Υπάρχει ένας αριθμός πιθανών θεραπειών για μια κύστη γόνατος, με την επιλεγμένη θεραπεία να εξαρτάται από τον ακριβή τύπο της κύστης που εμπλέκεται. Η κύστη είναι ένας σάκος, ή θύλακας, ο οποίος μπορεί να είναι γεμάτος με υγρό ή μια πιο παχύρρευστη ουσία. Οι κύστεις στο γόνατο που έχουν προκληθεί από καταστάσεις όπως τραυματισμός, ρευματοειδής αρθρίτιδα ή ουρική αρθρίτιδα μπορούν να αντιμετωπιστούν με φαρμακευτική αγωγή και οι μολυσμένες κύστεις συχνά ανταποκρίνονται στα αντιβιοτικά. Είναι σημαντικό να αντιμετωπιστούν τυχόν υποκείμενα αίτια, διαφορετικά μια κύστη μπορεί να υποτροπιάσει. Μια κύστη γόνατος που προκαλεί συμπτώματα και δεν μπορεί να αντιμετωπιστεί με φάρμακα μπορεί να απαιτεί χειρουργική αφαίρεση.
Οι περισσότερες κύστεις που προκύπτουν στο γόνατο αναπτύσσονται από αυτά που είναι γνωστά ως θύλακες. Οι θύλακες είναι σάκοι που βρίσκονται στα μέρη των αρθρώσεων όπου συμβαίνει τριβή. Εάν η υπερβολική χρήση της άρθρωσης οδηγήσει σε τραυματισμό, αυτές οι θύλακες μπορεί να γεμίσουν με υγρό, σχηματίζοντας κύστεις.
Η θεραπεία αυτού του τύπου κύστης γόνατος είναι συνήθως ιατρική, με συνδυασμό ανάπαυσης, συμπιεστικών επιδέσμων και των λεγόμενων μη στεροειδών αντιφλεγμονωδών φαρμάκων (ΜΣΑΦ). Σε περιπτώσεις όπου μια υπάρχουσα ασθένεια, όπως η ουρική αρθρίτιδα, προκαλεί την ανάπτυξη ενός θυλάκου σε κύστη γόνατος, η φαρμακευτική θεραπεία εστιάζει στην υποκείμενη πάθηση. Εάν μια κύστη μολυνθεί, η αντιβιοτική θεραπεία μπορεί να μην είναι πλήρως αποτελεσματική έως ότου η κύστη αποστραγγιστεί χρησιμοποιώντας αναρρόφηση με βελόνα, όπου χρησιμοποιείται μια σύριγγα για την εξαγωγή του περιεχομένου της κύστης.
Ένας από τους πιο συνηθισμένους τύπους κύστης γόνατος ονομάζεται ιγνυακή κύστη ή κύστη Baker, η οποία αναπτύσσεται από έναν θώρακα στο πίσω μέρος της άρθρωσης του γόνατος. Συνήθως, η κύστη του Baker εμφανίζεται όταν τραυματίζονται δομές στο εσωτερικό της άρθρωσης του γόνατος, αλλά μπορεί επίσης να εμφανιστεί σε ασθενείς με ασθένειες όπως η οστεοαρθρίτιδα και η ρευματοειδής αρθρίτιδα. Μπορεί να εμφανιστούν συμπτώματα πόνου και υγρού γύρω από την άρθρωση του γόνατος. Η θεραπεία για αυτόν τον τύπο κύστης γόνατος μπορεί να πραγματοποιηθεί στο σπίτι, χρησιμοποιώντας έναν συνδυασμό ΜΣΑΦ, ανάπαυσης, πάγου και συμπιεστικών επιδέσμων. Εάν τα συμπτώματα επιμείνουν, ένας γιατρός μπορεί να εγχύσει κορτικοστεροειδή στο γόνατο για να ανακουφίσει το πρήξιμο και τον πόνο.
Ενώ οι κύστεις του Baker δεν αφαιρούνται συνήθως χειρουργικά, μπορεί να απαιτηθεί χειρουργική επέμβαση για την αποκατάσταση τυχόν βλάβης στην άρθρωση του γόνατος που μπορεί να έχει προκαλέσει το σχηματισμό της κύστης. Ένα μακρύ, λεπτό όργανο που ονομάζεται αρθροσκόπιο, το οποίο μπορεί να τραβήξει φωτογραφίες του εσωτερικού της άρθρωσης, εισάγεται στο γόνατο. Αυτό δίνει τη δυνατότητα στον χειρουργό να ανακαλύψει τυχόν τραυματισμένες δομές και να τις επισκευάσει χρησιμοποιώντας εργαλεία που σχετίζονται με το αρθροσκόπιο. Τυπικά, μια κύστη γόνατος που δεν έχει αναπτυχθεί από θύλακα και η οποία έχει συμπτώματα που δεν ανακουφίζονται με άλλες μεθόδους, είναι πολύ πιθανό να απαιτήσει χειρουργική αφαίρεση.