Η εξέταση αμνιοπαρακέντησης μπορεί να προσφέρει στις οικογένειες και τους παρόχους υγειονομικής περίθαλψης σημαντικές πληροφορίες σχετικά με την ευημερία ενός αναπτυσσόμενου μωρού. Μπορεί να βοηθήσει τον γιατρό να διαγνώσει γενετικές διαταραχές και να αξιολογήσει εάν ένα έμβρυο είναι αρκετά ώριμο για να επιβιώσει εκτός της μήτρας. Ωστόσο, αυτή η διαδικασία δεν είναι χωρίς κινδύνους. Οι επιπλοκές της αμνιοπαρακέντησης μπορεί να περιλαμβάνουν μόλυνση, αιμορραγία, διαρροή αμνιακού υγρού, αποβολή και τραυματισμό του εμβρύου. Σε ορισμένες περιπτώσεις η διαδικασία αποτυγχάνει να παρέχει ακριβείς πληροφορίες για το έμβρυο.
Το μεγαλύτερο πλεονέκτημα του τεστ αμνιοπαρακέντησης είναι ότι παρέχει ένα δείγμα του γενετικού υλικού του αναπτυσσόμενου εμβρύου. Αυτές οι πληροφορίες είναι κρίσιμες για να γίνει μια πιο οριστική προγεννητική διάγνωση γενετικών συνδρόμων. Αν και τα υπερηχογραφήματα και οι εξετάσεις που γίνονται στο μητρικό αίμα μπορεί να υποδηλώνουν καταστάσεις όπως το σύνδρομο Down, η αμνιοπαρακέντηση παρέχει πιο ακριβή διάγνωση.
Η εξέταση αμνιοπαρακέντησης είναι επίσης σημαντική για την αξιολόγηση των γυναικών που διατρέχουν κίνδυνο πρόωρου τοκετού. Το δείγμα που λαμβάνεται από τη διαδικασία μπορεί να ελεγχθεί για να εκτιμηθεί πόσο ώριμοι είναι οι πνεύμονες του εμβρύου. Οι ανώριμοι πνεύμονες μπορεί να υποδηλώνουν ότι η γυναίκα πρέπει να προσπαθήσει να κρατήσει την εγκυμοσύνη όσο το δυνατόν περισσότερο, προκειμένου να δώσει στο μωρό της την καλύτερη ευκαιρία για επιβίωση μετά τη γέννηση. Αντίθετα, το τεστ που υποδηλώνει ώριμους πνεύμονες μπορεί να αλλάξει την ισορροπία υπέρ της γέννησης του πρόωρου μωρού.
Δυστυχώς, υπάρχουν αρκετοί κίνδυνοι από τον έλεγχο της αμνιοπαρακέντησης. Μερικοί από τους κινδύνους συνδέονται με το γεγονός ότι η αμνιοπαρακέντηση είναι μια επεμβατική διαδικασία. Υπάρχει πάντα μια πιθανότητα μόλυνσης, είτε του δέρματος της μητέρας είτε του αμνιακού υγρού που περιβάλλει το αναπτυσσόμενο έμβρυο. Οι γυναίκες θα μπορούσαν να αιμορραγήσουν υπερβολικά ως αποτέλεσμα της διαδικασίας. Ορισμένες γυναίκες εμφανίζουν επίμονη διαρροή αμνιακού υγρού από το σημείο εισόδου της βελόνας.
Η αποβολή μετά την αμνιοπαρακέντηση είναι ένα άλλο μειονέκτημα της διαδικασίας. Διαφορετικοί ερευνητές έχουν υπολογίσει διαφορετικά ποσοστά απώλειας εμβρύου μετά την αμνιοπαρακέντηση. Γενικά, ο κίνδυνος αποβολής μετά τη διαδικασία υπολογίζεται ότι είναι 1.1 έως 2.2%. Αυτό είναι μια αύξηση από ένα ποσοστό 0.7 σε 1.5% σε συγκρίσιμες γυναίκες που δεν υποβλήθηκαν σε αμνιοπαρακέντηση. Με άλλα λόγια, ο κίνδυνος αποβολής που σχετίζεται με τη διαδικασία κυμαίνεται από έναν στους 300 έως έναν στους 500.
Άλλοι κίνδυνοι της εξέτασης αμνιοπαρακέντησης μπορούν να θεωρηθούν ως μειονεκτήματα της διαδικασίας. Η βελόνα μπορεί να τραυματίσει το αναπτυσσόμενο έμβρυο, αν και αυτός ο κίνδυνος είναι σπάνιος καθώς έχει γίνει κοινή πρακτική η χρήση υπερήχων για την καθοδήγηση της βελόνας. Μερικές φορές τα κύτταρα που λαμβάνονται στο υγρό αμνιοπαρακέντησης δεν είναι αντιπροσωπευτικά της γενετικής σύνθεσης του αναπτυσσόμενου εμβρύου και οι γενετικές διαγνώσεις που λαμβάνονται από την ανάλυση αυτών των κυττάρων μπορεί να είναι εσφαλμένες. Η διαδικασία επίσης δεν είναι πάντα επιτυχής, πράγμα που σημαίνει ότι περιστασιακά συλλέγεται ανεπαρκής ποσότητα υγρού για πλήρη ανάλυση.