Το μεγαλύτερο μέρος του ωκεανού είναι εντελώς σκοτεινό. Αυτή ονομάζεται αφωτική ζώνη και ξεκινά από ένα βάθος περίπου 3,000 ποδιών (0.9 χλμ.) και συνεχίζει μέχρι τον πυθμένα, που συνήθως φτάνει σε βάθος περίπου 18,000 ποδιών (5.5 χλμ.), εκτός από τις ωκεάνιες τάφρες, οι οποίες μπορούν να να είναι τόσο βάθος όσο 6.8 μίλια (11 χλμ). Σε αυτή τη ζώνη, η φωτοσύνθεση δεν μπορεί να συμβεί, επομένως απουσιάζει η συνήθης βάση τροφικών ιστών, φυτών και κυανοβακτηρίων. Αντίθετα, τα ζώα πρέπει να επιβιώνουν με πτώματα που πέφτουν από ψηλά, άλλα ζώα και σε ορισμένες σπάνιες περιπτώσεις, βακτήρια που χρησιμοποιούν χημικές πηγές ενέργειας όπως σουλφίδια και μεθάνιο. Μερικά ζώα που ζουν στην αφωτική ζώνη περιλαμβάνουν το χέλι, το γιγάντιο καλαμάρι, τα μικρότερα καλαμάρια, την πεσκανδρίτσα, το καλαμάρι βαμπίρ και πολλές μέδουσες.
Η αφωτική ζώνη χωρίζεται σε δύο επίπεδα: τη βαθύπελαγική ζώνη και την αβυσσοπελαγική ζώνη. Η βαυπελαγική ζώνη εκτείνεται από περίπου 3,300 πόδια (1 km) κάτω από την επιφάνεια έως 13,000 πόδια (4 km) κάτω. Κάτω από αυτή βρίσκεται η αβυσσοπελαγική ζώνη, που ονομάζεται επίσης αβυσσαλέα ζώνη, όπου οι πιέσεις είναι εξαιρετικά υψηλές (400 ατμόσφαιρες και πάνω) και η βιοποικιλότητα μειώνεται απότομα. Κάτω από αυτήν είναι η αδροπελαγική ζώνη, η οποία χρησιμοποιείται για να αναφέρεται σε ωκεάνια ορύγματα.
Μερικά από τα πιο άσχημα και πιο κακά ψάρια στον κόσμο βρίσκονται σε αυτά τα μέρη του ωκεανού, συμπεριλαμβανομένου του ψαριού οχιάς, του κυνόδοντα, του δρακόψαρου, της σαύρας και πολλών άλλων. Αυτά τα ψάρια έχουν συχνά αρθρωτά σαγόνια, μαύρα λέπια, διαπεραστικά μάτια και εξαιρετικά αιχμηρά δόντια. Οι περισσότεροι άνθρωποι δεν θα ήθελαν να τους συναντήσουν σε ένα σκοτεινό πλημμυρισμένο δρομάκι. Μερικά από αυτά ονομάζονται λόγω της επιφανειακής ομοιότητάς τους με τα ερπετά.
Πολλά από τα ζώα στην αφωτική ζώνη είναι βιοφωταύγεια, που σημαίνει ότι μπορούν να παράγουν το δικό τους φως με τον ένα ή τον άλλο τρόπο. Αυτό μπορεί να χρησιμοποιηθεί τόσο για πλοήγηση όσο και για δελεασμό μικρών ζώων στα σαγόνια τους. Το ψαράκι είναι ίσως το πιο διάσημο από τα παραδείγματα, καθώς έχει ένα δέλεαρ που προεξέχει μπροστά από το στόμα του από ένα ειδικό εξάρτημα στο κεφάλι του.
Άλλα ψάρια δεν φαίνονται τόσο κακά όσο σαν σταγόνες. Αυτές οι τροφοδότες βυθού περιλαμβάνουν το εύστοχο όνομα blobfish και το φέρετρο ψάρι, που περπατούν κατά μήκος του πυθμένα της θάλασσας χρησιμοποιώντας πτερύγια που μοιάζουν με πόδια. Στο κάτω μέρος μπορεί κανείς να βρει επίσης θαλάσσια αγγούρια και γιγάντια ισόποδα, συγγενείς των ξύλων σε μήκος ποδιών. Η βαθιά θάλασσα έχει επίσης πολλούς ασυνήθιστους και σπάνιους καρχαρίες, όπως ο καρχαρίας Megamouth, που χαιρετίστηκε ως μια από τις πιο εντυπωσιακές ανακαλύψεις θαλάσσιων ζώων του περασμένου αιώνα.