύμφωνα με τη νομοθεσία της Νότιας Ντακότα θα παραμείνουν επίσημες σημαίες του κράτους.
Κάθε έκδοση της κρατικής σημαίας της Νότιας Ντακότα ενσωμάτωσε τη σφραγίδα της πολιτείας της Νότιας Ντακότα στο σχέδιό της. Αυτό που έγινε η κρατική σφραγίδα σχεδιάστηκε πριν από την ένταξη της Νότιας Ντακότα στην Ένωση ως η 40η πολιτεία των ΗΠΑ το 1889. Το αρχικό σχέδιο της κρατικής σημαίας της Νότιας Ντακότα υιοθετήθηκε το 1909. Το σχέδιο δημιουργήθηκε από την Ida Anding McNeil, νομοθετική βιβλιοθηκονόμο για τη Νότια Ντακότα . Η σημαία ήταν δύο όψεων, με έναν λαμπερό ήλιο στη μία πλευρά και τη Μεγάλη Σφραγίδα της Νότιας Ντακότα στην άλλη.
Στη σημαία του 1909, ένας ήλιος σε χρυσό επικεντρώνεται σε μπλε φόντο. Πάνω από τον ήλιο, στο τόξο του κύκλου του, είναι γραμμένο με χρυσά γράμματα «Νότια Ντακότα». Κάτω από τον ήλιο, ομοίως στο τόξο του κύκλου του, το «The Sunshine State» είναι γραμμένο με χρυσά γράμματα. Στην πίσω πλευρά του ήλιου, η σφραγίδα κατάστασης είναι τυπωμένη σε ένα πεδίο σκούρου μπλε.
Η κρατική σφραγίδα αποτελείται από έναν κύκλο στον οποίο εμφανίζονται διάφορα σύμβολα της Νότιας Ντακότα. Διαιρώντας τον κύκλο της φώκιας είναι ένα ποτάμι στο οποίο ταξιδεύει ένα ατμόπλοιο. Δεξιά του ποταμού ένας αγρότης οργώνει μια σειρά για φύτευση, και πιο πέρα τα βοοειδή του αγρότη βόσκουν σε ένα χωράφι. Απέναντι από το ποτάμι υπάρχει ένα λιώσιμο, και χιονισμένα βουνά διακρίνονται από μακριά. Στην κορυφή του κύκλου σε ένα πανό είναι το σύνθημα της πολιτείας: «Υπό τον Θεό κυβερνά ο λαός».
Η σημαία του 1909 παρέμεινε η πολιτεία της σημαίας της Νότιας Ντακότα μέχρι το 1963. Αν και ήταν ακόμα δημοφιλές σχέδιο, τότε οι νομοθέτες είχαν καθορίσει ότι μια σημαία με ένα έμβλημα σε κάθε πλευρά ήταν πολύ ακριβή για να κατασκευαστεί. Τόνισαν το γεγονός ότι υπήρχαν λίγες κρατικές σημαίες και σπάνια φαινόταν να κυματίζουν. Η νομοθεσία του 1963 τοποθέτησε την κρατική σφραγίδα στο κέντρο ενός οδοντωτού ήλιου, συνδυάζοντας έτσι και τα δύο σύμβολα στη μία πλευρά της σημαίας. Ο νέος νόμος άφησε ανέπαφο το καθεστώς της σημαίας του 1909 ως επίσημης κρατικής σημαίας.
Το 1992, το νομοθετικό σώμα άλλαξε ξανά την κρατική σημαία της Νότιας Ντακότα. Αντικατέστησε τη φράση “The Sunshine State” κάτω από την κρατική σφραγίδα με “The Mount Rushmore State”. Σε αυτή τη νομοθεσία, η σημαία του 1963 εξακολουθεί να είναι επίσημη σημαία. Επί του παρόντος, το μόνο επίσημο παρατσούκλι για τη Νότια Ντακότα, ωστόσο, είναι “The Mount Rushmore State”.