Έχει γραφτεί ένα απίστευτο ποσό σχετικά με τη συσχέτιση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού. Ορισμένες ομάδες γονέων πιστεύουν έντονα ότι ορισμένοι εμβολιασμοί μπορεί να ευθύνονται για περιπτώσεις αυτισμού. Αυτό το ισχυρό συναίσθημα και ο ακτιβισμός των γονέων έχουν οδηγήσει επανειλημμένα στην απαίτηση να ερευνηθεί αυτή η σύνδεση και η κλινική έρευνα που έγινε υποδηλώνει ότι δεν υπάρχει σύνδεση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού. Η ιατρική κοινότητα στέκεται ευθέως αντίθετη σε μια καθιερωμένη ισοπαλία, και ακόμη και τα δικαστήρια έχουν εμπλακεί, εκδίδοντας αποφάσεις τη δεκαετία του 2010 ότι δεν υπάρχει σύνδεση.
Μία από τις ισχυρότερες μελέτες που πρότεινε μια σύνδεση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού δημοσιεύθηκε στο έγκριτο ιατρικό περιοδικό The Lancet το 1998. Αυτό το άρθρο αργότερα βρέθηκε ότι είχε κατασκευασμένα και ανακριβή δεδομένα και το 2010, το The Lancet τα απέσυρε. Η παρουσία του δημιούργησε μια καταιγίδα ανησυχίας, ιδιαίτερα στους γονείς, και με τα αυξανόμενα ποσοστά αυτισμού, πολλοί υποστήριξαν την εγκατάλειψη των εμβολιασμών. Οι γιατροί, που ένιωθαν ότι ο κίνδυνος να προσβληθούν από σοβαρές ασθένειες ήταν ακόμα πολύ μεγαλύτερος από τον κίνδυνο να προσβληθούν από αυτισμό, δεν υποστήριξαν αυτήν την επιλογή.
Για ένα διάστημα, η εστίαση στις ομάδες υπεράσπισης των γονέων ήταν η παρουσία μιας χημικής ουσίας σε ορισμένα εμβόλια που ονομάζεται thimerosal. Θεωρήθηκε ότι αυξάνει τον κίνδυνο αυτισμού, σύμφωνα με το άρθρο του Lancet και άλλες πηγές. Αυτό το θέμα έχει επίσης ερευνηθεί και η θιμεροσάλη έχει αφαιρεθεί από τους περισσότερους εμβολιασμούς. Επί του παρόντος, από ιατρικά και δικαστικά πρότυπα, αυτή η χημική ουσία δεν είναι υπεύθυνη για περιπτώσεις αυτισμού, και ειδικά το εμβόλιο ιλαράς, παρωτίτιδας και ερυθράς (MMR), το οποίο έχει θεωρηθεί πιθανή αιτία αυτισμού από τις ομάδες υπεράσπισης των γονέων, δεν θεωρείται ότι έχει σχέση με την ασθένεια. Η αναφερόμενη εξαίρεση είναι ότι τα πρώτα συμπτώματα του αυτισμού μπορεί να εμφανιστούν περίπου την ίδια στιγμή που δίνεται το MMR, κάτι που ισχύει ανεξάρτητα από το αν τα παιδιά λαμβάνουν πραγματικά το εμβόλιο ή όχι.
Πρόσφατη έρευνα σχετικά με αυτήν την ασθένεια υποδηλώνει λιγότερη σχέση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού και περισσότερο μια σχέση με τη γενετική. Μια εκτενής μελέτη στην οποία επένδυσε ο μεγάλος οργανισμός Autism Speaks, αξιολόγησε πάνω από 2000 παιδιά για να προσδιορίσει εάν υπήρχαν γενετικοί παράγοντες που προδιαθέτουν τους ανθρώπους προς τον αυτισμό, και αποδείχθηκε ότι υπάρχουν. Απλώς δεν είναι μεμονωμένα, αλλά περιλαμβάνουν μικρά ελαττώματα ή διαφορές σε πολλά διαφορετικά γονίδια. Είναι σαφές ότι ένα μεμονωμένο γονίδιο δεν ευθύνεται για την πάθηση, αλλά οι άνθρωποι μπορεί να έχουν έναν αριθμό γονιδίων που προβλέπουν περισσότερα την εμφάνιση του αυτισμού.
Ακόμη και με όλα αυτά τα στοιχεία, η συσχέτιση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού δεν μπορεί να αποκλειστεί εντελώς σε όλες τις περιπτώσεις. Υπάρχουν ορισμένοι παράγοντες που το συνηγορούν. Τα επίπεδα ανοσοποίησης έχουν πλέον μειωθεί λόγω του φόβου ότι ο αυτισμός προκαλείται από τα εμβόλια, και ωστόσο, τα επίπεδα αυτισμού συνεχίζουν να αυξάνονται. Ο αυτισμός εμφανίζεται στα αγόρια με πολύ μεγαλύτερη συχνότητα από ότι στα κορίτσια, αλλά και τα δύο φύλα εμβολιάζονται εξίσου.
Η νόμιμη επιστήμη δεν κατάφερε να αποδείξει τη συσχέτιση μεταξύ των εμβολιασμών και του αυτισμού. Τα περισσότερα στοιχεία που υποδηλώνουν μια σύνδεση παρέχονται από λαϊκούς γιατρούς και δεν υποστηρίζονται από τη σκληρή επιστήμη. Σχεδόν όλοι οι νόμιμοι ιατρικοί οργανισμοί διαψεύδουν μια σύνδεση και εκφράζουν βαθιά ανησυχία για τους πιθανούς κινδύνους της αποφυγής εμβολιασμών.