Η αμυγδαλή είναι μια δομή στον εγκέφαλο που συνήθως σχετίζεται με συναισθηματικές καταστάσεις. Υπάρχει, ωστόσο, μια ισχυρή σύνδεση μεταξύ της αμυγδαλής και της μνήμης. Ενεργώντας σε συνδυασμό με άλλα μέρη του μεταιχμιακού συστήματος, όπως ο ιππόκαμπος, αυτό το μέρος του εγκεφάλου βοηθά στη ρύθμιση και κωδικοποίηση συναισθηματικών αναμνήσεων. Η μελλοντική συμπεριφορά συχνά υπαγορεύεται από τη συναισθηματική μνήμη. Η συσχέτιση ενός συναισθήματος όπως ο φόβος με ένα συγκεκριμένο γεγονός μπορεί να βοηθήσει κάποιον να αντιδράσει σε επικίνδυνα ερεθίσματα ή ένα αίσθημα ευχαρίστησης με ένα συγκεκριμένο φαγητό μπορεί να βοηθήσει στον καθορισμό μελλοντικών επιλογών διατροφής.
Υπάρχουν δύο ανταγωνιστικές θεωρίες για το πώς η αμυγδαλή βοηθά στη δημιουργία της συναισθηματικής μνήμης. Η αμυγδαλή μπορεί να κωδικοποιήσει άμεσα τη συναισθηματική μνήμη σε κάποιο βαθμό, δουλεύοντας με τον ιππόκαμπο. Εναλλακτικά, μπορεί να παρέχει είσοδο για επεξεργασία μνήμης που εκτελείται από τον ιππόκαμπο. Μερικοί ερευνητές έχουν προτείνει ακόμη και μια ρευστή ενσωμάτωση αυτών των θεωριών, όπου η ρύθμιση του συναισθήματος και της μνήμης μπορεί πραγματικά να λάβει χώρα χρησιμοποιώντας δραστηριότητα και στις δύο αυτές δομές. Η αμυγδαλή σχετίζεται στενά με τη μνήμη, ακόμη και αν η αμυγδαλή δεν σχηματίζει μνήμες από μόνη της.
Ο καθορισμός μιας απάντησης φόβου είναι ένας σημαντικός σύνδεσμος μεταξύ της αμυγδαλής και της μνήμης, αλλά αυτή η δομή επηρεάζει τη μνήμη με άλλους τρόπους. Η αμυγδαλή φαίνεται να ρυθμίζει πώς άλλες περιοχές του εγκεφάλου κωδικοποιούν μακροπρόθεσμες μνήμες. Όταν μεγαλύτεροι βαθμοί συναισθηματικής διέγερσης κατά τη διάρκεια ενός γεγονότος ενεργοποιούν αυτό το μέρος του εγκεφάλου, το γεγονός φαίνεται να κωδικοποιείται πιο έντονα και να ανακαλείται πιο εύκολα. Αυτή η σύνδεση μεταξύ της αμυγδαλής και της μνήμης θα μπορούσε να εξηγήσει γιατί οι άνθρωποι θυμούνται τραυματικά γεγονότα πιο εύκολα, και από εκείνα χωρίς συναισθηματικό περιεχόμενο.
Η ικανότητα της αμυγδαλής και της μνήμης να συνεργάζονται μπορεί να είναι απαραίτητη για την επιβίωση. Είναι επίσης σημαντικό να σημειωθεί ότι η ύπαρξη πολύ ισχυρής σύνδεσης και η πολύ εύκολη απομνημόνευση τρομακτικών ή τραυματικών γεγονότων, μπορεί να είναι έλλειμμα. Μια θεωρία πίσω από τη διαταραχή μετατραυματικού στρες (PTSD) είναι ότι τα αγχωτικά ερεθίσματα, ή ερεθίσματα παρόμοια με το αρχικό τραυματικό γεγονός, ενεργοποιούν υπερβολικά την αμυγδαλή. Με τη σειρά του, το άτομο με PTSD θυμάται το τραυματικό γεγονός, μαζί με τα αρνητικά συναισθήματα που το συνόδευαν αρχικά. Μια παρόμοια υπερβολική ενεργοποίηση θα μπορούσε επίσης να είναι χαρακτηριστικό ορισμένων μορφών αγχώδους διαταραχών.
Ακόμα και τα θετικά συναισθήματα μπορούν να διευκολύνουν την αποθήκευση των αναμνήσεων. Η συναισθηματική διέγερση οποιουδήποτε τύπου οδηγεί σε συγχρονισμένη δραστηριότητα στην αμυγδαλή, η οποία θα μπορούσε να συνδεθεί με αυξημένη ικανότητα σχηματισμού νευρωνικών συνδέσεων. Αυτές οι ενισχυμένες συνδέσεις μπορεί να προωθήσουν την αλληλεπίδραση που επιτρέπει την ανάκληση αναμνήσεων πιο γρήγορα. Μεγαλύτερες αμυγδαλές μπορεί να έχουν μεγαλύτερη ικανότητα να επιτύχουν αυτό το κατόρθωμα.