Ο ιππόκαμπος είναι μια δομή στο μεταιχμιακό σύστημα στον εγκέφαλο και μοιάζει λίγο με έναν ανάποδο ιππόκαμπο που κοιτάζει προς τα εμπρός στο κεφάλι. Η συμμετρική, ανατομία του ιππόκαμπου καθρεφτίζεται και στα δύο ημισφαίρια του εγκεφάλου. Η δομή είναι υπεύθυνη για τη μετάδοση πληροφοριών στον θάλαμο και έχει αντίκτυπο στη χωρική επίγνωση, τη μνήμη και τη μάθηση.
Ένα μέρος του μεταιχμιακού συστήματος, ο ιππόκαμπος βρίσκεται βαθιά μέσα στον εγκέφαλο. Ο ιππόκαμπος χωρίζεται σε δύο συμμετρικές πλευρές αριστερά και δεξιά του εγκεφάλου. Είναι τυλιγμένο γύρω από τον θάλαμο, μια άλλη δομή στο μεταιχμιακό σύστημα, που βρίσκεται κοντά στο κέντρο του εγκεφάλου. Η δομή τόσο πάνω από τον ιππόκαμπο όσο και από τον θάλαμο είναι γνωστή ως corpus callosum.
Ο ιππόκαμπος αποτελείται από μερικές βασικές δομές. Η βάση του, που είναι το ευρύτερο σημείο του, ονομάζεται ιππόκαμπος ή το cornu Ammonis και περικλείεται εν μέρει από ένα άλλο τμήμα του ιππόκαμπου που ονομάζεται κυψελίδα. Το υποσύστημα είναι το τμήμα του ιππόκαμπου που αρχίζει να αραιώνει και να καμπυλώνει προς την κορυφή του θαλάμου. Κατά μήκος της κορυφής του θαλάμου κάθεται το τμήμα του ιππόκαμπου που ονομάζεται fimbria. Ο πηχός είναι το λεπτότερο τμήμα του ιππόκαμπου και επίσης το σημείο όπου αυτή η δομή συνδέεται με τον θάλαμο, πίσω από το μέτωπο.
Οι ηλεκτρικές πληροφορίες συλλέγονται από τον ιππόκαμπο. Μόλις οι πληροφορίες εισέλθουν στον ιππόκαμπο, μετακινούνται σε ένα άλλο τμήμα της ανατομίας του ιππόκαμπου που ονομάζεται χοριοειδές πλέγμα. Αυτή η δομή ξεκινά στη μέση του ιππόκαμπου και ακολουθεί τη σπείρα, μέσω του υπογείου, των κροσσών και του πορθμού μέχρι τον θάλαμο.
Ο πηχός του ιππόκαμπου ενώνεται στην κορυφή καθώς έρχεται πάνω από τον θάλαμο. Οι δύο πλευρές πιέζονται μεταξύ τους, αλλά στη συνέχεια διαχωρίζονται ξανά για να συνδεθούν τόσο με τον δεξιό όσο και με τον αριστερό λοβό του θαλάμου. Η σύνδεση μεταξύ των δύο πλευρών του πτερυγίου είναι γνωστή ως επιτροπή επιπέδου ιππόκαμπου.
Είναι χρήσιμο να σκεφτούμε την ανατομία του ιππόκαμπου ως έναν ανάποδο ιππόκαμπο. Πράγματι, το όνομα ιππόκαμπος προέρχεται από τα ελληνικά για άλογο, ιπποπόταμο, και θαλάσσιο τέρας, πανεπιστημιούπολη. Ο ιππόκαμπος είναι ευρύς και παχύς στην κάτω περιοχή, σαν το κεφάλι ενός θαλάσσιου αλόγου. Καθώς τυλίγεται γύρω από τον θάλαμο, αραιώνει στον πηχτό, που μοιάζει με ουρά ιππόκαμπος. Δύο τέτοιοι «ιππόκαμποι» κυκλώνουν τον θάλαμο, επειδή η ανατομία του ιππόκαμπου είναι συμμετρική.