Ο ενεργός άνθρακας έχει χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία ιατρικών παθήσεων εδώ και αιώνες. Επί του παρόντος, οι χρήσεις του ενεργού άνθρακα διαφέρουν ανάλογα με το αν έχουν εγκριθεί από γιατρούς ή επαγγελματίες εναλλακτικής ιατρικής. Έχουν διεξαχθεί μελέτες για την αποτελεσματικότητα των θεραπειών με ενεργό άνθρακα και οι δόσεις έχουν τυποποιηθεί για ορισμένες ασθένειες. Οι ιατροί λένε ότι πρέπει να γίνει περισσότερη έρευνα, ωστόσο, για να επιβεβαιωθούν τα στοιχεία της αποτελεσματικότητάς του σε άλλες ασθένειες. Οι πιο ευρέως αποδεκτές χρήσεις του ενεργού άνθρακα είναι ως θεραπείες για δηλητηρίαση και υπερβολική δόση.
Μερικοί γιατροί θεραπεύουν ενήλικες με από του στόματος δόσεις καθαρτικών ενεργού άνθρακα για να καθαρίσουν γρήγορα τα δηλητήρια από το σώμα. Οι ασθενείς που λαμβάνουν αυτή τη θεραπεία θα πρέπει να παρακολουθούνται προσεκτικά για διάρροια. Οι περισσότεροι γιατροί δεν χρησιμοποιούν καθαρτικά σκευάσματα άνθρακα με παιδιά λόγω του κινδύνου διαταραχής της ισορροπίας των ηλεκτρολυτών. Ο ενεργός άνθρακας δεν είναι αντίδοτο για όλες τις υπερβολικές δόσεις φαρμάκων, αλλά είναι αποτελεσματικός για την κινίνη, την καρβαμαζεπίνη και τις φαινοβαρβιτάλες, μεταξύ άλλων φαρμάκων που αναφέρονται στα ιατρικά αρχεία. Χρησιμοποιούμενος ως αντίδοτο, ο ενεργός άνθρακας απορροφά οργανικές χημικές ουσίες στο στομάχι προτού οι χημικές ουσίες εξαπλωθούν στο σώμα. Η αποτελεσματικότητα ως αντίδοτο, ωστόσο, εξαρτάται από την ποσότητα του δηλητηρίου που προσλαμβάνεται και από το πόσο γρήγορα λαμβάνεται ιατρική φροντίδα.
Οι επαγγελματίες εναλλακτικής ιατρικής έχουν άλλες χρήσεις για τον ενεργό άνθρακα. Μερικοί το χρησιμοποιούν ως γενικό αποτοξινωτικό παράγοντα όταν θεραπεύουν την ψυχαγωγική χρήση αμφεταμίνης και κοκαΐνης, ή ακόμα και ως φάρμακο για το hangover για χρήση αλκοόλ. Επιπλέον, για όσους έχουν συσσωρεύσεις τοξινών στο σύστημά τους λόγω έκθεσης σε χημικές ουσίες και τοξικές ουσίες στην εργασία, οι επαγγελματίες χρησιμοποιούν ενεργό άνθρακα μαζί με ειδικές δίαιτες και σάουνες για τη θεραπεία του εξασθενημένου ανοσοποιητικού συστήματος. Άλλες χρήσεις του ενεργού άνθρακα περιλαμβάνουν την καταπολέμηση των παθογόνων του αίματος όπως οι ιοί, τα επιβλαβή βακτήρια και οι συστηματικές λοιμώξεις.
Επιπλέον, πιο πειραματικές ιατρικές χρήσεις του ενεργού άνθρακα παραμένουν αμφιλεγόμενες. Μία από αυτές τις χρήσεις στοχεύει στη μείωση της ροής της χολής σε έγκυες γυναίκες. Ορισμένοι φαρμακοποιοί και κλινικοί τεχνολόγοι συνιστούν τη χρήση του για τη μείωση των αερίων του εντέρου. Άλλοι επαγγελματίες υγείας πιστεύουν ακόμη και ότι ο ενεργός άνθρακας μπορεί να είναι αποτελεσματικός στον καθαρισμό του αίματος από τη χοληστερόλη. Τα στοιχεία ήταν ασαφή σε πρώιμες δοκιμές αυτής της χρήσης ενός από του στόματος παρασκευάσματος της ένωσης.