Η κολονοσκόπηση και η ενδοσκόπηση αναφέρονται σχεδόν στον ίδιο τύπο διαδικασίας, αλλά η διαφορά είναι το μέρος του σώματος που εξετάζεται. Η κολονοσκόπηση είναι απλώς ένας εξειδικευμένος τύπος ενδοσκόπησης. Και οι δύο είναι μέθοδοι εξέτασης μέσα στο σώμα με ένα μικρό σωλήνα που ονομάζεται ενδοσκόπιο, αλλά η κολονοσκόπηση εστιάζει ειδικά στην εξέταση του παχέος εντέρου.
Τόσο στην κολονοσκόπηση όσο και στην ενδοσκόπηση, ο άκαμπτος ή εύκαμπτος σωλήνας που χρησιμοποιείται στη διαδικασία ονομάζεται ενδοσκόπιο. Το ενδοσκόπιο μπορεί να έχει μια κάμερα στο άκρο και κάποιο μέσο φωτισμού των εσωτερικών οργάνων ή των διαδρομών που ακολουθεί ο σωλήνας. Επιπλέον, διαθέτει ενσωματωμένο μέσο μετάδοσης της εικόνας στον γιατρό ή τον τεχνικό που αξιολογεί την κολονοσκόπηση και την ενδοσκόπηση.
Ο στόχος και των δύο διαδικασιών είναι η ανάκτηση όσο το δυνατόν περισσότερων πληροφοριών ενώ είναι όσο το δυνατόν ελάχιστα επεμβατικές. Σε πολλές περιπτώσεις, η χειρουργική επέμβαση μπορεί να αποφευχθεί με τη χρήση μίας από αυτές τις τεχνικές ή οι διαδικασίες μπορεί να αποκαλύψουν πολύτιμες πληροφορίες που υπαγορεύουν ότι η χειρουργική επέμβαση είναι η μόνη επιλογή για τη θεραπεία ό,τι αφορά τον ασθενή. Υπάρχουν μικροί κίνδυνοι που ενέχονται σε μια κολονοσκόπηση και ενδοσκόπηση. Αυτές περιλαμβάνουν πόνο στο σημείο εισόδου, εσωτερικές ή εξωτερικές λοιμώξεις και περιστασιακές παρενέργειες της καταστολής.
Σε μια κολονοσκόπηση, ένα ενδοσκόπιο εισάγεται μέσω του πρωκτού για να εξετάσει το κόλον και το λεπτό έντερο. Το ενδοσκόπιο θα φωτίσει το εσωτερικό του σώματος και θα επιτρέψει τη διάγνωση ελκών ή πολυπόδων εντός του παχέος εντέρου. Η διαδικασία επιτρέπει επίσης τη βιοψία ύποπτων βλαβών στο κόλον. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι βλάβες μπορούν να αφαιρεθούν εντελώς.
Μια ενδοσκόπηση γενικά μπορεί να έχει πολλές διαφορετικές εφαρμογές. Ένα από τα πιο κοινά είναι η ενδοσκόπηση της γαστρεντερικής οδού (GI). Η γαστρεντερική ενδοσκόπηση μπορεί να εξετάσει το στομάχι, τον οισοφάγο, το δωδεκαδάκτυλο, το λεπτό έντερο, το παχύ έντερο (κολονοσκόπηση) και τον χοληδόχο πόρο. Ο πρωκτός και το ορθό μπορούν επίσης να μεγεθυνθούν και να εξεταστούν χρησιμοποιώντας ενδοσκόπιο.
Η αναπνευστική οδός, τα αυτιά, το ουροποιητικό σύστημα και το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα αποτελούν επίσης κοινούς στόχους για ενδοσκοπήσεις. Κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, ένα ενδοσκόπιο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την εξέταση του αμνίου (που ονομάζεται αμνιοσκόπηση) και του ίδιου του εμβρύου (εμβρυοσκόπηση). Αυτές οι επεμβάσεις συνήθως δεν απαιτούν κανένα είδος τομής, αλλά η εξέταση ορισμένων οργάνων ή κλειστών κοιλοτήτων μπορεί να απαιτήσει μια μικρή χειρουργική τομή. Τέτοια περίπτωση είναι η επιθεώρηση της πυελικής ή της κοιλιακής κοιλότητας (λαπαροσκόπηση), μιας άρθρωσης (αρθροσκόπηση) ή οργάνων του θώρακα (μεσοθωρακοσκόπηση ή θωρακοσκόπηση).