Το ανοσοποιητικό σύστημα και η φλεγμονή σχετίζονται στο ότι οι ενέργειες του ανοσοποιητικού συστήματος προκαλούν τις φλεγμονώδεις ιδιότητες που αναγνωρίζονται σε όλο το σώμα. Η φλεγμονή μπορεί να οφείλεται σε πολλά πράγματα, αλλά βασικά, είναι υπερβολική αφθονία κυττάρων ή υγρών σε μια συγκεκριμένη περιοχή. Αυτή η πυκνή συλλογή ύλης προκαλεί μια περιοχή του σώματος να είναι μεγαλύτερη από το συνηθισμένο και μερικές φορές υπάρχει επίσης αποχρωματισμός ή ευαισθησία. Το ανοσοποιητικό σύστημα είναι συνήθως ο διοικητής που λέει στα κύτταρα και σε άλλη ύλη να πάνε σε μια συγκεκριμένη περιοχή.
Οι άνθρωποι κάνουν την καθημερινότητά τους χωρίς να σταματούν να σκέφτονται το περιβάλλον στο οποίο ζουν. Υπάρχει μια σειρά από βιολογικά επιβλαβή στοιχεία που μπορούν δυνητικά να βλάψουν ή να σκοτώσουν έναν απροστάτευτο άνθρωπο. Ευτυχώς, ένα υγιές ανοσοποιητικό σύστημα προστατεύει το σώμα από τα βακτήρια, τους ιούς και άλλα αντιγόνα που προκαλούν ασθένειες. Μερικές φορές, όταν ανιχνεύεται ένα από αυτά τα επιβλαβή ερεθίσματα, το ανοσοποιητικό σύστημα και η φλεγμονή ξεκινούν για να προσπαθήσουν να απαλλάξουν το σώμα από αυτά τα πράγματα.
Η φλεγμονή είναι μέρος της αντίδρασης που προσπαθεί να καθαρίσει το σώμα από οτιδήποτε είναι αυτό που προκαλεί βλάβη. Το ανοσοποιητικό σύστημα είναι εξοπλισμένο με ειδικά κύτταρα που επιτίθενται σε βακτήρια και ιούς. Μπορούν επίσης να αναγνωρίσουν ορισμένα όντα που προκαλούν ασθένειες, γνωστά ως παθογόνα, και να χρησιμοποιήσουν την εμπειρία τους για να είναι καλύτερα κατάλληλα για την επόμενη μάχη.
Αυτό το σύστημα αναγνώρισης είναι ο λόγος για τον οποίο τα εμβόλια λειτουργούν. Τα εμβόλια είναι στην πραγματικότητα νεκροί ή εξασθενημένοι ιοί που εγχέονται στο σώμα έτσι ώστε το ανοσοποιητικό σύστημα να συνηθίσει τον παθογόνο παράγοντα. Αυτό δεν λειτουργεί για όλους τους ιούς, ωστόσο, επειδή ορισμένοι τύποι μπορούν να εξελιχθούν για να αποφύγουν την αναγνώριση. Ένα παράδειγμα είναι ο ιός HIV που προκαλεί το AIDS.
Το ανοσοποιητικό σύστημα και η φλεγμονή μπορούν να λειτουργήσουν βραχυπρόθεσμα ή μακροπρόθεσμα. Οι σύντομες περιόδους είναι γνωστές ως οξείες αποκρίσεις, ενώ η χρόνια φλεγμονή είναι συνήθως το αποτέλεσμα μιας μακροχρόνιας ασθένειας. Το ανοσοποιητικό σύστημα και η φλεγμονή μπορεί επίσης να αποτελούν πρόβλημα στην περίπτωση των αυτοάνοσων νοσημάτων. Ένα αυτοάνοσο νόσημα είναι μια ανωμαλία κατά την οποία το ανοσοποιητικό σύστημα επιτίθεται σε συγκεκριμένες περιοχές του σώματος, γενικά υγιείς, για λόγους που δεν είναι πλήρως κατανοητοί. Ένα παράδειγμα αυτού του είδους ασθένειας θα ήταν η ρευματοειδής αρθρίτιδα.
Η λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος και η φλεγμονή βοηθούν στην καταπολέμηση των ασθενειών. Είναι απίθανο ότι τα ανθρώπινα όντα και άλλα πλάσματα θα μπορούσαν να επιβιώσουν χωρίς αυτά. Αν και η φλεγμονή μπορεί να φαίνεται προβληματική μερικές φορές, είναι στην πραγματικότητα απαραίτητη.