Η σύνδεση μεταξύ της ΓΟΠΝ και της διαφραγματοκήλης είναι ότι η ΓΟΠΝ μπορεί να εμφανιστεί ως αποτέλεσμα της διαφραγματοκήλης. Η ΓΟΠΝ και η διαφραγματοκήλη είναι δύο διαφορετικές ιατρικές καταστάσεις. ΓΟΠΝ, ή γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση, είναι μια κατάσταση κατά την οποία το περιεχόμενο του στομάχου ενός ατόμου μετακινείται προς τα πάνω από το στομάχι και πίσω στον οισοφάγο. Η διαφραγματοκήλη είναι μια κατάσταση κατά την οποία το άνω μέρος του στομάχου κινείται προς τα πάνω μέσω ενός ανοίγματος στο διάφραγμα. Για να αναγνωρίσουμε τη σχέση μεταξύ της ΓΟΠΝ και της διαφραγματοκήλης, είναι πιθανώς καλύτερο να κατανοήσουμε πρώτα την ανατομία της εν λόγω περιοχής.
Όταν ένα άτομο καταπίνει, η τροφή κατεβαίνει στον οισοφάγο και στο στομάχι. Αν και ο οισοφάγος συνδέεται με το στομάχι, και τα δύο όργανα βρίσκονται σε διαφορετικά μέρη του σώματος. ο οισοφάγος βρίσκεται στο στήθος ενώ το στομάχι στην κοιλιά. Το διάφραγμα είναι ο μυς που ουσιαστικά χωρίζει το στήθος από την κοιλιά. Έχει μια μικρή τρύπα από την οποία περνά ο οισοφάγος για να συνδεθεί με το στομάχι. Με τη διαφραγματοκήλη, το πάνω μέρος του στομάχου καταλήγει στην περιοχή του θώρακα.
Εκεί που συναντώνται οισοφάγος και στομάχι είναι ο κατώτερος οισοφαγικός σφιγκτήρας (LES), ο οποίος ανοίγει για να επιτρέψει στην τροφή να εισέλθει στο στομάχι και κλείνει έτσι ώστε η τροφή να μην μπορεί να ταξιδέψει πίσω στον οισοφάγο. Το LES βρίσκεται κάτω από το διάφραγμα και είναι κλειστό τις περισσότερες φορές. Κάτω από το LES υπάρχει ιστός που λειτουργεί σαν βαλβίδα. Όταν υπάρχει πίεση στο στομάχι, αυτή η βαλβίδα κλείνει τον οισοφάγο, κάτι που είναι ένας άλλος τρόπος για να αποτραπεί η είσοδος τροφής στον οισοφάγο. Ο οισοφάγος συνδέεται με το στομάχι σε απότομη γωνία. Αυτή η γωνία είναι που επιτρέπει τη σωστή πίεση για να λειτουργήσει η βαλβίδα.
Αυτό που συμβαίνει με τη ΓΟΠΝ και τη διαφραγματοκήλη είναι ότι η τελευταία προκαλεί την εσφαλμένη λειτουργία του LES και της βαλβίδας, επιτρέποντας στην τροφή να κινηθεί προς τα πάνω στον οισοφάγο. Αυτό συμβαίνει γιατί με τη διαφραγματοκήλη, όταν το πάνω μέρος του στομάχου κινείται πάνω από το διάφραγμα και στην περιοχή του θώρακα, η πίεση μειώνεται. Το LES κανονικά εξαρτάται από αυτή την πίεση, η οποία προέρχεται από το διάφραγμα, για να λειτουργήσει σωστά. Με άλλα λόγια, αφού το LES δεν βρίσκεται πλέον στη σωστή του θέση, παύει να δέχεται αρκετή πίεση για να ενεργήσει όπως θα έπρεπε. Επιπλέον, η βαλβίδα χάνει επίσης την πίεση που χρειάζεται για να λειτουργήσει σωστά, επειδή χάνεται η έντονη γωνία από την οποία εξαρτάται.