Υπάρχουν μερικές διαφορές μεταξύ ενός σύνθετου και του μικροσκοπίου ανατομής. Αν και καθένα από αυτά τα εργαλεία χρησιμοποιείται για τη μεγέθυνση ενός θέματος που τοποθετείται στη σκηνή του μικροσκοπίου, το μέγεθος της μεγέθυνσης που μπορεί να επιτευχθεί ποικίλλει σημαντικά μεταξύ αυτών των δύο συσκευών. Κατασκευάζονται επίσης με διαφορετικούς τρόπους, κυρίως όσον αφορά τους αντικειμενικούς φακούς και τα μάτια.
Μία από τις κύριες διαφορές μεταξύ ενός σύνθετου και του μικροσκοπίου ανατομής είναι η μεγέθυνση που μπορεί να επιτευχθεί μέσω καθενός από αυτά τα εργαλεία. Τα σύνθετα μικροσκόπια είναι συνήθως σε θέση να μεγεθύνουν ένα αντικείμενο κατά 400 φορές, αν και δεν είναι ασυνήθιστο να βρεθεί ένα σύνθετο μικροσκόπιο που μπορεί να μεγεθύνει ένα αντικείμενο κατά 1,000 φορές. Τα μικροσκόπια ανατομής, από την άλλη πλευρά, συνήθως μεγεθύνουν ένα αντικείμενο μόνο κατά 40 φορές ή λιγότερο.
Οι λόγοι για αυτές τις διαφορές στη μεγέθυνση διαφοροποιούν επίσης ένα σύνθετο και ανατομικό μικροσκόπιο το ένα από το άλλο. Τα σύνθετα μικροσκόπια χρησιμοποιούνται γενικά για την προβολή πολύ μικρών, σχετικά λεπτών πραγμάτων, όπως κύτταρα. Τα μικροσκόπια ανατομής χρησιμοποιούνται για την εξέταση μεγαλύτερων αντικειμένων που έχουν μεγαλύτερο βαθμό βάθους, όπως κόκκους γύρης. Όπως υποδηλώνει το όνομά τους, τα μικροσκόπια ανατομής χρησιμοποιούνται επίσης συνήθως για την ανατομή μικρών μορφών ζωής, όπως τα έντομα.
Τα σύνθετα και τα μικροσκόπια ανατομής χρησιμοποιούν επίσης διαφορετικούς φακούς. Τα μικροσκόπια ανατομής έχουν συχνά μόνο έναν αντικειμενικό φακό που μπορεί να επιτρέψει σε ένα αντικείμενο να μεγεθύνεται εντός ενός καθορισμένου εύρους μεγεθύνσεων, όπως 10 έως 30 ή 20 έως 40 φορές. Υπάρχουν τρεις αντικειμενικοί φακοί σε ένα σύνθετο μικροσκόπιο: ένας που επιτρέπει στο αντικείμενο να φαίνεται περίπου με την ίδια μεγέθυνση με αυτό του ανατομικού μικροσκοπίου, ένας που μεγεθύνει στη μέγιστη ισχύ, συχνά 400 φορές, και ένας ενδιάμεσος. Οι στόχοι σε ένα σύνθετο μικροσκόπιο είναι επίσης πολύ πιο κοντά στο στάδιο από ό,τι σε ένα μικροσκόπιο ανατομής. Ο πρόσθετος χώρος μεταξύ της σκηνής και του αντικειμενικού σε ένα μικροσκόπιο ανατομής δίνει στον θεατή χώρο να χειριστεί το θέμα ενώ το εξετάζει.
Μια άλλη διαφορά μεταξύ ενός σύνθετου και του ανατομικού μικροσκοπίου είναι ότι ένα μικροσκόπιο ανατομής γίνεται πάντα με δύο οφθαλμικά κομμάτια, έτσι ώστε ο θεατής να μπορεί να κοιτάξει το θέμα και με τα δύο μάτια. Αυτό επιτρέπει την προβολή του θέματος σε τρεις διαστάσεις. Τα σύνθετα μικροσκόπια, από την άλλη πλευρά, κατασκευάζονται συχνά με ένα μόνο προσοφθάλμιο. Αν και υπάρχουν σύνθετα μικροσκόπια με δύο οφθαλμικά κομμάτια, επιτρέπουν στον θεατή να δει μόνο μια λεπτή φέτα του θέματος, ακόμα κι αν είναι τρισδιάστατο, επομένως ένα μόνο προσοφθάλμιο είναι συνήθως αρκετό.