Υπάρχει μια ποικιλία επιπλοκών χειρουργικής χολόλιθου. Αυτές οι επιπλοκές χωρίζονται σε δύο κατηγορίες: επιπλοκές που μπορεί να εμφανιστούν σε οποιαδήποτε χειρουργική επέμβαση και επιπλοκές ειδικές για χειρουργική αφαίρεσης χοληδόχου κύστης και χοληδόχου κύστης. Στις περισσότερες περιπτώσεις οι επιπλοκές αντιμετωπίζονται. Η θεραπεία για επιπλοκές απαιτεί εκ νέου νοσηλεία και στις περισσότερες περιπτώσεις δεύτερη χειρουργική επέμβαση. Η πρόγνωση για ανάκαμψη ακόμη και μετά από επιπλοκές εξακολουθεί να είναι συντριπτικά θετική.
Η χειρουργική επέμβαση χολόλιθων αναφέρεται τόσο στην αφαίρεση των χολόλιθων όσο και στην αφαίρεση της ίδιας της χοληδόχου κύστης, του οργάνου όπου σχηματίζονται οι χολόλιθοι. Καθώς ένα άτομο μπορεί να ζήσει χωρίς τη χοληδόχο κύστη του/της, οι περισσότεροι χειρουργοί αποφασίζουν να την αφαιρέσουν αντί να αφαιρέσουν νέες χολόλιθους αργότερα. Επιπλοκές μπορεί να εμφανιστούν και στις δύο χειρουργικές επεμβάσεις, αλλά καθώς πρόκειται για μια πιο περίπλοκη επέμβαση, τείνουν να αναπτύσσονται περισσότερο μετά από χειρουργική επέμβαση αφαίρεσης χοληδόχου κύστης. Αν και υπάρχουν πολλές συγκεκριμένες επιπλοκές χειρουργικής χολόλιθου, όλοι οι ασθενείς που υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση αντιμετωπίζουν έναν παρόμοιο κίνδυνο: μόλυνση.
Η μετεγχειρητική λοίμωξη μπορεί να εμφανιστεί μετά από οποιαδήποτε χειρουργική επέμβαση. Αυτή η τάση έχει αυξηθεί τα τελευταία χρόνια καθώς βακτήρια ανθεκτικά στα αντιβιοτικά όπως το MRSA έχουν αναπτυχθεί μέσα στα νοσοκομεία παγκοσμίως. Μέρος του σχεδιασμού μιας χειρουργικής επέμβασης για χολόλιθους θα πρέπει να περιλαμβάνει το αίτημα πληροφοριών από τα τοπικά νοσοκομεία σχετικά με το ποσοστό μόλυνσης μετά το χειρουργείο. Ακόμα κι αν κάποιος επιλέξει ένα καθαρό νοσοκομείο, η πρόληψη της μόλυνσης γίνεται ευθύνη του ασθενούς μετά την έξοδο από το νοσοκομείο. Ο σωστός καθαρισμός του σημείου της τομής και η τήρηση τυχόν άλλων κανόνων που συνταγογραφεί ο χειρουργός είναι απαραίτητος για την πρόληψη της μόλυνσης.
Τα συμπτώματα από νοσοκομειακές λοιμώξεις εμφανίζονται συνήθως πριν από την έξοδο του ασθενούς. Το σημείο της τομής γίνεται κόκκινο και πρησμένο και ο ασθενής μπορεί να αναπτύξει πυρετό. Ένας γιατρός θα βάλει αμέσως τον ασθενή σε αντιβιοτικά. Αν και οι περισσότερες νοσοκομειακές λοιμώξεις είναι θεραπεύσιμες, το προαναφερθέν MRSA έχει ποσοστό θνησιμότητας περίπου 10%. Εάν ένας ασθενής αρχίσει να εμφανίζει συμπτώματα λοίμωξης μετά την επιστροφή του στο σπίτι, είναι δική του ευθύνη να ενημερώσει αμέσως τον γιατρό του για τη μόλυνση. Η έναρξη της θεραπείας το συντομότερο δυνατό αυξάνει τις πιθανότητες πλήρους αποκατάστασης χωρίς παρενέργειες που διαρκεί.
Εκτός από τη μόλυνση, η άλλη κατηγορία επιπλοκών χειρουργικής χολόλιθου είναι αυτές που εμφανίζονται λόγω της φύσης της επέμβασης. Τόσο η χειρουργική επέμβαση χολόλιθου όσο και η χειρουργική επέμβαση αφαίρεσης χοληδόχου κύστης ενέχουν τον κίνδυνο διαρροής χολής και τραυματισμού του χοληδόχου πόρου. Και οι δύο αυτές επιπλοκές προκαλούν τη διαρροή της χολής, που συνήθως αποθηκεύεται στη χοληδόχο κύστη, στο λεπτό έντερο ή στο πάγκρεας, προκαλώντας έντονο πόνο. Αυτές οι επιπλοκές της χειρουργικής χολόλιθου είναι αρκετά συχνές και χωρίς συγκεκριμένη χειρουργική θεραπεία, οι περισσότερες θεραπευτικές επιλογές είναι κυρίως ανακουφιστικές.
Από όλες τις επιπλοκές χειρουργικής χολόλιθου, η ολίσθηση του κλιπ είναι η πιο σπάνια. Στο τέλος της χειρουργικής επέμβασης αφαίρεσης της χοληδόχου κύστης, ένας χειρουργός τοποθετεί ένα κλιπ πάνω από τον χοληδόχο πόρο για να αποτρέψει τη διαρροή της χολής. Εάν το κλιπ γλιστρήσει από τη θέση του, η χολή αρχίζει να διαρρέει και προκαλεί τα συμπτώματα που περιγράφονται παραπάνω. Μια δεύτερη χειρουργική επέμβαση είναι απαραίτητη για να επανατοποθετηθεί το κλιπ στη θέση του. Ένας ασθενής είναι σε θέση να ξαναζήσει μια κανονική ζωή χωρίς πόνο μετά την ανάρρωση.