Τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης είναι ένα τεράστιο θέμα, το οποίο οι επιστήμονες και οι ηθικολόγοι δεν έχουν αποκαλύψει πλήρως. Ένα θέμα κατά τη συζήτηση αυτού του θέματος είναι οι διαφορετικοί τύποι πραγμάτων που κλωνοποιούνται. Οι άνθρωποι μπορεί να βλέπουν περισσότερα οφέλη από την κλωνοποίηση φυτών ή ζώων από ό,τι στην κλωνοποίηση ολόκληρων ανθρώπων, για παράδειγμα.
Μερικά πλεονεκτήματα της κλωνοποίησης φυτών αναφέρονται αρκετά συχνά. Για παράδειγμα, η κλωνοποίηση θα μπορούσε να βοηθήσει στην αναπαραγωγή φυτών που είναι πιο ανθεκτικά στις ασθένειες. Η αναπαραγωγή ανώτερων φυτών, ειδικά εκείνων με διατροφική υπεροχή, θα μπορούσε να βοηθήσει στην αντιμετώπιση προβλημάτων πείνας στον κόσμο. Τα κλωνοποιημένα φυτά είναι επίσης πιο προβλέψιμα, κάτι που θα μπορούσε να βοηθήσει στην εξοικονόμηση εκατομμυρίων δολαρίων στο κόστος της γεωργίας και τα φυτά που βρίσκονται κοντά στην εξαφάνιση θα μπορούσαν να σωθούν μέσω των κατάλληλων προγραμμάτων κλωνοποίησης.
Παρόμοια πλεονεκτήματα ισχύουν για την κλωνοποίηση εξημερωμένων ζώων, όπως αυτά που παρέχουν πηγές τροφής. Η κλωνοποίηση θα μπορούσε να βοηθήσει στην παραγωγή ανώτερης τροφής, στη δημιουργία περισσότερων ανθεκτικών στις ασθένειες ζώων και στην αντιμετώπιση προβλημάτων της παγκόσμιας πείνας. Τα σπάνια ζώα μπορεί να σωθούν από την εξαφάνιση, ειδικά εκείνα τα ζώα που δεν αναπαράγονται καλά στις μεταβαλλόμενες περιβαλλοντικές συνθήκες.
Πολλοί άνθρωποι βλέπουν λιγότερα βαθιά αντικρουόμενα πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα της κλωνοποίησης φυτών και ζώων, αλλά υπάρχουν ορισμένα μειονεκτήματα που πρέπει να λάβετε υπόψη. Πρώτον, οι προσπάθειες για γενετική μηχανική ή πλήρη κλωνοποίηση φυτικών και ζωικών ειδών θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε έλλειψη της απαραίτητης ποικιλομορφίας DNA. Η διαφορετικότητα βοηθά στη βελτίωση της επιβίωσης στο μέλλον, ειδικά όταν εμφανίζονται απρόβλεπτα πράγματα. Οι επιστήμονες δεν μπορούν να προβλέψουν πιθανή ανάπτυξη ιών ή άλλων παραγόντων καταστροφής στους οποίους μπορεί να χρειαστεί να αντιδράσει ένα κλωνοποιημένο είδος στο μέλλον.
Για παράδειγμα, ίσως οι επιστήμονες αποφασίσουν να κλωνοποιήσουν όλο το ρύζι στον κόσμο. Σταδιακά παράγουν μόνο ένα είδος, πολύ πιο θρεπτικό από άλλα είδη. Άλλο ρύζι δεν παράγεται πλέον και οι παραλλαγές του DNA εξαφανίζονται. Κάποια στιγμή στο μέλλον, μια ασθένεια χτυπά την καλλιέργεια του ρυζιού και την καταστρέφει εντελώς και ξαφνικά λείπει το ρύζι στον κόσμο.
Αυτό είναι ίσως το μεγαλύτερο «μειονέκτημα» στην κλωνοποίηση, και αυτό που αναφέρεται πιο συχνά. Η κλωνοποίηση μπορεί να υποτιμήσει την πιθανότητα της ανάγκης για γενετική παραλλαγή στο μέλλον, κάτω από απρόβλεπτες συνθήκες. Παρόμοια ζητήματα θα μπορούσαν να προκύψουν για τα κλωνοποιημένα εξημερωμένα ζώα, ιδιαίτερα εάν αντικατέστησαν πλήρως ζώα που δημιούργησαν γενετική παραλλαγή μέσω κανονικών μεθόδων αναπαραγωγής.
Ένα άλλο από τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης ζώων είναι το πιθανό κόστος. Επί του παρόντος, είναι πολύ πιο ακριβό η κλωνοποίηση παρά η αναπαραγωγή ζώων με άλλα μέσα. Το ποσοστό αποτυχίας παραμένει υψηλό, αν και αυτό είναι πιθανό να μειωθεί, επιπλέον του κόστους, εάν η κλωνοποίηση πραγματοποιηθεί σε ευρύτερη κλίμακα. Το κόστος επηρεάζει ένα άλλο από τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης ζώων προμήθειας τροφίμων. Μερικοί άνθρωποι αισθάνονται μεγάλη απροθυμία να φάνε κλωνοποιημένο κρέας, κάτι που μπορεί να μειώσει την αξία των ζώων που κλωνοποιούνται.
Τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης ανθρώπων είναι πιο περίπλοκα. Τα πιθανά οφέλη της κλωνοποίησης σίγουρα υπάρχουν. Μεταξύ αυτών είναι η δυνατότητα κλωνοποίησης τμημάτων ανθρώπων, όπως ζωτικών οργάνων που θα χρησιμοποιηθούν σε μεταμοσχεύσεις, κάτι που θα μπορούσε να ακυρώσει τα προβλήματα απόρριψης οργάνων. Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι η κλωνοποίηση ανθρώπων που δεν μπορούν να αποκτήσουν δικά τους παιδιά ή που χάνουν παιδιά σε πολύ μικρή ηλικία είναι μεταξύ των «πλεονεκτημάτων» της ανάπτυξης ανθρώπινης κλωνοποίησης.
Τα μειονεκτήματα περιλαμβάνουν τις μεθόδους κλωνοποίησης, οι οποίες όταν περιλαμβάνουν γονιμοποιημένα έμβρυα, θεωρούνται ηθικά αποκρουστικές από ορισμένους. Άλλοι πιστεύουν ότι η ιδέα της κλωνοποίησης ανθρώπων «παίζει τον Θεό». Ένας άλλος φόβος υπάρχει εάν οι άνθρωποι αποφασίσουν να κάνουν γενετική μηχανική σούπερ παιδιά. Τι θα συνέβαινε στον μέσο άνθρωπο που δεν παράγεται με μεθόδους κλωνοποίησης; Αυτό αποτελεί τροφή για νόμιμες επιστημονικές, νομικές και ηθικές συζητήσεις και για πολλές ταινίες επιστημονικής φαντασίας.
Το κόστος είναι επίσης ένα ζήτημα, και θα ήταν δύσκολο να γνωρίζουμε εάν μια εταιρεία ασφάλισης υγείας θα πλήρωνε για ένα άτομο για την κλωνοποίηση ενός οργάνου ή εάν αυτές οι τιμές θα ήταν τόσο απαγορευτικές ώστε να κάνουν τη διαδικασία απρόσιτη ή διαθέσιμη μόνο σε λίγους. Και πάλι, το θέμα της γενετικής ποικιλότητας είναι σημαντικό. Η κλωνοποίηση θα εξαφάνιζε ένα γονίδιο ή ένα κομμάτι DNA σήμερα που δεν φαίνεται σημαντικό, αλλά μπορεί να βρίσκεται σε διαφορετικό κόσμο κάποια στιγμή στο μέλλον;
Οι συζητήσεις για τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης αναμένεται να συνεχιστούν με πολλούς ανθρώπους να διαφωνούν για το ποιος είναι ο καλύτερος τρόπος να προχωρήσουμε. Κάποια κλωνοποίηση υπάρχει ήδη, και είναι πιθανό να υπάρχει περισσότερη καθώς η επιστήμη συνεχίζει να αναπτύσσει αυτήν την τεχνολογία. Μόλις η τεχνολογία κλωνοποίησης φτάσει στο έπακρο, οι άνθρωποι θα εξακολουθούν να έχουν το ερώτημα πότε και πώς να την εφαρμόσουν.