Η κρατική σημαία του Μιζούρι σχεδιάστηκε από τη Marie Elizabeth Oliver, η οποία ήταν σύζυγος του γερουσιαστή Robert Burett Oliver. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η ιδέα να σχεδιαστεί η κρατική σημαία του Μιζούρι αποδίδεται σε μια επιτροπή που δημιουργήθηκε από τις Κόρες της Αμερικανικής Επανάστασης το 1908. Για σχεδόν 92 χρόνια, το Μιζούρι υπήρχε ως ενσωματωμένη πολιτεία χωρίς κρατική σημαία. Ενώ το τελειωμένο σχέδιο Oliver για την κρατική σημαία υπήρχε ήδη από το 1909, έγινε η επίσημη κρατική σημαία μέχρι τις 22 Μαρτίου 1913.
Ενώ η σημαία Oliver ήταν ένα από τα αγαπημένα της εποχής, υπήρχε μια εναλλακτική σημαία του Μιζούρι που εξετάστηκε σοβαρά από τη Γερουσία. Αυτή η σημαία σχεδιάστηκε από τον Δρ. GH Holcomb. Δεν είναι σαφές εάν η ιδέα για μια σημαία ήταν ιδιαίτερα δημοφιλής στους κατοίκους του Μιζούρι, αλλά τεκμηριώνεται ότι η ψήφιση του νομοσχεδίου που όριζε την επίσημη κρατική σημαία του Μιζούρι χρειάστηκε αρκετές προσπάθειες. Το 1913, ο κυβερνήτης Έλιοτ Μέιτζορ υπέγραψε τελικά το νομοσχέδιο και η σημαία έγινε επίσημη.
Προκειμένου να κατανοήσουμε γιατί η πρόταση Oliver για την κρατική σημαία του Μιζούρι ήταν επιτυχής, είναι σημαντικό να λάβουμε υπόψη τις επιθυμητές ιδιότητες σε μια κρατική σημαία. Οι περισσότεροι άνθρωποι που συμμετείχαν σε αυτό το έργο θεώρησαν ότι το εναλλακτικό σχέδιο που πρότεινε ο Holcomb δεν αντιπροσώπευε επαρκώς την ανεξαρτησία του κράτους λόγω της ομοιότητας της σημαίας με αυτή του έθνους. Η σημαία Oliver ήταν συμβολικά πλούσια, συμπεριλαμβανομένης μιας σειράς δυνατών εικόνων χωρίς να είναι πολύ περίπλοκη για αναπαραγωγή. Αυτές οι εικόνες, συμπεριλαμβανομένων των αστεριών, ενός κράνους και των αρκούδων, επιλέχθηκαν ειδικά για να αντιπροσωπεύουν ιδέες και γεγονότα σχετικά με το Μισούρι που θεωρούνταν εξαιρετικά σχετικά εκείνη την εποχή. Παρόλο που ο χαρακτήρας του Μιζούρι έχει αλλάξει με τα χρόνια, η ίδια η σημαία είναι μια ιστορική καταγραφή του πώς είδαν οι άνθρωποι το Μισούρι το 1913.
Η ιστορία της κρατικής σημαίας του Μιζούρι δεν τελειώνει το 1913, αλλά μάλλον συνεχίζεται μέχρι σήμερα. Για πολλά χρόνια, η οικογένεια Όλιβερ διατήρησε την αρχική σημαία που είχε ραμμένη η σύζυγος του Γερουσιαστή, αλλά το 1961 η σημαία δωρήθηκε στο κράτος. Εκτέθηκε για πολλά χρόνια μέχρις ότου η ζημιά λόγω ηλικίας χρειάστηκε αποθήκευση για τη δική του συντήρηση.
Το 1988, η 75η επέτειος από τη δημιουργία της σημαίας ενέπνευσε ανανεωμένο ενδιαφέρον για το αρχικό αντικείμενο. Για να τιμήσουν την εκδήλωση, μαθητές δημοτικού στο Μιζούρι συγκέντρωσαν χρήματα προκειμένου να αποκατασταθεί η σημαία και να εκτεθεί ξανά. Με σύγχρονες μεθόδους αρχειοθέτησης και αφοσίωση στη διατήρηση της ιστορίας του Μιζούρι, η σημαία πιθανότατα θα παραμείνει εκτεθειμένη στο κρατικό κέντρο πληροφοριών James C. Kirkpatrick στο Jefferson City του Missouri για πολλά χρόνια.