Αν και υπάρχουν πολλά πιθανά μειονεκτήματα και πολλοί άνθρωποι αισθάνονται αβέβαιοι για το εάν αυτή η πρακτική είναι ηθικά σωστή, τα πλεονεκτήματα της κλωνοποίησης είναι πολλά. Ορισμένοι τύποι κλωνοποίησης μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη δημιουργία πηγών τροφίμων με υψηλότερη θρεπτική αξία, ενώ άλλοι μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη δημιουργία τύπων φαρμάκων ή θεραπειών. Ένα από τα πιο γνωστά πλεονεκτήματα της κλωνοποίησης είναι η μεταμόσχευση οργάνων, η οποία θα μπορούσε ενδεχομένως να σώσει τη ζωή των θυμάτων ατυχημάτων και εκείνων που περιμένουν δωρεά οργάνων.
Τα ιατρικά οφέλη της κλωνοποίησης μπορεί να ξεκινήσουν με την πραγματική τροφή του σώματος. Όχι μόνο οι κλωνοποιημένες αγελάδες και τα κοτόπουλα μπορούν να παράγουν περισσότερα αυγά και γάλα, αλλά οι επιστήμονες μπορεί επίσης να είναι σε θέση να αλλάξουν γενετικά τη θρεπτική αξία αυτών των τροφίμων. Τα βρέφη που δεν μπορούν να θηλάσουν μπορεί επίσης να επωφεληθούν από ορισμένους τύπους κλωνοποίησης ζώων. Για παράδειγμα, μια αγελάδα της οποίας ο γενετικός κώδικας υποβάλλεται σε χειραγώγηση μπορεί να παράγει γάλα που περιέχει πρωτεΐνες παρόμοιες με αυτές που βρίσκονται στο ανθρώπινο μητρικό γάλα.
Η γονιμότητα είναι ένα άλλο από τα πιθανά πλεονεκτήματα της κλωνοποίησης. Για όσους είναι στείροι, αυτή η λύση μπορεί να δώσει ελπίδα εκεί όπου άλλες επιλογές έχουν αποτύχει. Μία από τις πιο κοινές διαδικασίες αναπαραγωγικής κλωνοποίησης ξεκινά με την έγχυση του γενετικού υλικού ενός γονέα σε ένα ωάριο. Μόλις γίνει αυτό, το ωάριο διεγείρεται από ηλεκτρισμό ή χημικές ουσίες και στη συνέχεια τοποθετείται στη μήτρα. Αν και αυτή η διαδικασία έχει επιτευχθεί σε κάποιο βαθμό στα ζώα, απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να διαπιστωθεί εάν θα λειτουργήσει ή όχι και για τους ανθρώπους.
Εκτός από τη διατροφή και τη γονιμότητα, το όφελος της κλωνοποίησης φτάνει στη θεραπεία και, ενδεχομένως, στη θεραπεία πολλών ιατρικών προβλημάτων. Η μεταμόσχευση οργάνων είναι η πιο γνωστή ιατρική χρήση για την κλωνοποίηση. Μερικές φορές τα μεταμοσχευμένα όργανα συλλέγονται από ζώα, τα οποία απορρίπτονται τακτικά από τους ανθρώπους λήπτες. Τα κλωνοποιημένα ζώα, ωστόσο, μπορεί να φέρουν ανθρώπινα γονίδια, γεγονός που μπορεί να κάνει την απόρριψη λιγότερο συχνή. Η κλωνοποίηση μπορεί επίσης να είναι ευεργετική για την αντικατάσταση των οστών, των χόνδρων και του δέρματος σε θύματα εγκαυμάτων και ατυχημάτων.
Άλλα ιατρικά πλεονεκτήματα της κλωνοποίησης συνίστανται στη δημιουργία προηγμένης ιατρικής. Αυτά τα φάρμακα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για θεραπείες καρδιάς και μυελού των οστών, για τον έλεγχο του διαβήτη και της ρευματοειδούς αρθρίτιδας, και ίσως ακόμη και για τη θεραπεία παθήσεων των νεφρών και της νόσου του Πάρκινσον. Επιπλέον, η κλωνοποίηση μπορεί επίσης να είναι σε θέση να θεραπεύσει ορισμένους τύπους καρκίνου αντικαθιστώντας τα μεταλλαγμένα γονίδια με υγιή, φυσιολογικά. Αυτή η διαδικασία συχνά συνίσταται στη λήψη ανοσοκυττάρων από το σώμα του ίδιου του ασθενούς, στην αντιγραφή τους και στη συνέχεια στην επανατοποθέτησή τους στο σύστημα.