Η αναπαραγωγική κλωνοποίηση είναι η διαδικασία χρήσης της γενετικής πληροφορίας ενός οργανισμού για τη δημιουργία ενός πλήρους αντιγράφου του ίδιου οργανισμού. Αυτό δεν είναι το ίδιο με τη θεραπευτική κλωνοποίηση, η οποία περιλαμβάνει τη χρήση γενετικών πληροφοριών για τη δημιουργία πανομοιότυπων αντιγράφων ολόκληρου ή μέρους ενός οργανισμού με σκοπό τη θεραπεία διαταραχών που μπορεί να προκύψουν. Πιο συγκεκριμένα, η κλωνοποίηση ενός ατόμου για να γίνει ένα νέο άτομο με όλα τα δικαιώματα και τις ευκαιρίες όπως οποιοσδήποτε άλλος είναι αναπαραγωγική κλωνοποίηση. Η κλωνοποίηση ενός ατόμου ως δότης οργάνων για το «πρωτότυπο» άτομο είναι θεραπευτική κλωνοποίηση. Πολλοί υποστηρίζουν την αναπαραγωγική κλωνοποίηση λόγω της χρήσης της στην πρόοδο της επιστήμης, ενώ άλλοι αντιτίθενται λόγω ηθικών ανησυχιών, κινδύνων για την ασφάλεια και θρησκευτικών πεποιθήσεων.
Γενετικοί κλώνοι πολλών διαφορετικών ζώων έχουν παραχθεί μέσω αναπαραγωγικής κλωνοποίησης. Η κλωνοποίηση ζώων ενέχει μικρό κίνδυνο για τον άνθρωπο, επομένως πολλοί θεωρούν ότι είναι επωφελής επειδή επιτρέπει τη σχετικά ασφαλή ανάπτυξη καλύτερης τεχνολογίας κλωνοποίησης. Παρέχει επίσης μεγάλη εικόνα για τη γενετική σύνθεση μιας ποικιλίας διαφορετικών οργανισμών. Ωστόσο, πολλοί άνθρωποι αντιτίθενται στην κλωνοποίηση ζώων για ηθικούς λόγους, επειδή οι περισσότερες απόπειρες κλωνοποίησης είναι ανεπιτυχείς και οδηγούν σε θάνατο ή σοβαρή παραμόρφωση των κλώνων.
Η ανθρώπινη κλωνοποίηση είναι ένα πολύ πιο αμφισβητούμενο ζήτημα λόγω των διαφορετικών ηθικών και θρησκευτικών απόψεων που έχουν οι άνθρωποι σχετικά με την αξία των ανθρώπων. Οι υποστηρικτές της ανθρώπινης αναπαραγωγικής κλωνοποίησης υποστηρίζουν ότι όσοι δεν μπορούν να τεκνοποιήσουν μέσω φυσικών ή διαθέσιμων εργαστηριακών μέσων θα μπορούσαν να χρησιμοποιήσουν την κλωνοποίηση για να αποκτήσουν γενετικά σχετιζόμενα παιδιά. Θα επέτρεπε επίσης στα ομοφυλόφιλα ζευγάρια να έχουν γενετικά συνδεδεμένα παιδιά χωρίς να στραφούν σε υιοθεσία ή παρένθετους γονείς. Ένα άλλο εξαιρετικά αμφιλεγόμενο πλεονέκτημα της αναπαραγωγικής κλωνοποίησης είναι η ικανότητα των γονέων που έχουν χάσει παιδιά να έχουν ακριβείς γενετικούς κλώνους των χαμένων παιδιών. Οι υποστηρικτές της κλωνοποίησης συχνά απαντούν σε ηθικές αντιρρήσεις δηλώνοντας ότι τα ηθικά πρότυπα της κοινωνίας πρέπει να αλλάξουν καθώς αναπτύσσονται νέες δυνητικά πολύτιμες τεχνολογίες.
Οι αντίπαλοι της αναπαραγωγικής κλωνοποίησης αντιλαμβάνονται ότι η κλωνοποίηση ως αποδεκτή πρακτική θα ωθούσε τους ανθρώπους να βλέπουν τον εαυτό τους και τους άλλους ως αντικείμενα. Θα δημιουργούσε επίσης μεγάλο ψυχολογικό άγχος στα κλωνοποιημένα άτομα, τα οποία θα έπρεπε να αποδεχτούν ότι έχουν παραχθεί τεχνητά και πιθανότατα θα περνούσαν μεγάλο μέρος της ζωής τους αγωνιζόμενοι να ξεφύγουν από τις σκιές των γενετικών «γονέων» τους. Επιπλέον, όπως αποδεικνύεται μέσω της κλωνοποίησης ζώων, η αναπαραγωγική κλωνοποίηση είναι εξαιρετικά επικίνδυνη και μπορεί να οδηγήσει σε πρόωρο θάνατο ή σοβαρή εξουθενωτική παραμόρφωση των κλώνων.