Όλα τα φάρμακα και τα εμβόλια προκαλούν παρενέργειες, αν και σε ορισμένες περιπτώσεις αυτές είναι πολύ ήπιες και μπορεί να μην είναι εμφανείς. Γενικά, οι παρενέργειες του εμβολίου ηπατίτιδας Β είναι ήπιες και μη απειλητικές, αλλά υπάρχουν κάποιες μέτριες έως σοβαρές παρενέργειες που μπορεί να εμφανιστούν σε σπάνιες περιπτώσεις. Το εμβόλιο ηπατίτιδας Β είναι ένα ανασυνδυασμένο εμβόλιο που παρασκευάζεται από συνθετικές εκδόσεις πρωτεϊνών από τον ιό της ηπατίτιδας Β. Δεν είναι ζωντανός ή νεκρός ιός και επομένως δεν μπορεί να προκαλέσει λοίμωξη από ηπατίτιδα Β. Αυτό το εμβόλιο είναι ασφαλές για σχεδόν όλους τους ανθρώπους, συμπεριλαμβανομένων των βρεφών, των παιδιών και των ηλικιωμένων.
Οι πιο συχνές παρενέργειες του εμβολίου ηπατίτιδας Β είναι πολύ ήπιες και δεν είναι επικίνδυνες. Περίπου το 25 τοις εκατό των ατόμων που κάνουν το εμβόλιο θα εμφανίσουν πόνο στο σημείο της ένεσης. Περίπου ένας στους 15 ανθρώπους θα έχει θερμοκρασία 99.9 βαθμών Φαρενάιτ (37.7 βαθμούς Κελσίου) ή υψηλότερη.
Υπάρχουν πολλές άλλες πιθανές παρενέργειες του εμβολίου ηπατίτιδας Β, οι περισσότερες από τις οποίες είναι σπάνιες ή μη απειλητικές. Οι παρενέργειες του αναπνευστικού που μπορεί να εμφανιστούν περιλαμβάνουν βήχα, ρινίτιδα, λοίμωξη του ανώτερου αναπνευστικού συστήματος, συμπτώματα που μοιάζουν με γρίπη και συμπτώματα που μοιάζουν με άσθμα. Μπορεί να εμφανιστούν διαταραχές της όρασης, πόνος ή δυσκαμψία των αρθρώσεων και των μυών, διογκωμένοι λεμφαδένες και ήπιες αλλεργικές αντιδράσεις. Οι μη φυσιολογικές δοκιμασίες ηπατικής λειτουργίας είναι μια ασυνήθιστη παρενέργεια. πιο σοβαρά ηπατικά προβλήματα όπως ο καρκίνος ή η ηπατική νόσο δεν αναφέρονται παρενέργειες.
Η σοβαρή αλλεργική αντίδραση στο εμβόλιο της ηπατίτιδας Β είναι εξαιρετικά σπάνια και εμφανίζεται σε συχνότητα περίπου ένα στα 1.1 εκατομμύρια. Τα συμπτώματα των παρενεργειών του εμβολίου αλλεργικής ηπατίτιδας Β περιλαμβάνουν κνίδωση ή εξάνθημα, σφίξιμο στο στήθος, δυσκολία στην αναπνοή και πρήξιμο του προσώπου, των χειλιών, της γλώσσας ή του στόματος. Εάν κάποιος που έχει κάνει το εμβόλιο της ηπατίτιδας Β εμφανίσει αυτές τις παρενέργειες, θα πρέπει να αναζητήσει επείγουσα ιατρική βοήθεια αμέσως.
Άλλες δυνητικά σοβαρές παρενέργειες του εμβολίου ηπατίτιδας Β περιλαμβάνουν παρενέργειες του νευρικού συστήματος, των καρδιαγγειακών και ανοσολογικών παρενεργειών. Οι καρδιαγγειακές παρενέργειες περιλαμβάνουν χαμηλή αρτηριακή πίεση, λιποθυμία, αίσθημα παλμών και γρήγορο καρδιακό παλμό. Το ανοσοποιητικό σύστημα μπορεί να επηρεαστεί από την αυτοάνοση νόσο συστηματικό ερυθηματώδη λύκο ή αγγειίτιδα, κατά την οποία τα αιμοφόρα αγγεία κοντά στο σημείο της μόλυνσης φλεγμονώνονται.
Υπάρχουν αρκετές πιθανές παρενέργειες του νευρικού συστήματος που μπορεί να εμφανιστούν μετά τη χρήση του εμβολίου για την ηπατίτιδα Β. Τα προσωρινά ήπια συμπτώματα περιλαμβάνουν πονοκέφαλο, ίλιγγο, ζάλη, αϋπνία και υπνηλία. Οι σπασμοί και οι φλεγμονώδεις ασθένειες του νευρικού συστήματος όπως η εγκεφαλίτιδα και η μυελίτιδα είναι άλλες πιθανές συνέπειες. Τα άτομα με σκλήρυνση κατά πλάκας μπορεί να εμφανίσουν επιδείνωση των συμπτωμάτων τους μετά τον εμβολιασμό κατά της ηπατίτιδας Β.