Τα προβιοτικά και τα ένζυμα λειτουργούν παράλληλα στο γαστρεντερικό σωλήνα. Και τα δύο διασπούν την τροφή, βοηθώντας έτσι στην καλύτερη πέψη. Τα ένζυμα, όμως, πάνε ένα βήμα παραπέρα. Τρέφουν τα προβιοτικά και τους επιτρέπουν να παραμείνουν ζωντανοί και να πολλαπλασιαστούν. Αυτό συμβαίνει επειδή τα προβιοτικά τρώνε τα υποπροϊόντα που δημιουργούνται όταν τα ένζυμα αφομοιώνουν χημικά τα τρόφιμα, διασπώντας τα σε απλά θρεπτικά συστατικά που τα προβιοτικά μπορούν εύκολα να απορροφήσουν.
Τα τρόφιμα που δημιουργούνται από ένζυμα με σκοπό την υποστήριξη των προβιοτικών περιλαμβάνουν λιπαρά οξέα, απλούς υδατάνθρακες και αμινοξέα. Η ανταλλαγή τροφίμων μεταξύ προβιοτικών και ενζύμων περιλαμβάνει επίσης διάφορα μέταλλα και βιταμίνες που παράγονται από τα ένζυμα. Υπάρχουν εννέα διαφορετικοί τύποι ενζύμων που παράγουν αυτά τα θρεπτικά υποπροϊόντα. Λειτουργούν σε εξειδικευμένες περιοχές του γαστρεντερικού σωλήνα, όπως το παχύ έντερο, το λεπτό έντερο και το πάγκρεας.
Η πρωτεάση, η αμυλάση και η λιπάση θεωρούνται τα τρία κύρια πεπτικά ένζυμα. Η λιπάση αφομοιώνει τα λίπη γνωστά ως λιπίδια και παράγει λιπαρά οξέα ως υποπροϊόν αυτής της πέψης. Η δουλειά της αμυλάσης είναι να στοχεύει τα άμυλα και τους υδατάνθρακες, διασπώντας τα σε απλά σάκχαρα που είναι αρκετά βασικά ώστε τα προβιοτικά να καταναλώνονται εύκολα. Η πρωτεάση, ιδιαίτερα το ένζυμο πρωτεάσης που είναι γνωστό ως πεψίνη, αφομοιώνει τις πρωτεΐνες για να παράγει αμινοξέα.
Τα δευτερογενή πεπτικά ένζυμα περιλαμβάνουν σακχαράση, μαλτάση και λακτάση. Η λακτάση χωνεύει το σάκχαρο του γάλακτος, το οποίο είναι επίσης γνωστό ως λακτόζη. Η μαλτάση μειώνει χημικά το σάκχαρο της βύνης που είναι γνωστό ως μαλτόζη σε γλυκόζη. Η σακχαρόζη χωνεύει τη σακχαρόζη, σχηματίζοντας είτε φρουκτόζη είτε γλυκόζη. Τα εναπομείναντα ένζυμα υδατανθράση, πηκτινάση και ημικυτταράση θεωρούνται μη κρίσιμα για τα προβιοτικά, αν και βοηθούν το ανθρώπινο σώμα στην πέψη.
Τα αμινοξέα και τα άμυλα που δημιουργούνται στη χημική πέψη δεν είναι χρήσιμα μόνο για τα προβιοτικά και τα ένζυμα. Οι άνθρωποι μπορούν επίσης να απορροφήσουν αυτή τη διατροφή μέσω των επενδύσεων των οργάνων. Τα ένζυμα πρωτεάσης εξυπηρετούν κυρίως τον προβιοτικό γαλακτοβάκιλλο στο λεπτό έντερο όπου τα αμινοξέα μπορούν να περάσουν μέσω της μεμβράνης στην κυκλοφορία του αίματος. Η αμυλάση, εν τω μεταξύ, συνδυάζεται με προβιοτικά στο πάγκρεας και στους σιελογόνους αδένες, όπου τα απλά σάκχαρα που απελευθερώνονται από την αμυλάση μπορούν να απορροφηθούν μέσω του στόματος ή της παγκρεατικής μεμβράνης.
Ενώ τόσο τα προβιοτικά όσο και τα ένζυμα μετατρέπουν την τροφή σε ενέργεια μέσω της πέψης, αυτό δεν είναι το πρωταρχικό όφελος των προβιοτικών. Τα προβιοτικά προστατεύουν το ανοσοποιητικό σύστημα και αυξάνουν την αποτελεσματικότητά του απομακρύνοντας τις τοξίνες και τα κακόβουλα βακτήρια. Ως αποτοξινωτικό, τα προβιοτικά έχουν επαινεθεί για την πρόληψη παθήσεων που κυμαίνονται από αλλεργίες έως καρκίνο του παχέος εντέρου. Αυτοί οι ωφέλιμοι μικροοργανισμοί μπορούν να βοηθήσουν τον οργανισμό να νικήσει επιβλαβή βακτήρια όπως η σαλμονέλα και το E.coli. Όσο περισσότερη τροφή λαμβάνουν από ένζυμα, τόσο περισσότερα προβιοτικά μπορούν να πολλαπλασιαστούν και να παρέχουν προστασία της υγείας.
Καθώς οι άνθρωποι γερνούν ή υπομένουν την ασθένεια, η ποσότητα των προβιοτικών στο σώμα μπορεί να πέσει κατακόρυφα. Τα συμπληρώματα με προβιοτικά και ένζυμα μπορούν να ενισχύσουν την ευεργετική μικροχλωρίδα του σώματος. Όσοι χρησιμοποιούν συμπληρώματα ή ζωντανές τροφές για να αυξήσουν τα επίπεδα προβιοτικών και ενζύμων στο σώμα συνήθως πρέπει να παραμείνουν συνεπείς, καθώς τόσο τα προβιοτικά όσο και τα ένζυμα εξαντλούνται τακτικά από τον οργανισμό και πρέπει να αναπληρωθούν.
Ορισμένοι επικριτές των συμπληρωματικών προβιοτικών και ενζύμων υποστηρίζουν ότι τα ένζυμα, ιδιαίτερα η πρωτεάση, θα καταστρέψουν ορισμένα προβιοτικά με βάση τις πρωτεΐνες. Ωστόσο, πολλές έρευνες αντικρούουν αυτόν τον ισχυρισμό. Για να διασφαλιστεί ότι δεν υπάρχει επιζήμια αλληλεπίδραση, πολλοί διατροφολόγοι προτείνουν να λαμβάνονται τα ένζυμα πριν από το γεύμα και τα προβιοτικά μετά.