Η κρατική σημαία του Ουισκόνσιν υιοθετήθηκε για πρώτη φορά το 1913 και είχε την τελευταία της αλλαγή το 1979, για να είναι πιο διακριτή από τις άλλες κρατικές σημαίες των ΗΠΑ. Κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου Πολέμου (1861 – 1865), παρά το γεγονός ότι το Ουισκόνσιν ήταν πολιτεία από το 1848, δεν είχε ακόμη κρατική σημαία. Στρατιώτες που πολεμούσαν στον πόλεμο ζήτησαν να κυματίσει μια σημαία και το 1863 μια επιτροπή επιλογής συγκεντρώθηκε για να επιλέξει την κρατική σημαία του Ουισκόνσιν.
Χρειάστηκαν χρόνια για να επισημοποιηθεί τελικά η κρατική σημαία, αλλά το 1913, η σημαία, παρόμοια με αυτή που είχαν χρησιμοποιηθεί από τα συντάγματα στον πόλεμο, υιοθετήθηκε ως κρατική σημαία του Ουισκόνσιν. Ουσιαστικά, αποτελούνταν από ένα βαθύ μπλε φόντο με το κρατικό οικόσημο του Ουισκόνσιν στο κέντρο του. Από τη μια πλευρά ήταν ένας ανθρακωρύχος και από την άλλη ένας ναύτης. Το 1979, προστέθηκε η λέξη Ουισκόνσιν, με κεφαλαία, πάνω από την ασπίδα και η ημερομηνία 1848 κάτω από την ασπίδα, καθώς η σημαία ήταν αρκετά παρόμοια με αυτές ορισμένων άλλων πολιτειών των ΗΠΑ.
Το οικόσημο, στη μέση της κρατικής σημαίας του Ουισκόνσιν, περιέχει ένα μπλε δαχτυλίδι στο κέντρο του, με μια μικρότερη ασπίδα και τα χρώματα των ΗΠΑ σε αυτό, που περιβάλλεται από τη φράση «E PLURIBUS UNUM», που σημαίνει «Από πολλούς, Ένα», το σύνθημα των ΗΠΑ. Στη συνέχεια, το οικόσημο χωρίζεται σε τέσσερα τμήματα που περιέχουν ένα άροτρο, μια άγκυρα, έναν βραχίονα και σφυρί, μια λαβή και ένα φτυάρι. Αυτές είναι αντιπροσωπευτικές των κύριων βιομηχανιών στο Ουισκόνσιν, δηλαδή της μεταποίησης, της γεωργίας και της γεωργίας, της εξόρυξης και της ναυτιλίας.
Πάνω από το εθνόσημο είναι το ζώο της πολιτείας του Ουισκόνσιν, ένας ασβός, μαζί με ένα λευκό πανό που γράφει «ΕΜΠΡΟΣ», που είναι το κρατικό σύνθημα του Ουισκόνσιν. Κάτω από την ασπίδα υπάρχει ένα κέρας, που αντιπροσωπεύει τον αγροτικό πλούτο του Ουισκόνσιν, και ένα σωρό από μόλυβδο, που αντιπροσωπεύει τη μεταλλευτική του δραστηριότητα. Κάτω από αυτό είναι το «1848», για τη χρονιά που το Ουισκόνσιν ανακηρύχθηκε πολιτεία.
Η κρατική σημαία του Ουισκόνσιν, μαζί με τα άλλα κρατικά σύμβολά του, όπως το ζώο του, ο ασβός και το δέντρο, ο ζαχαροπλάσμος, συμβάλλουν στην προώθηση του κρατικού πνεύματος και του πατριωτισμού. Συνδυάζοντας σύμβολα που σχετίζονται με την πολιτιστική, φυσική και οικονομική ιστορία του Ουισκόνσιν, συγκεντρώνει μια περήφανη πολιτεία. Η σημαία κυματίζει, μαζί με τη σημαία των ΗΠΑ, σε όλα τα ομοσπονδιακά και κρατικά κτίρια. Μπορεί να πετάξει στο μισό ιστό με εντολή του Κυβερνήτη του Ουισκόνσιν, σε περίπτωση θανάτου σημερινών ή πρώην κρατικών αξιωματούχων ή μελών των ενόπλων δυνάμεων.