Η ιστορία της κρατικής σημαίας του Μισισιπή περιλαμβάνει την απόσχιση του κράτους από την Ένωση, την Ανασυγκρότηση και μια ψηφοφορία στον 21ο αιώνα για την αλλαγή του παλιού σχεδίου. Ο Μισισιπής δεν είχε καταγεγραμμένη σημαία μέχρι που αποσχίστηκε από την Ένωση το 1861 και δημιούργησε μια για να εκπροσωπήσει το νέο κυρίαρχο έθνος του Μισισιπή. Το 1894, το νομοθετικό σώμα της πολιτείας αποφάσισε να δημιουργήσει μια νέα σημαία που θα συμπίπτει με τη θέση του κράτους στην επανενωμένη χώρα. Αυτή η σημαία χρησίμευε ως επίσημη κρατική σημαία του Μισισιπή για 107 χρόνια, όταν διεξήχθη ψηφοφορία για την αλλαγή ή όχι του παραδοσιακού σχεδίου.
Η απόφαση των κατοίκων του Μισισιπή να αποσχιστούν από την Ένωση προκάλεσε την ανάγκη για κρατική σημαία του Μισισιπή. Αρχικά υιοθέτησαν τη Γαλάζια Σημαία Bonnie που είχε χρησιμοποιηθεί από την πρώην Δημοκρατία της Φλόριντα. Αυτή η σημαία ήταν απλώς ένα μπλε φόντο με ένα λευκό αστέρι στη μέση και ήταν η επίσημη σημαία μόνο για μερικές εβδομάδες. Ο νομοθέτης το άλλαξε γρήγορα μετακινώντας το μπλε τετράγωνο και το λευκό αστέρι στη γωνία ενός λευκού φόντου, προσθέτοντας ένα δέντρο μανόλια στη μέση και μια κόκκινη μπάρα στο πλάι.
Μόλις οι πολιτείες επανενώθηκαν στο τέλος του Εμφυλίου Πολέμου, ο Μισισιπή δημιούργησε μια νέα σημαία με μια σημαία μάχης της Συνομοσπονδίας στη γωνία και μια κόκκινη, μια λευκή και μια μπλε λωρίδα να περνάει από πάνω της. Αυτή η σημαία έστειλε ένα μικτό μήνυμα σχετικά με την προέλευσή της. Για παράδειγμα, η σημαία μάχης της Συνομοσπονδίας έμοιαζε στους περισσότερους σαν σύμβολο της συμμετοχής του Μισισιπή στη Συνομοσπονδία, αλλά η επίσημη περιγραφή της σημαίας την αποκαλεί πλατεία της Ένωσης. Υπάρχουν 13 αστέρια που γεμίζουν τον σταυρό που θα μπορούσαν να συμβολίζουν είτε τις 13 αρχικές αποικίες είτε τις 13 πολιτείες που ήταν μέρος της Συνομοσπονδίας.
Αυτού του είδους η ασάφεια στην έννοια της κρατικής σημαίας του Μισισιπή οδήγησε ορισμένους ανθρώπους να αμφισβητήσουν την εγκυρότητά της τον 20ό αιώνα. Το 2001, ο κυβερνήτης Musgrove υπέγραψε ένα νομοσχέδιο, που επέτρεπε στους κατοίκους του Μισισιπή να ψηφίσουν είτε για να διατηρήσουν την παλιά σημαία είτε να αλλάξουν σε ένα νέο σχέδιο που θα προκαλούσε λιγότερη διαμάχη. Το νέο σχέδιο είχε τις ίδιες κόκκινες, λευκές και μπλε ρίγες, αλλά το γωνιακό τετράγωνο άλλαξε σε μπλε φόντο με 19 μικρά αστέρια και ένα μεγάλο αστέρι που αντιπροσώπευε τον Μισισιπή και τις άλλες 19 πολιτείες που ήταν μέρος της Ένωσης το 1817. συντριπτική πλειοψηφία ψήφισε για να παραμείνει η κρατική σημαία του Μισισιπή όπως ήταν για πάνω από 100 χρόνια.