Η αμυγδαλή και ο ιππόκαμπος είναι δύο μέρη του μεταιχμιακού συστήματος του εγκεφάλου. Και τα δύο αυτά μέρη έχουν πρωταρχικές λειτουργίες που σχετίζονται με αναμνήσεις και αντιδράσεις σε συναισθηματικές πτυχές. Αυτά τα δύο μέρη, ως μέρος του limbic συστήματος στο σύνολό του, ασχολούνται με τον τρόπο με τον οποίο ο ανθρώπινος εγκέφαλος επεξεργάζεται αυτά τα συναισθήματα και τις αναμνήσεις.
Οι άνθρωποι έχουν πολύπλοκους εγκεφάλους που χωρίζονται σε τμήματα και υποενότητες. Κάθε ένα από αυτά τα τμήματα έχει ένα συγκεκριμένο σύνολο λειτουργιών και σκοπών. Μαζί, ο εγκέφαλος είναι υπεύθυνος για τον έλεγχο κάθε πτυχής του σώματος, από την κίνηση έως την παραγωγή ορμονών. Το λιμπικό σύστημα παίζει μεγάλο ρόλο στη συμπεριφορά και τον έλεγχο των συναισθημάτων.
Μέσα στο μεταιχμιακό σύστημα, η αμυγδαλή και ο ιππόκαμπος βρίσκονται κάτω από τον υποθάλαμο, που είναι ένα άλλο μέρος του μεταιχμιακού συστήματος, κοντά στο αριστερό τμήμα του θαλάμου. Σε συνδυασμό, τα δύο μέρη ασχολούνται κυρίως με τη διαμόρφωση μακροπρόθεσμης μνήμης, την επεξεργασία των συναισθημάτων και τον προσδιορισμό του τρόπου με τον οποίο αυτά τα συναισθήματα συνδέονται με τις αναμνήσεις. Αν και αυτά τα δύο μέρη συνεργάζονται, το καθένα έχει τις δικές του ευθύνες.
Η αμυγδαλή έχει διάφορες λειτουργίες. Ελέγχει την ικανότητα του εγκεφάλου να συντονίζει πολλές αντιδράσεις σε συναισθηματικά ερεθίσματα. Αυτές περιλαμβάνουν ενδοκρινικές, αυτόνομες και συμπεριφορικές αντιδράσεις. Το άγχος, το άγχος και ο φόβος είναι τα κύρια ερεθίσματα που παράγουν απαντήσεις. Η διαμεσολάβηση από την αμυγδαλή βοηθά στον έλεγχο του τρόπου με τον οποίο αυτά τα ερεθίσματα ενώνονται και παρέχουν συντονισμό.
Σε αντίθεση με τις λειτουργίες της αμυγδαλής, ο ιππόκαμπος ελέγχει την παραγωγή κορτικοστεροειδών στο σώμα, τα οποία είναι χημικές ουσίες που δημιουργούν φυσιολογικές αποκρίσεις στα ερεθίσματα. Ο ιππόκαμπος ρυθμίζει επίσης πώς το μυαλό δημιουργεί αναμνήσεις. Οι βραχυπρόθεσμες μνήμες συνδυάζονται με τις συναισθηματικές αντιδράσεις για να δημιουργήσουν μακροπρόθεσμες αναμνήσεις. Επιπλέον, μελέτες δείχνουν επίσης ότι ο ιππόκαμπος λειτουργεί ως χάρτης δημιουργώντας μια διάταξη ενός περιβάλλοντος που βιώνει ένα άτομο, που αναφέρεται ως γνωστικός νευρωνικός χάρτης.
Η αμυγδαλή και ο ιππόκαμπος βασίζονται ο ένας στον άλλο για να σχηματίσουν τις ατομικές τους λειτουργίες. Οι αντιδράσεις στα ερεθίσματα ρυθμίζονται από την αμυγδαλή και αυτές οι απαντήσεις χρησιμοποιούνται στη συνέχεια από τον ιππόκαμπο στο σχηματισμό τόσο βραχυπρόθεσμων όσο και μακροπρόθεσμων αναμνήσεων. Ορισμένα γεγονότα συνδέονται με τα ερεθίσματα που βιώνουν κατά τη διάρκεια αυτών των γεγονότων, τα οποία επεξεργάζονται από την αμυγδαλή και έχουν πρόσβαση ο ιππόκαμπος.
Η βλάβη στην αμυγδαλή και τον ιππόκαμπο μπορεί να παράγει διαφορετικά αποτελέσματα. Εάν η αμυγδαλή είναι κατεστραμμένη και δεν μπορεί να λειτουργήσει σωστά, ένα άτομο μπορεί να φαίνεται κενό συναισθημάτων επειδή δεν υπάρχει ανταπόκριση στα ερεθίσματα. Ο τραυματισμός του ιππόκαμπο μπορεί να ποικίλει στα αποτελέσματα ανάλογα με την πλευρά που έχει υποστεί βλάβη και την έκταση της βλάβης. Γενικά, η λειτουργία μνήμης αλλάζει. Οι ασθενείς που έχουν νόσο Αλτσχάιμερ έχουν συχνά βλάβες στον ιππόκαμπο.