Τα μέρη ενός μικροσκοπίου μπορεί να διαφέρουν από μικροσκόπιο σε μικροσκόπιο. Ωστόσο, υπάρχουν μερικά μέρη που είναι κοινά σε όλα τα μικροσκόπια. Αρχικά, τα μικροσκόπια απαιτούν ισχυρό φως, ειδικά αυτά που εντείνουν μια εικόνα με τις υψηλότερες δυνάμεις. Μερικές φορές οι λαμπτήρες μικροσκοπίου χρησιμοποιούνται για να επιτευχθεί ο στόχος του αυξημένου φωτός, μερικές φορές απλά η χρήση ενός καθρέφτη θα κάνει το κόλπο. Εάν ένας καθρέφτης είναι ένα από τα μέρη ενός μικροσκοπίου, χρησιμοποιήστε τον για να ανακλά το φως από μια εξωτερική πηγή μέσα από το κάτω μέρος της σκηνής.
Η σκηνή είναι η επίπεδη πλατφόρμα που συγκρατεί τις τσουλήθρες στη θέση τους με τη βοήθεια κλιπ σκηνής. Μερικές φορές ένα μικροσκόπιο θα έχει ένα μηχανικό στάδιο. Αν ναι, η σκηνή θα ανεβοκατεβαίνει στρίβοντας ένα πόμολο και θα μετακινείται αριστερά ή δεξιά χρησιμοποιώντας ένα δεύτερο πόμολο. Είναι χρήσιμο να μετακινήσετε τη σκηνή έως ότου το δείγμα βρίσκεται πάνω από το φως κάτω από τη σκηνή. Το αντικείμενο που θα επιθεωρηθεί μέσω του μικροσκοπίου ονομάζεται δείγμα.
Υπάρχουν συνήθως αρκετοί αντικειμενικοί φακοί που βρίσκονται σε ένα περιστρεφόμενο ακροφύσιο. Το περιστρεφόμενο ακροφύσιο είναι ένα από τα μέρη ενός μικροσκοπίου που μπορεί να χωρέσει δύο, τρεις, τέσσερις ή περισσότερους αντικειμενικούς φακούς – απλά γυρίστε τον για να αυξήσετε ή να μειώσετε την ισχύ. Συνήθως το δείγμα βρίσκεται χρησιμοποιώντας τη χαμηλότερη ισχύ. Έτσι, για παράδειγμα, εάν ένας επιστήμονας ξεκινήσει βρίσκοντας το δείγμα με μεγέθυνση 4Χ. Στη συνέχεια, η ισχύς μπορεί να αυξηθεί σταδιακά σε 10X, 40X ή 100X, ανάλογα με τις ανάγκες. Επιπλέον, ο φακός του προσοφθάλμιου φακού – ο φακός που κοιτάζει ο επιστήμονας στο επάνω μέρος του μικροσκοπίου – μπορεί να έχει μεγέθυνση 10Χ. Συνεπώς, το δείγμα μπορεί στη συνέχεια να προβληθεί σε μεγέθυνση 100X, 400X ή 1000X όταν συνδυάζεται η ισχύς του φακού του προσοφθάλμιου φακού και του αντικειμενικού φακού.
Μερικά από τα άλλα μέρη ενός μικροσκοπίου περιλαμβάνουν το κουμπί χονδροειδούς ρύθμισης και το κουμπί λεπτής ρύθμισης. Το κουμπί χονδροειδούς ρύθμισης κάνει προσαρμογές μεγάλης κλίμακας για να εστιάσει το δείγμα. Το κουμπί λεπτής ρύθμισης κάνει μικροσκοπικές ρυθμίσεις και θα πρέπει να είναι το μόνο κουμπί που χρησιμοποιείται όταν είναι σε υψηλότερες δυνάμεις.
Άλλα μέρη ενός μικροσκοπίου είναι ο συμπυκνωτικός φακός και το διάφραγμα ή η ίριδα. Ο φακός συμπυκνωτή εστιάζει το φως σε ένα δείγμα. Λειτουργεί καλύτερα εάν χρησιμοποιείται με υψηλότερες δυνάμεις, όπως 400X ή υψηλότερη, και θα κάνει την εικόνα πολύ πιο ευκρινή. Το διάφραγμα ή η ίριδα είναι μια περιστρεφόμενη πλατφόρμα κάτω από τη σκηνή. Έχει πολλά μεγέθη οπών και αφήνει μια μεταβλητή ποσότητα φωτός να περάσει στη διαφάνεια – ένα παχύτερο δείγμα χρειάζεται περισσότερο φως από ένα πιο λεπτό δείγμα.