Χιλιάδες μικροοργανισμοί εισέρχονται καθημερινά στη μύτη, συμπεριλαμβανομένων βακτηρίων, ιών και μυκήτων. Η μόλυνση από αυτούς τους οργανισμούς μπορεί να προκαλέσει παθοφυσιολογία πνευμονίας. Οι πιο κοινές αιτίες παθοφυσιολογίας της πνευμονίας είναι αυτές που προκαλούνται από βακτήρια και ιούς. Μετά τη μόλυνση, συνήθως εμφανίζεται φλεγμονή των πνευμόνων και συνήθως αναπτύσσεται πνευμονία.
Η αναπνευστική οδός έχει πολλούς τρόπους για να βοηθήσει να σταματήσει τις λοιμώξεις. Υπάρχουν τρίχες στη μύτη για να φιλτράρουν τον εισπνεόμενο αέρα. Το φτέρνισμα και ο βήχας εμφανίζονται ως αντανακλαστικοί μηχανισμοί για την αποβολή επιβλαβών προϊόντων που εισέρχονται στη μύτη. Η παρουσία φιλικών βακτηρίων στο εσωτερικό της μύτης επίσης συνήθως εμποδίζει τους επιβλαβείς οργανισμούς να εισβάλουν και να πολλαπλασιαστούν. Ωστόσο, όταν η υγεία ενός ατόμου τίθεται σε κίνδυνο, αυτές οι φυσιολογικές άμυνες του σώματος συνήθως εξασθενούν και επιτρέπουν τη μόλυνση και την πνευμονία να ριζώσουν.
Η πιο κοινή παθοφυσιολογία της πνευμονίας ξεκινά όταν οι αμυντικοί μηχανισμοί του σώματος αποτυγχάνουν. Παραδείγματα περιλαμβάνουν τον υποσιτισμό, την παρουσία χρόνιων ασθενειών, τις ανοσολογικές ανεπάρκειες και τη χρήση ορισμένων ισχυρών φαρμάκων. Το κάπνισμα, η εισπνοή διαβρωτικών αερίων, η κατανάλωση αλκοόλ και γενετικές διαταραχές θα μπορούσαν επίσης να οδηγήσουν στη μόλυνση.
Εάν τα βακτήρια ή οι ιοί εισέλθουν στη μύτη και δεν συναντούν αντίσταση, συνήθως αρχίζουν να πολλαπλασιάζονται και τελικά εισέρχονται στους πνεύμονες. Στους πνεύμονες, πολλά κύτταρα είναι ικανά να καταβροχθίσουν τους εισβάλλοντες οργανισμούς και να τους σκοτώσουν. Όταν οι οργανισμοί υπερτερούν σε αριθμό αυτών των κυττάρων, άλλα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος συνήθως συγκεντρώνονται στους πνεύμονες για να σταματήσουν τη μόλυνση. Κατά τη διάρκεια αυτής της διαδικασίας, η φλεγμονή και οι εκκρίσεις αυξάνονται, με αποτέλεσμα συνήθως πυρετό και βήχα με παραγωγή πτυέλων.
Τα συμπτώματα της πνευμονίας ποικίλλουν. Μερικοί ασθενείς εμφανίζουν ήπια συμπτώματα ενώ άλλοι θα έχουν σοβαρές εκδηλώσεις που μπορεί να είναι απειλητικές για τη ζωή. Τα πρώιμα συμπτώματα μπορεί να περιλαμβάνουν πυρετό και βήχα και θα μπορούσαν να παρερμηνευθούν ως απλή περίπτωση γρίπης. Ο συνεχής πυρετός, η εφίδρωση, ο βήχας, η δυσκολία στην αναπνοή, τα ρίγη, ο πονοκέφαλος, η κόπωση, οι μυϊκοί πόνοι και οι πόνοι στο στήθος είναι τα κοινά συμπτώματα που εμφανίζονται συνήθως καθώς εξελίσσεται η πνευμονία.
Η παθοφυσιολογία της πνευμονίας εξαρτάται συνήθως από τον μολυσματικό οργανισμό. Η βακτηριακή πνευμονία μπορεί να προκληθεί από είδη Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Moraxella catarrhalis και Legionella. Η ιογενής πνευμονία μπορεί να προκληθεί από αδενοϊούς, αναπνευστικούς συγκυτιακούς ιούς, ιούς γρίπης Α και Β και ιούς παραγρίπης.
Η μυκητιασική πνευμονία μπορεί να εμφανιστεί από μόλυνση με Histoplasma capsulatum, Coccidioides immitis, Pneumocystis jiroveci ή Cryptococcus neoformans. Οι λοιμώξεις από μύκητες είναι σπάνιες. Εμφανίζεται ως επί το πλείστον σε ασθενείς των οποίων το ανοσοποιητικό σύστημα έχει υποβαθμιστεί, όπως εκείνοι με σύνδρομο επίκτητης ανοσολογικής ανεπάρκειας (AIDS).
Μερικά παράσιτα μπορεί επίσης να εισβάλουν στους πνεύμονες και να προκαλέσουν παρασιτική πνευμονία. Αυτά τα παράσιτα θα μπορούσαν να περιλαμβάνουν Ascaris lumbricoides, Toxoplasma gondii και Strongyloides stercoralis. Η πνευμονία από εισρόφηση μπορεί να συμβεί όταν το περιεχόμενο του στομάχου εισέλθει στους πνεύμονες. Αυτό συμβαίνει κυρίως σε ασθενείς με εγκεφαλικό που έχουν μη φυσιολογικά αντανακλαστικά κατάποσης.